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- EMDB-27735: Cryo-EM structure of SIVmac239 SOS-2P Env trimer in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27735
タイトルCryo-EM structure of SIVmac239 SOS-2P Env trimer in complex with human bNAb PGT145
マップデータsharpened
試料
  • 複合体: SIVmac239 SOS-2P in complex with PGT145
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: PGT145 Heavy
    • タンパク質・ペプチド: PGT145 Light
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.12 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateSimons Foundation (SF349247)
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of prefusion SIV envelope trimer.
著者: Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi ...著者: Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi / Shuishu Wang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Reda Rawi / Brandon F Keele / Jeffrey D Lifson / Jun Liu / Mario Roederer / Peter D Kwong /
要旨: Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion ...Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion stabilization and cryo-EM structures of soluble envelope (Env) trimers from rhesus macaque SIV (SIV) in complex with neutralizing antibodies. These structures provide residue-level definition for SIV-specific disulfide-bonded variable loops (V1 and V2), which we used to delineate variable-loop coverage of the Env trimer. The defined variable loops enabled us to investigate assembled Env-glycan shields throughout SIV, which we found to comprise both N- and O-linked glycans, the latter emanating from V1 inserts, which bound the O-link-specific lectin jacalin. We also investigated in situ SIV-Env trimers on virions, determining cryo-electron tomography structures at subnanometer resolutions for an antibody-bound complex and a ligand-free state. Collectively, these structures define the prefusion-closed structure of the SIV-Env trimer and delineate variable-loop and glycan-shielding mechanisms of immune evasion conserved throughout SIV evolution.
履歴
登録2022年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2022年11月30日-
現状2022年11月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27735.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大-0.55037695 - 1.4746993
平均 (標準偏差)0.003089229 (±0.05557127)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 346.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27735_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: density modified (resolve)

ファイルemd_27735_additional_1.map
注釈density modified (resolve)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened

ファイルemd_27735_additional_2.map
注釈unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_27735_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_27735_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SIVmac239 SOS-2P in complex with PGT145

全体名称: SIVmac239 SOS-2P in complex with PGT145
要素
  • 複合体: SIVmac239 SOS-2P in complex with PGT145
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: PGT145 Heavy
    • タンパク質・ペプチド: PGT145 Light
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose

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超分子 #1: SIVmac239 SOS-2P in complex with PGT145

超分子名称: SIVmac239 SOS-2P in complex with PGT145 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 16.822201 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GVFVLGFLGF LATAGSAMGA ASLTLTAQSR TLLAGIVQQQ QQLLDVPKRQ QELLRLPVWG TKNLQTRVTA IEKYLKDQAQ LNAWGCAFR QVCCTTVPWP NASLTPKWNN ETWQEWERKV DFLEENITAL LEEAQIQQEK NMYELQKLN

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 57.1955 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TLYVTVFYGV PAWRNATIPL FCATKNRDTW GTTQCLPDNG DYSEVALNVT ESFDAWNNTV TEQAIEDVWQ LFETSIKPCV KLSPLCITM RCNKSETDRW GLTKSITTTA STTSTTASAK VDMVNETSSC IAQDNCTGLE QEQMISCKFN MTGLKRDKTK E YNETWYSA ...文字列:
TLYVTVFYGV PAWRNATIPL FCATKNRDTW GTTQCLPDNG DYSEVALNVT ESFDAWNNTV TEQAIEDVWQ LFETSIKPCV KLSPLCITM RCNKSETDRW GLTKSITTTA STTSTTASAK VDMVNETSSC IAQDNCTGLE QEQMISCKFN MTGLKRDKTK E YNETWYSA DLVCEQGNNT GNESRCYMNH CNTSVIQESC DKHYWDAIRF RYCAPPGYAL LRCNDTNYSG FMPKCSKVVV SS CTRMMET QTSTWFGFNG TRAENRTYIY WHGRDNRTII SLNKYYNLTM KCRRPGNKTV LPVTIMSGLV FHSQPINDRP KQA WCWFGG KWKDAIKEVK QTIVKHPRYT GTNNTDKINL TAPGGGDPEV TFMWTNCRGE FLYCKMNWFL NWVEDRNTAN QKPK EQHKR NYVPCHIRQI INTWHKVGKN VYLPPREGDL TCNSTVTSLI ANIDWIDGNQ TNITMSAEVA ELYRLELGDY KLVEI TPIG LAPTDCKRYT TGGTSR

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分子 #3: PGT145 Heavy

分子名称: PGT145 Heavy / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.393357 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGNSFS NHDVHWVRQA TGQGLEWMGW MSHEGDKTGL AQKFQGRVTI TRDSGASTVY MELRGLTAD DTAIYYCLTG SKHRLRDYFL (TYS)NE(TYS)GPNYEE WGDYLATLDV WGHGTAVTVS SASTKGPSVF PLA PSSKST ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGNSFS NHDVHWVRQA TGQGLEWMGW MSHEGDKTGL AQKFQGRVTI TRDSGASTVY MELRGLTAD DTAIYYCLTG SKHRLRDYFL (TYS)NE(TYS)GPNYEE WGDYLATLDV WGHGTAVTVS SASTKGPSVF PLA PSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNT KVDKK VEPKSCD

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分子 #4: PGT145 Light

分子名称: PGT145 Light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.95375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVVITQSPLF LPVTPGEAAS LSCKCSHSLQ HSTGANYLAW YLQRPGQTPR LLIHLATHRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVESDDVG TYYCMQGLHS PWTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
EVVITQSPLF LPVTPGEAAS LSCKCSHSLQ HSTGANYLAW YLQRPGQTPR LLIHLATHRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVESDDVG TYYCMQGLHS PWTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #15: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #16: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.15 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 61881
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6tyb

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8dvd:
Cryo-EM structure of SIVmac239 SOS-2P Env trimer in complex with human bNAb PGT145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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