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万見
- EMDB-27726: Duplex-G-quadruplex-duplex (DGD) class_1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27726
タイトルDuplex-G-quadruplex-duplex (DGD) class_1
マップデータ
試料
  • 複合体: synthetic duplex-G-quadruplex-duplex construct mimicking a promoter G4
    • DNA: Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)
    • DNA: Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)
キーワードG-quadruplex / promoter / duplex / DNA
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Monsen RC / Chua EYD / Hopkins JB / Chaires JB / Trent JO
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM077422 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structure of a 28.5 kDa duplex-embedded G-quadruplex system resolved to 7.4 Å resolution with cryo-EM.
著者: Robert C Monsen / Eugene Y D Chua / Jesse B Hopkins / Jonathan B Chaires / John O Trent /
要旨: Genomic regions with high guanine content can fold into non-B form DNA four-stranded structures known as G-quadruplexes (G4s). Extensive in vivo investigations have revealed that promoter G4s are ...Genomic regions with high guanine content can fold into non-B form DNA four-stranded structures known as G-quadruplexes (G4s). Extensive in vivo investigations have revealed that promoter G4s are transcriptional regulators. Little structural information exists for these G4s embedded within duplexes, their presumed genomic environment. Here, we report the 7.4 Å resolution structure and dynamics of a 28.5 kDa duplex-G4-duplex (DGD) model system using cryo-EM, molecular dynamics, and small-angle X-ray scattering (SAXS) studies. The DGD cryo-EM refined model features a 53° bend induced by a stacked duplex-G4 interaction at the 5' G-tetrad interface with a persistently unstacked 3' duplex. The surrogate complement poly dT loop preferably stacks onto the 3' G-tetrad interface resulting in occlusion of both 5' and 3' tetrad interfaces. Structural analysis shows that the DGD model is quantifiably more druggable than the monomeric G4 structure alone and represents a new structural drug target. Our results illustrate how the integration of cryo-EM, MD, and SAXS can reveal complementary detailed static and dynamic structural information on DNA G4 systems.
履歴
登録2022年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27726.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0252 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.403
最小 - 最大-0.53539526 - 2.4556203
平均 (標準偏差)0.002265104 (±0.071268685)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 213.24161 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27726_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27726_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : synthetic duplex-G-quadruplex-duplex construct mimicking a promoter G4

全体名称: synthetic duplex-G-quadruplex-duplex construct mimicking a promoter G4
要素
  • 複合体: synthetic duplex-G-quadruplex-duplex construct mimicking a promoter G4
    • DNA: Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)
    • DNA: Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)

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超分子 #1: synthetic duplex-G-quadruplex-duplex construct mimicking a promoter G4

超分子名称: synthetic duplex-G-quadruplex-duplex construct mimicking a promoter G4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)

分子名称: Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.086031 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)

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分子 #2: Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER)

分子名称: Duplex-G-quadruplex-duplex (46-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.407232 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG) (DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
8.0 mMNa2HPO4sodium phosphate
185.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMsodium EDTA
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 12175 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 68.54 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: HELIUM
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Selected images were dose-weighted and corrected for beam-induced motion.
粒子像選択選択した数: 666328
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 110105
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 101000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 557.2 / 当てはまり具合の基準: map correlation
得られたモデル

PDB-8dut:
Duplex-G-quadruplex-duplex (DGD) class_1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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