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- EMDB-27718: SIV E660.CR54 SOS-2P Env Trimer with ITS92.02 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27718
タイトルSIV E660.CR54 SOS-2P Env Trimer with ITS92.02
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: SIV E660.CR54 SOS-2P with ITS92.02
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: ITS92.02 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: ITS92.02 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSIV / ITS92 / HIV-1 / quaternary / HIV-2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.32 Å
データ登録者Gorman J / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Other privateSimons Foundation (SF349247)
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of prefusion SIV envelope trimer.
著者: Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi ...著者: Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi / Shuishu Wang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Reda Rawi / Brandon F Keele / Jeffrey D Lifson / Jun Liu / Mario Roederer / Peter D Kwong /
要旨: Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion ...Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion stabilization and cryo-EM structures of soluble envelope (Env) trimers from rhesus macaque SIV (SIV) in complex with neutralizing antibodies. These structures provide residue-level definition for SIV-specific disulfide-bonded variable loops (V1 and V2), which we used to delineate variable-loop coverage of the Env trimer. The defined variable loops enabled us to investigate assembled Env-glycan shields throughout SIV, which we found to comprise both N- and O-linked glycans, the latter emanating from V1 inserts, which bound the O-link-specific lectin jacalin. We also investigated in situ SIV-Env trimers on virions, determining cryo-electron tomography structures at subnanometer resolutions for an antibody-bound complex and a ligand-free state. Collectively, these structures define the prefusion-closed structure of the SIV-Env trimer and delineate variable-loop and glycan-shielding mechanisms of immune evasion conserved throughout SIV evolution.
履歴
登録2022年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27718.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 346.56 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 346.56 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 346.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.06535167 - 0.3748795
平均 (標準偏差)0.0023114954 (±0.014629841)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 346.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27718_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: density modified map

ファイルemd_27718_additional_1.map
注釈density modified map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_27718_additional_2.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27718_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27718_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SIV E660.CR54 SOS-2P with ITS92.02

全体名称: SIV E660.CR54 SOS-2P with ITS92.02
要素
  • 複合体: SIV E660.CR54 SOS-2P with ITS92.02
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: ITS92.02 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: ITS92.02 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SIV E660.CR54 SOS-2P with ITS92.02

超分子名称: SIV E660.CR54 SOS-2P with ITS92.02 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 16.852207 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GVFVLGFLGF LATAGSAMGA ASLTLSAQSR TLLAGIVQQQ QQLLDVPKRQ QELLRLPVWG TKNLQTRVTA IEKYLKDQAQ LNSWGCAFR QVCCTTVPWP NETLVPNWSN MTWQEWERQV DFLEANITQL LEEAQIQQEK NMYELQKLN

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 59.053578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IQYVTVFYGV PAWKNATIPL FCATKNRDTW GTTQCLPDND DYSELAINIT EAFDAWNNTV TEQAIEDVWN LFETSIKPCV KLTPLCIAM RCNKTETDRW GLTRNAGTTT TTTTTTTAAT PSVAENVINE SNPCIKNNSC AGLEQEPMIG CKFNMTGLKR D KRIEYNET ...文字列:
IQYVTVFYGV PAWKNATIPL FCATKNRDTW GTTQCLPDND DYSELAINIT EAFDAWNNTV TEQAIEDVWN LFETSIKPCV KLTPLCIAM RCNKTETDRW GLTRNAGTTT TTTTTTTAAT PSVAENVINE SNPCIKNNSC AGLEQEPMIG CKFNMTGLKR D KRIEYNET WYSRDLICEQ SANESESKCY MHHCNTSVIQ ESCDKHYWDA IRFRYCAPPG YALLRCNDSN YSGFAPNCSK VV VSSCTRM METQTSTWFG FNGTRAENRT YIYWHGKSNR TIISLNKYYN LTMRCRRPGN KTVLPVTIMS GLVFHSQPIN ERP KQAWCW FGGSWKEAIQ EVKETLVKHP RYTGTNDTRK INLTAPAGGD PEVTFMWTNC RGEFLYCKMN WFLNWVEDRD QKSS RWRQQ NTRERQKKNY VPCHIRQIIN TWHKVGKNVY LPPREGDLTC NSTVTSLIAE IDWTNNNETN ITMSAEVAEL YRLEL GDYK LVEITPIGLA PTSCRRYTTT GASRRRRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: ITS92.02 Heavy Chain

分子名称: ITS92.02 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 24.275268 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSVS GNWWSWIRQP PGKGLEYIGR ISGSDGTTYY RSSLKVTISR DTSKNQFSLR LNSVTAADT AVYYCARKPT WDWFDVWGPG LLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSVS GNWWSWIRQP PGKGLEYIGR ISGSDGTTYY RSSLKVTISR DTSKNQFSLR LNSVTAADT AVYYCARKPT WDWFDVWGPG LLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS G ALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDKGLEVLFQ

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分子 #4: ITS92.02 Light Chain

分子名称: ITS92.02 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 23.397963 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGID NYLNWYQQKP GKAPKRLIFA ASSLHNGVPS RFSGSGSGTK FTLTISSLQP EDLGTYYCL QYYSDPYTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGID NYLNWYQQKP GKAPKRLIFA ASSLHNGVPS RFSGSGSGTK FTLTISSLQP EDLGTYYCL QYYSDPYTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS KDNTYSLSST LTLSSTEYQS HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 27 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
凍結凍結剤: ETHANE
詳細SIV E660.CR54 SOS-2P with ITS92.02

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.16 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 32347
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6tyb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8dua:
SIV E660.CR54 SOS-2P Env Trimer with ITS92.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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