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- EMDB-27684: Structure of the PEAK3 pseudokinase homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27684
タイトルStructure of the PEAK3 pseudokinase homodimer
マップデータReconstruction of the PEAK3 pseudokinase homodimer filtered to 4.9A and sharpened with -105 bFactor.
試料
  • 複合体: PEAK3 pseudokinase homodimer
    • タンパク質・ペプチド: Protein PEAK3
キーワードcomplex / pseudokinase / kinase / adapter / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性regulation of actin cytoskeleton organization / : / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / protein kinase activity / focal adhesion / Protein PEAK3
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Torosyan H / Paul M / Jura N / Verba KA
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Other governmentQBI Independent Research Fellowship
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U54 CA209891 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM139636 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into regulation of the PEAK3 pseudokinase scaffold by 14-3-3.
著者: Hayarpi Torosyan / Michael D Paul / Antoine Forget / Megan Lo / Devan Diwanji / Krzysztof Pawłowski / Nevan J Krogan / Natalia Jura / Kliment A Verba /
要旨: PEAK pseudokinases are molecular scaffolds which dimerize to regulate cell migration, morphology, and proliferation, as well as cancer progression. The mechanistic role dimerization plays in PEAK ...PEAK pseudokinases are molecular scaffolds which dimerize to regulate cell migration, morphology, and proliferation, as well as cancer progression. The mechanistic role dimerization plays in PEAK scaffolding remains unclear, as there are no structures of PEAKs in complex with their interactors. Here, we report the cryo-EM structure of dimeric PEAK3 in complex with an endogenous 14-3-3 heterodimer. Our structure reveals an asymmetric binding mode between PEAK3 and 14-3-3 stabilized by one pseudokinase domain and the SHED domain of the PEAK3 dimer. The binding interface contains a canonical phosphosite-dependent primary interaction and a unique secondary interaction not observed in previous structures of 14-3-3/client complexes. Additionally, we show that PKD regulates PEAK3/14-3-3 binding, which when prevented leads to PEAK3 nuclear enrichment and distinct protein-protein interactions. Altogether, our data demonstrate that PEAK3 dimerization forms an unusual secondary interface for 14-3-3 binding, facilitating 14-3-3 regulation of PEAK3 localization and interactome diversity.
履歴
登録2022年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27684.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27684.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the PEAK3 pseudokinase homodimer filtered to 4.9A and sharpened with -105 bFactor.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00938
最小 - 最大-0.01040972 - 0.035529017
平均 (標準偏差)0.000063914995 (±0.0008550085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 267.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27684_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: unfiltered, unsharpened half maps

ファイルemd_27684_half_map_1.map
注釈unfiltered, unsharpened half maps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: unfiltered, unsharpened half maps

ファイルemd_27684_half_map_2.map
注釈unfiltered, unsharpened half maps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PEAK3 pseudokinase homodimer

全体名称: PEAK3 pseudokinase homodimer
要素
  • 複合体: PEAK3 pseudokinase homodimer
    • タンパク質・ペプチド: Protein PEAK3

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超分子 #1: PEAK3 pseudokinase homodimer

超分子名称: PEAK3 pseudokinase homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 104.58 KDa

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分子 #1: Protein PEAK3

分子名称: Protein PEAK3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.357031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSPEPPTEP PEPDNPTWST QPTYSNLGQI RAHLLPSKAC RLRTPGSLST NPEPLPPPLP KKILTRTQSL PTRRTLHPSS IQVQPPRRP FLGSHSVDKS QAAVGPACLP AELTFGPADA PLGLSLRDLH SPEAVHTALA ARQLQGLRTI YARLRARLMG G HPGPCHPG ...文字列:
MSSPEPPTEP PEPDNPTWST QPTYSNLGQI RAHLLPSKAC RLRTPGSLST NPEPLPPPLP KKILTRTQSL PTRRTLHPSS IQVQPPRRP FLGSHSVDKS QAAVGPACLP AELTFGPADA PLGLSLRDLH SPEAVHTALA ARQLQGLRTI YARLRARLMG G HPGPCHPG HSFRLLDSSP CAESGDALYY RVVRAHEDAW HILVAKVPKP GADVPHPWGL ELQASLSPHF NLQGLCGLVP EG TLPGAPW RGAVALAAEV PERTVAQWLA EACTQPPEEF VWAVALLLLQ LSAALKFLEA WGAALVELRP ENLLLVAPRG CAT TGPPRL LLTDFGRVCL QPPGPPGSPG PHAPQLGSLL RALLSLAAPS TTPLAAGLEL LAAQLTRLRP SASRTRGALQ ALLW GPGPE LRGRGAPLGP WLRALGPWLR VRRGLLVLRL AERAAGGEAP SLEDWLCCEY LAEATESSMG QALALLWDLE GGGGA DYKD DDDKGPV

UniProtKB: Protein PEAK3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNH2C(CH2OH)3Tris Base
150.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol
2.0 mMMgCl2Magnesium Chloride

詳細: A final concentration of 0.1% of Octyl-beta-Glucoside (C14H28O6) was added to the sample before freezing.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time = 7s blot force = 4.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 69.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 32734
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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