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- EMDB-27638: Structure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 9.20.1A2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27638
タイトルStructure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 9.20.1A2 Fab and 6D6 scFv bound
マップデータStructure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 9.20.1A2 Fab and 6D6 scFv bound
試料
  • 複合体: Complex of Ebola virus glycoprotein trimer with 1A2 antibody Fab and 6D6 antibody scFv
    • 複合体: Antibody 9.20.1A2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 9.20.1A2 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 9.20.1A2 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein GP1
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein GP2
    • タンパク質・ペプチド: Antibody 6D6 scFv
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードAntibody / Viral protein / glycoprotein / immune system / Ebola virus / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Yu X / Saphire EO
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142790 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF 1531991 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: The evolution and determinants of neutralization of potent head-binding antibodies against Ebola virus.
著者: Xiaoying Yu / Kathryn M Hastie / Carl W Davis / Ruben Diaz Avalos / Dewight Williams / Diptiben Parekh / Sean Hui / Colin Mann / Chitra Hariharan / Ayato Takada / Rafi Ahmed / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Monoclonal antibodies against the Ebola virus (EBOV) surface glycoprotein are effective treatments for EBOV disease. Antibodies targeting the EBOV glycoprotein (GP) head epitope have potent ...Monoclonal antibodies against the Ebola virus (EBOV) surface glycoprotein are effective treatments for EBOV disease. Antibodies targeting the EBOV glycoprotein (GP) head epitope have potent neutralization and Fc effector function activity and thus are of high interest as therapeutics and for vaccine design. Here we focus on the head-binding antibodies 1A2 and 1D5, which have been identified previously in a longitudinal study of survivors of EBOV infection. 1A2 and 1D5 have the same heavy- and light-chain germlines despite being isolated from different individuals and at different time points after recovery from infection. Cryoelectron microscopy analysis of each antibody in complex with the EBOV surface GP reveals key amino acid substitutions in 1A2 that contribute to greater affinity, improved neutralization potency, and enhanced breadth as well as two strategies for antibody evolution from a common site.
履歴
登録2022年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27638.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 9.20.1A2 Fab and 6D6 scFv bound
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.026904112 - 0.07591871
平均 (標準偏差)-0.000058027792 (±0.0015862864)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 403.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27638_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27638_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Ebola virus glycoprotein trimer with 1A2 antibody Fab ...

全体名称: Complex of Ebola virus glycoprotein trimer with 1A2 antibody Fab and 6D6 antibody scFv
要素
  • 複合体: Complex of Ebola virus glycoprotein trimer with 1A2 antibody Fab and 6D6 antibody scFv
    • 複合体: Antibody 9.20.1A2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 9.20.1A2 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody 9.20.1A2 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein GP1
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein GP2
    • タンパク質・ペプチド: Antibody 6D6 scFv
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of Ebola virus glycoprotein trimer with 1A2 antibody Fab ...

超分子名称: Complex of Ebola virus glycoprotein trimer with 1A2 antibody Fab and 6D6 antibody scFv
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)

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超分子 #2: Antibody 9.20.1A2 Fab

超分子名称: Antibody 9.20.1A2 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glycoprotein GP1

分子名称: Glycoprotein GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
株: Mayinga-76
分子量理論値: 31.297158 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: IPLGVIHNST LQVSDVDKLV CRDKLSSTNQ LRSVGLNLEG NGVATDVPSA TKRWGFRSGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLE IKKPDGSEC LPAAPDGIRG FPRCRYVHKV SGTGPCAGDF AFHKEGAFFL YDRLASTVIY RGTTFAEGVV AFLILPQAKK D FFSSHPLR ...文字列:
IPLGVIHNST LQVSDVDKLV CRDKLSSTNQ LRSVGLNLEG NGVATDVPSA TKRWGFRSGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLE IKKPDGSEC LPAAPDGIRG FPRCRYVHKV SGTGPCAGDF AFHKEGAFFL YDRLASTVIY RGTTFAEGVV AFLILPQAKK D FFSSHPLR EPVNATEDPS SGYYSTTIRY QATGFGTNET EYLFEVDNLT YVQLESRFTP QFLLQLNETI YTSGKRSNTT GK LIWKVNP EIDTTIGEWA FWETKKNLTR KIRSEELSFT VVS

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #2: Glycoprotein GP2

分子名称: Glycoprotein GP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
分子量理論値: 15.335362 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列:
EAIVNAQPKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYTEGLMHNQ DGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF VDKTLPD

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #3: Antibody 6D6 scFv

分子名称: Antibody 6D6 scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.853459 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: QVQLQQSGTE LVKPGASVKL SCKASGYTFT SYWMHWVKQR PGQGLEWIGE INPRNGRTDF SEKFKSKATL TVDTSSSTAF IQLSSLTSE DSAVYYCARW GYYGSSDYWG QGTALTVSSG TGGSGGGGSG GGGSGGGASD IVVTQSHKFM STSVGDRVSI T CKASQDVS ...文字列:
QVQLQQSGTE LVKPGASVKL SCKASGYTFT SYWMHWVKQR PGQGLEWIGE INPRNGRTDF SEKFKSKATL TVDTSSSTAF IQLSSLTSE DSAVYYCARW GYYGSSDYWG QGTALTVSSG TGGSGGGGSG GGGSGGGASD IVVTQSHKFM STSVGDRVSI T CKASQDVS VAVAWYQQKT GQSPKLLIYS ASYRITGVPD RFTGSGSGTD FTFTISSVQA EDMAVYYCQQ HYSTPPWTFG GG TKL

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分子 #4: Antibody 9.20.1A2 Fab heavy chain

分子名称: Antibody 9.20.1A2 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.340016 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
EVQLVESGGD LVQPGGSLRL SCAASGITLS GVWMNWVRQA PGKGLEWIGR IKSTSDGGRA DFAAPARGRF TMSRDESKNK LFLQMNNLG IEDTGMYYCF TRVQRDGTKD DFWGRGTLVT VSS

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分子 #5: Antibody 9.20.1A2 Fab light chain

分子名称: Antibody 9.20.1A2 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.985138 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QSVLTQPPSV SGAPGQTVTI SCTGSYSNIG AGYDVQWYQH LPGTAPKLLI YDNVHRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QTEDEADYY CQSYDSRLRD QWVFGGGTKL TVL

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 81175
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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