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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 2.1.1D5 scFv and 6D6 scFv bound | |||||||||
![]() | Structure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 2.1.1D5 scFv and 6D6 scFv bound | |||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / glycoprotein / immune system / antibody / Ebola virus / VIRAL PROTEIN-Immune System complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å | |||||||||
![]() | Yu X / Saphire EO | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The evolution and determinants of neutralization of potent head-binding antibodies against Ebola virus. 著者: Xiaoying Yu / Kathryn M Hastie / Carl W Davis / Ruben Diaz Avalos / Dewight Williams / Diptiben Parekh / Sean Hui / Colin Mann / Chitra Hariharan / Ayato Takada / Rafi Ahmed / Erica Ollmann Saphire / ![]() ![]() 要旨: Monoclonal antibodies against the Ebola virus (EBOV) surface glycoprotein are effective treatments for EBOV disease. Antibodies targeting the EBOV glycoprotein (GP) head epitope have potent ...Monoclonal antibodies against the Ebola virus (EBOV) surface glycoprotein are effective treatments for EBOV disease. Antibodies targeting the EBOV glycoprotein (GP) head epitope have potent neutralization and Fc effector function activity and thus are of high interest as therapeutics and for vaccine design. Here we focus on the head-binding antibodies 1A2 and 1D5, which have been identified previously in a longitudinal study of survivors of EBOV infection. 1A2 and 1D5 have the same heavy- and light-chain germlines despite being isolated from different individuals and at different time points after recovery from infection. Cryoelectron microscopy analysis of each antibody in complex with the EBOV surface GP reveals key amino acid substitutions in 1A2 that contribute to greater affinity, improved neutralization potency, and enhanced breadth as well as two strategies for antibody evolution from a common site. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 61.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 57 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8dplMC ![]() 8dpmC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 2.1.1D5 scFv and 6D6 scFv bound | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.99 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_27637_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_27637_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Structure of EBOV GP in complex with 2.1.1D5 scFv and 6D6 scFv
全体 | 名称: Structure of EBOV GP in complex with 2.1.1D5 scFv and 6D6 scFv |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of EBOV GP in complex with 2.1.1D5 scFv and 6D6 scFv
超分子 | 名称: Structure of EBOV GP in complex with 2.1.1D5 scFv and 6D6 scFv タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: 2.1.1D5 heavy chain variable domain
分子 | 名称: 2.1.1D5 heavy chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.057619 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFS NAWMNWVRQA PGKGLEWVGR IKSKTDGGAA DYAAPVKGRF TISRDDSKNT LYLQMNSLK TEDTAVYFCT TVYRYNYDSV WGQGTLVTVS S |
-分子 #2: 2.1.1D5 light chain variable domain
分子 | 名称: 2.1.1D5 light chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.738831 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVYWYQQ LPGTAPKLLI YGNSNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSFDSSLRD SWVFGGGTKL TVL |
-分子 #3: 6D6 single-chain variable fragment
分子 | 名称: 6D6 single-chain variable fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.853459 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQQSGTE LVKPGASVKL SCKASGYTFT SYWMHWVKQR PGQGLEWIGE INPRNGRTDF SEKFKSKATL TVDTSSSTAF IQLSSLTSE DSAVYYCARW GYYGSSDYWG QGTALTVSSG TGGSGGGGSG GGGSGGGASD IVVTQSHKFM STSVGDRVSI T CKASQDVS ...文字列: QVQLQQSGTE LVKPGASVKL SCKASGYTFT SYWMHWVKQR PGQGLEWIGE INPRNGRTDF SEKFKSKATL TVDTSSSTAF IQLSSLTSE DSAVYYCARW GYYGSSDYWG QGTALTVSSG TGGSGGGGSG GGGSGGGASD IVVTQSHKFM STSVGDRVSI T CKASQDVS VAVAWYQQKT GQSPKLLIYS ASYRITGVPD RFTGSGSGTD FTFTISSVQA EDMAVYYCQQ HYSTPPWTFG GG TKL |
-分子 #4: Glycoprotein GP1
分子 | 名称: Glycoprotein GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Mayinga-76 |
分子量 | 理論値: 31.297158 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: IPLGVIHNST LQVSDVDKLV CRDKLSSTNQ LRSVGLNLEG NGVATDVPSA TKRWGFRSGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLE IKKPDGSEC LPAAPDGIRG FPRCRYVHKV SGTGPCAGDF AFHKEGAFFL YDRLASTVIY RGTTFAEGVV AFLILPQAKK D FFSSHPLR ...文字列: IPLGVIHNST LQVSDVDKLV CRDKLSSTNQ LRSVGLNLEG NGVATDVPSA TKRWGFRSGV PPKVVNYEAG EWAENCYNLE IKKPDGSEC LPAAPDGIRG FPRCRYVHKV SGTGPCAGDF AFHKEGAFFL YDRLASTVIY RGTTFAEGVV AFLILPQAKK D FFSSHPLR EPVNATEDPS SGYYSTTIRY QATGFGTNET EYLFEVDNLT YVQLESRFTP QFLLQLNETI YTSGKRSNTT GK LIWKVNP EIDTTIGEWA FWETKKNLTR KIRSEELSFT VVS UniProtKB: Envelope glycoprotein |
-分子 #5: Glycoprotein GP2
分子 | 名称: Glycoprotein GP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 15.335362 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EAIVNAQPKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYTEGLMHNQ DGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF VDKTLPD UniProtKB: Envelope glycoprotein |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer pH 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 610008 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |