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万見
- EMDB-27538: Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with n... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27538
タイトルLymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with neutralizing antibody M28
マップデータLymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with a neutralizing antibody
試料
  • 複合体: Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with neutralizing antibody M28
    • 複合体: Glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G1
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2,Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein trimerization tag
    • 複合体: 18.5C-M28 Fab Light Chain, 18.5C-M28 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 18.5C-M28 Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: 18.5C-M28 Fab Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


corrinoid adenosyltransferase activity / host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / ATP binding ...corrinoid adenosyltransferase activity / host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Moon-Walker A / Hastie KM / Zyla DS / Saphire EO
資金援助 米国, スイス, 9件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI 142790 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 A1132244 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI14125 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI137809 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F31-AI154700 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32-AI125179 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI145815 米国
Swiss National Science FoundationP2EZP3_195680 スイス
Swiss National Science FoundationP500PB_210992 スイス
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for antibody-mediated neutralization of lymphocytic choriomeningitis virus.
著者: Alex Moon-Walker / Zeli Zhang / Dawid S Zyla / Tierra K Buck / Haoyang Li / Ruben Diaz Avalos / Sharon L Schendel / Kathryn M Hastie / Shane Crotty / Erica Ollmann Saphire /
要旨: The mammarenavirus lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) is a globally distributed zoonotic pathogen that can be lethal in immunocompromised patients and can cause severe birth defects if ...The mammarenavirus lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) is a globally distributed zoonotic pathogen that can be lethal in immunocompromised patients and can cause severe birth defects if acquired during pregnancy. The structure of the trimeric surface glycoprotein, essential for entry, vaccine design, and antibody neutralization, remains unknown. Here, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the LCMV surface glycoprotein (GP) in its trimeric pre-fusion assembly both alone and in complex with a rationally engineered monoclonal neutralizing antibody termed 18.5C-M28 (M28). Additionally, we show that passive administration of M28, either as a prophylactic or therapeutic, protects mice from LCMV clone 13 (LCMV) challenge. Our study illuminates not only the overall structural organization of LCMV GP and the mechanism for its inhibition by M28 but also presents a promising therapeutic candidate to prevent severe or fatal disease in individuals who are at risk of infection by a virus that poses a threat worldwide.
履歴
登録2022年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2023年5月3日-
現状2023年5月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27538.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27538.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with a neutralizing antibody
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 330 pix.
= 396. Å		1.2 Å/pix.
x 330 pix.
= 396. Å		1.2 Å/pix.
x 330 pix.
= 396. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.019314488 - 0.052622233
平均 (標準偏差)2.396164e-06 (±0.0011000187)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 396.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27538_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with a...

ファイルemd_27538_additional_1.map
注釈Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with a neutralizing antibody
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with a...

ファイルemd_27538_half_map_1.map
注釈Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with a neutralizing antibody
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with a...

ファイルemd_27538_half_map_2.map
注釈Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with a neutralizing antibody
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with n...

全体名称: Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with neutralizing antibody M28
要素
  • 複合体: Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with neutralizing antibody M28
    • 複合体: Glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G1
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein G2,Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein trimerization tag
    • 複合体: 18.5C-M28 Fab Light Chain, 18.5C-M28 Fab Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 18.5C-M28 Fab Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: 18.5C-M28 Fab Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with n...

超分子名称: Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with neutralizing antibody M28
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: Glycoprotein

超分子名称: Glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4
由来(天然)生物種: Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (ウイルス)

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超分子 #3: 18.5C-M28 Fab Light Chain, 18.5C-M28 Fab Heavy Chain

超分子名称: 18.5C-M28 Fab Light Chain, 18.5C-M28 Fab Heavy Chain
タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glycoprotein G1

分子名称: Glycoprotein G1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
株: Clone 13
分子量理論値: 25.52116 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: MKLCILLAVV AFVGLSLGMY GLKGPDIYKG VYQFKSVEFD MSHLNLTMPN ACSANNSHHY ISMGTSGLEL TFTNDSIISH NFCNLTSAF NKKTFDHTLM SIVSSLHLSI RGNSNYKAVS CDFNNGITIQ YNLTFSDAQS AQSQCRTFRG RVLDMFRTAF G GKYMRSCW ...文字列:
MKLCILLAVV AFVGLSLGMY GLKGPDIYKG VYQFKSVEFD MSHLNLTMPN ACSANNSHHY ISMGTSGLEL TFTNDSIISH NFCNLTSAF NKKTFDHTLM SIVSSLHLSI RGNSNYKAVS CDFNNGITIQ YNLTFSDAQS AQSQCRTFRG RVLDMFRTAF G GKYMRSCW GWTGSDGKTT WCSQTSYQYL IIQNRTWENH CTYAGPFGMS RILLSQEKTK FLTRRRR

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分子 #2: 18.5C-M28 Fab Light Chain

分子名称: 18.5C-M28 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.306834 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVI SYYVAWYQHK GGQAPRLLIY GASSRATGVP DRFSGSGSGT DFTLTISSLE PEDFALYYC QYYGSSPLWA FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
DIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVI SYYVAWYQHK GGQAPRLLIY GASSRATGVP DRFSGSGSGT DFTLTISSLE PEDFALYYC QYYGSSPLWA FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRG

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分子 #3: 18.5C-M28 Fab Heavy Chain

分子名称: 18.5C-M28 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.610715 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DEVQLVQSGG GLVRPGGSLR LSCAAAGFTF KRYSMNWVRQ APGRGLEWVS SITSRGGSKT YYADVVKGRF TVSRDNAKQS LYLQMNSLR AEDTAIYFCA RSLHSTSQPS YMDVWGRKIT VIVSSASTKG PSVFPLAPSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
DEVQLVQSGG GLVRPGGSLR LSCAAAGFTF KRYSMNWVRQ APGRGLEWVS SITSRGGSKT YYADVVKGRF TVSRDNAKQS LYLQMNSLR AEDTAIYFCA RSLHSTSQPS YMDVWGRKIT VIVSSASTKG PSVFPLAPSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKRVE PK

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分子 #4: Glycoprotein G2,Cobalamin adenosyltransferase-like domain-contain...

分子名称: Glycoprotein G2,Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein trimerization tag
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
株: Clone 13
分子量理論値: 42.166777 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: GTFTWTLSDS SGVENPGGYC LTKWMILAAE LKCFGNTAVA KCNVNHDEEF CDMLRLIDYN KAALSKFKPD VESALHLFKT TVNSLISDQ LLMRNHLRDL MCVPYCNYSK FWYLEHAKTG ETSVPKCWLV TNGAYLNETH FSDQIEQEAD NMITEMLRKD Y IKRQGLEG ...文字列:
GTFTWTLSDS SGVENPGGYC LTKWMILAAE LKCFGNTAVA KCNVNHDEEF CDMLRLIDYN KAALSKFKPD VESALHLFKT TVNSLISDQ LLMRNHLRDL MCVPYCNYSK FWYLEHAKTG ETSVPKCWLV TNGAYLNETH FSDQIEQEAD NMITEMLRKD Y IKRQGLEG GSPVVEVQGT IDELNSFIGY ALVLSRWDDI RNDLFRIQND LFVLGEDVST GGKGRTVTRE MIDYLEARVK EM KAEIGKI ELFVVPGGSV ESASLHMARA VSRRLERRIV AASKLTEINK NVLIYANRLS SILFMHALIS NKRLNIPEKI WAL EVDDDD KAGWSHPQFE KGGGSGGGSG GGSWSHPQFE KGSGGLNDIF EAQKIEWHE

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34783
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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