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- EMDB-27536: CYP102A1 in Closed Conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27536
タイトルCYP102A1 in Closed Conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: CYP102A1
    • タンパク質・ペプチド: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 6-methoxy-2-{[(4-methoxy-3,5-dimethylpyridin-2-yl)methyl]sulfanyl}-1H-benzimidazole
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: TETRAETHYLENE GLYCOL
キーワードcytochrome P450 electron transfer protein dynamic CYP102A1 / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Su M / Xu H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insight into the conformational dynamics of cytochrome P450 CYP102A1 enzyme using Cryo-EM
著者: Su M / Xu H
履歴
登録2022年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27536.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.02 Å/pix.
x 180 pix.
= 363.6 Å		2.02 Å/pix.
x 180 pix.
= 363.6 Å		2.02 Å/pix.
x 180 pix.
= 363.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-1.143026 - 5.4600677
平均 (標準偏差)0.0012281248 (±0.12800443)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 363.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27536_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_27536_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CYP102A1

全体名称: CYP102A1
要素
  • 複合体: CYP102A1
    • タンパク質・ペプチド: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 6-methoxy-2-{[(4-methoxy-3,5-dimethylpyridin-2-yl)methyl]sulfanyl}-1H-benzimidazole
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: TETRAETHYLENE GLYCOL

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超分子 #1: CYP102A1

超分子名称: CYP102A1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: BM3 CYP102A
由来(天然)生物種: Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

分子名称: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)
株: ATCC 14581 / DSM 32 / CCUG 1817 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / NRRL B-14308 / VKM B-512 / Ford 19
分子量理論値: 116.887188 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTIKEMPQPK TFGELKNLPL LNTDKPVQAL MKIADELGEI FKFEAPGRVT RYLSSQRLIK EACDESRFDK NLSQALKFVR DFFGDGLFT SWTHEKNWKK AHNILLPSFS QQAMKGYHAM MVDIAVQLVQ KWERLNADEH IEVPEDMTRL TLDTIGLCGF N YRFNSFYR ...文字列:
MTIKEMPQPK TFGELKNLPL LNTDKPVQAL MKIADELGEI FKFEAPGRVT RYLSSQRLIK EACDESRFDK NLSQALKFVR DFFGDGLFT SWTHEKNWKK AHNILLPSFS QQAMKGYHAM MVDIAVQLVQ KWERLNADEH IEVPEDMTRL TLDTIGLCGF N YRFNSFYR DQPHPFITSM VRALDEAMNK LQRANPDDPA YDENKRQFQE DIKVMNDLVD KIIADRKASG EQSDDLLTHM LN GKDPETG EPLDDENIRY QIITFLIAGH ETTSGLLSFA LYFLVKNPHV LQKAAEEAAR VLVDPVPSYK QVKQLKYVGM VLN EALRLW PTAPAFSLYA KEDTVLGGEY PLEKGDELMV LIPQLHRDKT IWGDDVEEFR PERFENPSAI PQHAFKPFGN GQRA CIGQQ FALHEATLVL GMMLKHFDFE DHTNYELDIK ETLTLKPEGF VVKAKSKKIP LKKVRKKAEN AHNTPLLVLY GSNMG TAEG TARDLADIAM SKGFAPQVAT LDSHAGNLPR EGAVLIVTAS YNGHPPDNAK QFVDWLDQAS ADEVKGVRYS VFGCGD KNW ATTYQKVPAF IDETLAAKGA ENIADRGEAD ASDDFEGTYE EWREHMWSDV AAYFNLDIEN SEDNKSTLSL QFVDSAA DM PLAKMHGAFS TNVVASKELQ QPGSARSTRH LEIELPKEAS YQEGDHLGVI PRNYEGIVNR VTARFGLDAS QQIRLEAE E EKLAHLPLAK TVSVEELLQY VELQDPVTRT QLRAMAAKTV CPPHKVELEA LLEKQAYKEQ VLAKRLTMLE LLEKYPACE MKFSEFIALL PSIRPRYYSI SSSPRVDEKQ ASITVSVVSG EAWSGYGEYK GIASNYLAEL QEGDTITCFI STPQSEFTLP KDPETPLIM VGPGTGVAPF RGFVQARKQL KEQGQSLGEA HLYFGCRSPH EDYLYQEELE NAQSEGIITL HTAFSRMPNQ P KTYVQHVM EQDGKKLIEL LDQGAHFYIC GDGSQMAPAV EATLMKSYAD VHQVSEADAR LWLQQLEEKG RYAKDVWAG

UniProtKB: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

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分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #3: 6-methoxy-2-{[(4-methoxy-3,5-dimethylpyridin-2-yl)methyl]sulfanyl...

分子名称: 6-methoxy-2-{[(4-methoxy-3,5-dimethylpyridin-2-yl)methyl]sulfanyl}-1H-benzimidazole
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: 1C6
分子量理論値: 329.417 Da
Chemical component information

ChemComp-1C6:
6-methoxy-2-{[(4-methoxy-3,5-dimethylpyridin-2-yl)methyl]sulfanyl}-1H-benzimidazole / オメプラゾ-ルスルフィド / 薬剤*YM

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分子 #4: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

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分子 #5: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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分子 #6: SULFATE ION

分子名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: SO4
分子量理論値: 96.063 Da
Chemical component information

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

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分子 #7: TETRAETHYLENE GLYCOL

分子名称: TETRAETHYLENE GLYCOL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: PG4
分子量理論値: 194.226 Da
Chemical component information

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: K2HPO4-KH2PO4-KCL
構成要素 - 名称: sodium phosphate + potassium chloride
詳細: Fresh prepare sodium phosphate (50mM) + potassium chloride (150mM), pH7.4 and filter with 0.22um filters.
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The CYP102A1 sample purify and concentrated to 5mg/ml.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 15.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 249374
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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