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万見
- EMDB-27428: Cryo-EM structure of a RAS/RAF complex (state 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27428
タイトルCryo-EM structure of a RAS/RAF complex (state 1)
マップデータ
試料
  • 複合体: Kinase Complex state-1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase B-raf
    • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta
  • タンパク質・ペプチド: GTPase KRas isoform X2
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
キーワードkinase complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / placenta blood vessel development / trehalose metabolism in response to stress / regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / labyrinthine layer development ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / placenta blood vessel development / trehalose metabolism in response to stress / regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / type B pancreatic cell proliferation / Signalling to p38 via RIT and RIN / cerebellar cortex formation / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / Signaling by MAP2K mutants / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase binding / trachea formation / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / protein kinase activator activity / endodermal cell differentiation / face development / MAPK3 (ERK1) activation / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / Bergmann glial cell differentiation / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / MAP kinase kinase kinase activity / Schwann cell development / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / keratinocyte differentiation / positive regulation of stress fiber assembly / response to cAMP / cellular response to calcium ion / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein serine/threonine kinase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / substrate adhesion-dependent cell spreading / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / small monomeric GTPase / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / Signal transduction by L1 / cell motility / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / visual learning / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / neuron differentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / chemotaxis / MAPK cascade / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / late endosome / presynapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / heart development / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / cell body / T cell differentiation in thymus / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GTPase KRas / Serine/threonine-protein kinase B-raf / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / 14-3-3 protein zeta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Spodoptera exigua (シロイチモジヨトウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Eck MJ / Jeon H / Park E / Rawson S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P50CA165962 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA242461 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R50CA220830 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of a RAS/RAF recruitment complex.
著者: Eunyoung Park / Shaun Rawson / Anna Schmoker / Byeong-Won Kim / Sehee Oh / Kangkang Song / Hyesung Jeon / Michael J Eck /
要旨: RAF-family kinases are activated by recruitment to the plasma membrane by GTP-bound RAS, whereupon they initiate signaling through the MAP kinase cascade. Prior structural studies of KRAS with RAF ...RAF-family kinases are activated by recruitment to the plasma membrane by GTP-bound RAS, whereupon they initiate signaling through the MAP kinase cascade. Prior structural studies of KRAS with RAF have focused on the isolated RAS-binding and cysteine-rich domains of RAF (RBD and CRD, respectively), which interact directly with RAS. Here we describe cryo-EM structures of a KRAS bound to intact BRAF in an autoinhibited state with MEK1 and a 14-3-3 dimer. Analysis of this KRAS/BRAF/MEK1/14-3-3 complex reveals KRAS bound to the RAS-binding domain of BRAF, captured in two orientations. Core autoinhibitory interactions in the complex are unperturbed by binding of KRAS and in vitro activation studies confirm that KRAS binding is insufficient to activate BRAF, absent membrane recruitment. These structures illustrate the separability of binding and activation of BRAF by RAS and suggest stabilization of this pre-activation intermediate as an alternative therapeutic strategy to blocking binding of KRAS.
履歴
登録2022年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2023年8月9日-
現状2023年8月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27428.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27428.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.7060471 - 1.5982138
平均 (標準偏差)0.0028342665 (±0.044874486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 255.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_27428_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27428_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27428_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Kinase Complex state-1

全体名称: Kinase Complex state-1
要素
  • 複合体: Kinase Complex state-1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase B-raf
    • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: 14-3-3 protein zeta
  • タンパク質・ペプチド: GTPase KRas isoform X2
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

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超分子 #1: Kinase Complex state-1

超分子名称: Kinase Complex state-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 225 KDa

+
分子 #1: Serine/threonine-protein kinase B-raf

分子名称: Serine/threonine-protein kinase B-raf / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: ATPgS / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.402789 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYYHHHHHH HHDIPTTENL YFQGAMDMAA LSGGGGGGAE PGQALFNGDM EPEAGAGAGA AASSAADPAI PEEVWNIKQM IKLTQEHIE ALLDKFGGEH NPPSIYLEAY EEYTSKLDAL QQREQQLLES LGNGTDFSVS SSASMDTVTS SSSSSLSVLP S SLSVFQNP ...文字列:
MSYYHHHHHH HHDIPTTENL YFQGAMDMAA LSGGGGGGAE PGQALFNGDM EPEAGAGAGA AASSAADPAI PEEVWNIKQM IKLTQEHIE ALLDKFGGEH NPPSIYLEAY EEYTSKLDAL QQREQQLLES LGNGTDFSVS SSASMDTVTS SSSSSLSVLP S SLSVFQNP TDVARSNPKS PQKPIVRVFL PNKQRTVVPA RCGVTVRDSL KKALMMRGLI PECCAVYRIQ DGEKKPIGWD TD ISWLTGE ELHVEVLENV PLTTHNFVRK TFFTLAFCDF CRKLLFQGFR CQTCGYKFHQ RCSTEVPLMC VNYDQLDLLF VSK FFEHHP IPQEEASLAE TALTSGSSPS APASDSIGPQ ILTSPSPSKS IPIPQPFRPA DEDHRNQFGQ RDRSS(SEP)APNV HINTIEPVN IDDLIRDQGF RGDGGSTTGL SATPPASLPG SLTNVKALQK SPGPQRERKS SSSSEDRNRM KTLGRRDSSD D WEIPDGQI TVGQRIGSGS FGTVYKGKWH GDVAVKMLNV TAPTPQQLQA FKNEVGVLRK TRHVNILLFM GYSTKPQLAI VT QWCEGSS LYHHLHIIET KFEMIKLIDI ARQTAQGMDY LHAKSIIHRD LKSNNIFLHE DLTVKIGDFG LATVKSRWSG SHQ FEQLSG SILWMAPEVI RMQDKNPYSF QSDVYAFGIV LYELMTGQLP YSNINNRDQI IFMVGRGYLS PDLSKVRSNC PKAM KRLMA ECLKKKRDER PLFPQILASI ELLARSLPKI HRSA(SEP)EPSLN RAGFQTEDFS LYACASPKTP IQAGGYGAFP V HGTSAWSH PQFEK

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase B-raf

+
分子 #2: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

分子名称: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: GDC-0623, ATPgS / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mitogen-activated protein kinase kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.835414 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH SAVDENLYFQ GGMPKKKPTP IQLNPAPDGS AVNGTSSAET NLEALQKKLE ELELDEQQRK RLEAFLTQKQ KVGELKDDD FEKISELGAG NGGVVFKVSH KPSGLVMARK LIHLEIKPAI RNQIIRELQV LHECNSPYIV GFYGAFYSDG E ISICMEHM ...文字列:
MGSSHHHHHH SAVDENLYFQ GGMPKKKPTP IQLNPAPDGS AVNGTSSAET NLEALQKKLE ELELDEQQRK RLEAFLTQKQ KVGELKDDD FEKISELGAG NGGVVFKVSH KPSGLVMARK LIHLEIKPAI RNQIIRELQV LHECNSPYIV GFYGAFYSDG E ISICMEHM DGGSLDQVLK KAGRIPEQIL GKVSIAVIKG LTYLREKHKI MHRDVKPSNI LVNSRGEIKL CDFGVSGQLI DA MANAFVG TRSYMSPERL QGTHYSVQSD IWSMGLSLVE MAVGRYPIPP PDAKELELMF GCQVEGDAAE TPPRPRTPGR PLS SYGMDS RPPMAIFELL DYIVNEPPPK LPSGVFSLEF QDFVNKCLIK NPAERADLKQ LMVHAFIKRS DAEEVDFAGW LCST IGLNQ PSTPTHAAG

UniProtKB: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

+
分子 #3: 14-3-3 protein zeta

分子名称: 14-3-3 protein zeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spodoptera exigua (シロイチモジヨトウ)
分子量理論値: 28.108514 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSVDKEELVQ RAKLAEQAER YDDMAAAMKE VTETGVELSN EERNLLSVAY KNVVGARRSS WRVISSIEQK TEGSERKQQM AKEYRVKVE KELREICYDV LGLLDKHLIP KASNPESKVF YLKMKGDYYR YLAEVATGET RNSVVEDSQK AYQDAFEISK A KMQPTHPI ...文字列:
MSVDKEELVQ RAKLAEQAER YDDMAAAMKE VTETGVELSN EERNLLSVAY KNVVGARRSS WRVISSIEQK TEGSERKQQM AKEYRVKVE KELREICYDV LGLLDKHLIP KASNPESKVF YLKMKGDYYR YLAEVATGET RNSVVEDSQK AYQDAFEISK A KMQPTHPI RLGLALNFSV FYYEILNSPD KACQLAKQAF DDAIAELDTL NEDSYKDSTL IMQLLRDNLT LWTSDTQGDG DE PAEGGDN

UniProtKB: 14-3-3 protein zeta

+
分子 #4: GTPase KRas isoform X2

分子名称: GTPase KRas isoform X2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: GMPPNP / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.868625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGSL VPRSENLYFQ GSMTEYKLVV VGAGGVGKSA LTIQLIQNHF VDEYDPTIED SYRKQVVIDG ETCLLDILDT AGQEEYSAM RDQYMRTGEG FLCVFAINNT KSFEDIHHYR EQIKRVKDSE DVPMVLVGNK CDLPSRTVDT KQAQDLARSY G IPFIETSA ...文字列:
MHHHHHHGSL VPRSENLYFQ GSMTEYKLVV VGAGGVGKSA LTIQLIQNHF VDEYDPTIED SYRKQVVIDG ETCLLDILDT AGQEEYSAM RDQYMRTGEG FLCVFAINNT KSFEDIHHYR EQIKRVKDSE DVPMVLVGNK CDLPSRTVDT KQAQDLARSY G IPFIETSA KTRQGVDDAF YTLVREIRKH KEK

UniProtKB: GTPase KRas

+
分子 #5: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a...

分子名称: 5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: LCJ
分子量理論値: 456.21 Da
Chemical component information

ChemComp-LCJ:
5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)imidazo[1,5-a]pyridine-6-carboxamide

+
分子 #9: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69377
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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