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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27408 | |||||||||
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タイトル | Ectodomain of full-length wild-type KIT-SCF dimers | |||||||||
マップデータ | Ectodomain local refinement of full-length KIT-SCF dimers | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | : / : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Krimmer SG / Bertoletti N / Mi W / Schlessinger J | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM analyses of KIT and oncogenic mutants reveal structural oncogenic plasticity and a target for therapeutic intervention. 著者: Stefan G Krimmer / Nicole Bertoletti / Yoshihisa Suzuki / Luka Katic / Jyotidarsini Mohanty / Sheng Shu / Sangwon Lee / Irit Lax / Wei Mi / Joseph Schlessinger / 要旨: The receptor tyrosine kinase KIT and its ligand stem cell factor (SCF) are required for the development of hematopoietic stem cells, germ cells, and other cells. A variety of human cancers, such as ...The receptor tyrosine kinase KIT and its ligand stem cell factor (SCF) are required for the development of hematopoietic stem cells, germ cells, and other cells. A variety of human cancers, such as acute myeloid leukemia, gastrointestinal stromal tumor, and mast cell leukemia, are driven by somatic gain-of-function KIT mutations. Here, we report cryo electron microscopy (cryo-EM) structural analyses of full-length wild-type and two oncogenic KIT mutants, which show that the overall symmetric arrangement of the extracellular domain of ligand-occupied KIT dimers contains asymmetric D5 homotypic contacts juxtaposing the plasma membrane. Mutational analysis of KIT reveals in D5 region an "Achilles heel" for therapeutic intervention. A ligand-sensitized oncogenic KIT mutant exhibits a more comprehensive and stable D5 asymmetric conformation. A constitutively active ligand-independent oncogenic KIT mutant adopts a V-shaped conformation solely held by D5-mediated contacts. Binding of SCF to this mutant fully restores the conformation of wild-type KIT dimers, including the formation of salt bridges responsible for D4 homotypic contacts and other hallmarks of SCF-induced KIT dimerization. These experiments reveal an unexpected structural plasticity of oncogenic KIT mutants and a therapeutic target in D5. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27408.map.gz | 165.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27408-v30.xml emd-27408.xml | 22.5 KB 22.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27408_fsc.xml | 15.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27408.png | 58.8 KB | ||
マスクデータ | emd_27408_msk_1.map | 347.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_27408_additional_1.map.gz emd_27408_half_map_1.map.gz emd_27408_half_map_2.map.gz | 311.8 MB 322.1 MB 322.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27408 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27408 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27408_validation.pdf.gz | 737 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27408_full_validation.pdf.gz | 736.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27408_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27408_validation.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27408 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27408 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dfmMC 8dfpC 8dfqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ectodomain local refinement of full-length KIT-SCF dimers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.346 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27408_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Main map after deepEMhancer post-processing
ファイル | emd_27408_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Main map after deepEMhancer post-processing | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A of main map
ファイル | emd_27408_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of main map
ファイル | emd_27408_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Full-length wild-type KIT-SCF dimers reconstituted in amphipol
全体 | 名称: Full-length wild-type KIT-SCF dimers reconstituted in amphipol |
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要素 |
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-超分子 #1: Full-length wild-type KIT-SCF dimers reconstituted in amphipol
超分子 | 名称: Full-length wild-type KIT-SCF dimers reconstituted in amphipol タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: Isoform 2 of Mast/stem cell growth factor receptor Kit
分子 | 名称: Isoform 2 of Mast/stem cell growth factor receptor Kit タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 110.657008 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MTILCWLALL STLTAVNADY KDDDDKRPHA MGEPSPPSIH PGKSDLIVRV GDEIRLLCTD PGFVKWTFEI LDETNENKQN EWITEKAEA TNTGKYTCTN KHGLSNSIYV FVRDPAKLFL VDRSLYGKED NDTLVRCPLT DPEVTNYSLK GCQGKPLPKD L RFIPDPKA ...文字列: MTILCWLALL STLTAVNADY KDDDDKRPHA MGEPSPPSIH PGKSDLIVRV GDEIRLLCTD PGFVKWTFEI LDETNENKQN EWITEKAEA TNTGKYTCTN KHGLSNSIYV FVRDPAKLFL VDRSLYGKED NDTLVRCPLT DPEVTNYSLK GCQGKPLPKD L RFIPDPKA GIMIKSVKRA YHRLCLHCSV DQEGKSVLSE KFILKVRPAF KAVPVVSVSK ASYLLREGEE FTVTCTIKDV SS SVYSTWK RENSQTKLQE KYNSWHHGDF NYERQATLTI SSARVNDSGV FMCYANNTFG SANVTTTLEV VDKGFINIFP MIN TTVFVN DGENVDLIVE YEAFPKPEHQ QWIYMNRTFT DKWEDYPKSE NESNIRYVSE LHLTRLKGTE GGTYTFLVSN SDVN AAIAF NVYVNTKPEI LTYDRLVNGM LQCVAAGFPE PTIDWYFCPG TEQRCSASVL PVDVQTLNSS GPPFGKLVVQ SSIDS SAFK HNGTVECKAY NDVGKTSAYF NFAFKEQIHP HTLFTPLLIG FVIVAGMMCI IVMILTYKYL QKPMYEVQWK VVEEIN GNN YVYIDPTQLP YDHKWEFPRN RLSFGKTLGA GAFGKVVEAT AYGLIKSDAA MTVAVAMLKP SAHLTEREAL MSELKVL SY LGNHMNIVNL LGACTIGGPT LVITEYCCYG DLLNFLRRKR DSFICSKQED HAEAALYKNL LHSKESSCSD STNEYMDM K PGVSYVVPTK ADKRRSVRIG SYIERDVTPA IMEDDELALD LEDLLSFSYQ VAKGMAFLAS KNCIHRDLAA RNILLTHGR ITKICDFGLA RDIKNDSNYV VKGNARLPVK WMAPESIFNC VYTFESDVWS YGIFLWELFS LGSSPYPGMP VDSKFYKMIK EGFRMLSPE HAPAEMYDIM KTCWDADPLK RPTFKQIVQL IEKQISESTN HIYSNLANCS PNRQKPVVDH SVRINSVGST A SSSQPLLV HDDVGSHHHH HH |
-分子 #2: Soluble KIT ligand
分子 | 名称: Soluble KIT ligand / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 16.007306 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: EGICRNRVTN NVKDVTKLVA NLPKDYMITL KYVPGMDVLP SHCWISEMVV QLSDSLTDLL DKFSNISEGL SNYSIIDKLV NIVDDLVEC VKENSSKDLK KSFKSPEPRL FTPEEFFRIF NRSIDAFKDF VVASETSDCV VS |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5.6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Blotting time 3 sec, blotting force 0.. | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | SerialEM COMA-FREE ALIGNMENT |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5925 / 平均露光時間: 8.9 sec. / 平均電子線量: 49.23 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |