[日本語] English
万見
- EMDB-27384: Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the pres... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27384
タイトルNative serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the presence of methamphetamine
マップデータthe sharpened map
試料
  • 複合体: native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the presence of methamphetamine
    • タンパク質・ペプチド: Transporter
    • タンパク質・ペプチド: 15B8 Fab heavy chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: 15B8 Fab light chain variable domain
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: (2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
キーワードmethamphetamine / SERT / native protein / pig brain / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


serotonin:sodium:chloride symporter activity / antiporter activity / presynapse / endosome membrane / neuron projection / focal adhesion / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, serotonin, N-terminal / Serotonin (5-HT) neurotransmitter transporter, N-terminus / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sus scrofa (ブタ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yang D / Gouaux E
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR) 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the presence of methamphetamine
著者: Yang D / Gouaux E
履歴
登録2022年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_27384.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27384.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈the sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.16 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.16 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.831 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-1.2697263 - 1.6441079
平均 (標準偏差)0.000001282144 (±0.024771333)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 299.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: the unsharpened map

ファイルemd_27384_additional_1.map
注釈the unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_27384_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_27384_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the pres...

全体名称: native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the presence of methamphetamine
要素
  • 複合体: native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the presence of methamphetamine
    • タンパク質・ペプチド: Transporter
    • タンパク質・ペプチド: 15B8 Fab heavy chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: 15B8 Fab light chain variable domain
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: (2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

-
超分子 #1: native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the pres...

超分子名称: native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab in the presence of methamphetamine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

-
分子 #1: Transporter

分子名称: Transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 60.778879 KDa
配列文字列: RETWGKKVDF LLSVIGYAVD LGNVWRFPYI CYQNGGGAFL LPYTIMAIFG GIPLFYMELA LGQYHRNGCI SIWRKICPIF KGIGFAICV IAFYIASYYN TIMAWALYYL ISSFTDQLPW TSCKNSWNTG NCTNYFSEDN VTWMLHSTSP AEEFYTRHVL Q IHRSKGLQ ...文字列:
RETWGKKVDF LLSVIGYAVD LGNVWRFPYI CYQNGGGAFL LPYTIMAIFG GIPLFYMELA LGQYHRNGCI SIWRKICPIF KGIGFAICV IAFYIASYYN TIMAWALYYL ISSFTDQLPW TSCKNSWNTG NCTNYFSEDN VTWMLHSTSP AEEFYTRHVL Q IHRSKGLQ DLGGISWQLA LCIMLIFTII YFSIWKGVKT SGKVVWVTAT FPYIILSILL VRGATLPGAW RGVLFYLKPN WQ KLLETGV WVDAAAQIFF SLGPGFGVLL AFASYNKFNN NCYQDALVTS VVNCMTSFVS GFVIFTVLGY MAEMRNEDVS EVA KDAGPS LLFITYAEAI ANMPASTFFA IIFFLMLITL GLDSTFAGLE GVITAVLDEF PHFWSKRREW LALGVVITCF LGSL ITLTF GGAYVVKLLE EFATGPAVLT VALIEAVAVF WFYGITQFCS DVKEMLGFSP GWFWRICWVA ISPLFLVFII CSFLM SPPQ LWLFQYNYPQ WSIILGYCIG TSSFICIPTY ITYRLIITPG TLKERIVKGI TPETP

UniProtKB: Transporter

-
分子 #2: 15B8 Fab heavy chain variable domain

分子名称: 15B8 Fab heavy chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.980533 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列:
QVQLQQSGPE LVKLGASVRI SCKASGYRFS YSWMNWVKQR PGKGLEWIGR IYPGDGDTKY SGKFKGKATL TADKSSSTVY MQLSSLTSE DSAVYFCARS AYGSEGFAMD YWGQGTSVT

-
分子 #3: 15B8 Fab light chain variable domain

分子名称: 15B8 Fab light chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.776065 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列:
DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD NYGISFLNWF QQKPGQPPKL LIYAASNQGS GVPARFSGSG SGTYFSLNIH PMEEDDTAV YFCQQTKGVS WTFGGGTKVE I

-
分子 #5: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

-
分子 #6: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

-
分子 #7: (2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine

分子名称: (2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: B40
分子量理論値: 149.233 Da
Chemical component information

ChemComp-B40:
(2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine / メタンフェタミン

-
分子 #8: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

-
分子 #9: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 271242
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る