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- EMDB-27382: Helical rods of far-red light-absorbing allophycocyanin in Synech... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27382
タイトルHelical rods of far-red light-absorbing allophycocyanin in Synechococcus sp.
マップデータSharpened and masked far-red light allophycocyanin
試料
  • 複合体: Far-red light allophycocyanin
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin subunit beta
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water
機能・相同性Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / Globin-like superfamily / Allophycocyanin subunit beta / Allophycocyanin subunit alpha
機能・相同性情報
生物種Synechococcus sp. 63AY4M1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Gisriel CJ / Shen GS / Soulier NT / Flesher DA / Brudvig GW / Bryant DA
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1613022 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15646 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0001423 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM140174 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008283 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Helical allophycocyanin nanotubes absorb far-red light in a thermophilic cyanobacterium.
著者: Christopher J Gisriel / Eduard Elias / Gaozhong Shen / Nathan T Soulier / David A Flesher / M R Gunner / Gary W Brudvig / Roberta Croce / Donald A Bryant /
要旨: To compete in certain low-light environments, some cyanobacteria express a paralog of the light-harvesting phycobiliprotein, allophycocyanin (AP), that strongly absorbs far-red light (FRL). Using ...To compete in certain low-light environments, some cyanobacteria express a paralog of the light-harvesting phycobiliprotein, allophycocyanin (AP), that strongly absorbs far-red light (FRL). Using cryo-electron microscopy and time-resolved absorption spectroscopy, we reveal the structure-function relationship of this FRL-absorbing AP complex (FRL-AP) that is expressed during acclimation to low light and that likely associates with chlorophyll a-containing photosystem I. FRL-AP assembles as helical nanotubes rather than typical toroids due to alterations of the domain geometry within each subunit. Spectroscopic characterization suggests that FRL-AP nanotubes are somewhat inefficient antenna; however, the enhanced ability to harvest FRL when visible light is severely attenuated represents a beneficial trade-off. The results expand the known diversity of light-harvesting proteins in nature and exemplify how biological plasticity is achieved by balancing resource accessibility with efficiency.
履歴
登録2022年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2023年4月5日-
現状2023年4月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27382.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27382.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened and masked far-red light allophycocyanin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 264 pix.
= 219.648 Å		0.83 Å/pix.
x 264 pix.
= 219.648 Å		0.83 Å/pix.
x 264 pix.
= 219.648 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.069185816 - 0.13853997
平均 (標準偏差)0.0002648798 (±0.0039718198)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 219.64801 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened

ファイルemd_27382_additional_1.map
注釈Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half1

ファイルemd_27382_half_map_1.map
注釈Half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half2

ファイルemd_27382_half_map_2.map
注釈Half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Far-red light allophycocyanin

全体名称: Far-red light allophycocyanin
要素
  • 複合体: Far-red light allophycocyanin
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin subunit beta
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Far-red light allophycocyanin

超分子名称: Far-red light allophycocyanin / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. 63AY4M1 (バクテリア)

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分子 #1: Allophycocyanin subunit alpha

分子名称: Allophycocyanin subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. 63AY4M1 (バクテリア)
分子量理論値: 20.526518 KDa
組換発現生物種: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
配列文字列:
MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMQAAASMSI VAQVIAQSDA ADRFLSSAEI AKLEDFFSKG QVRIRAAQKL AENEQKIVQE GSKRFWAKC PNTPSNKGNP QKTALCQRDQ GWYIRLVSYC ILAGNDKPLE DIGLNGMREM YISLGVPLPN LRVAMSCLKE V AAGILSSE EMALAAPYFD RLIRAF

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分子 #2: Allophycocyanin subunit beta

分子名称: Allophycocyanin subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechococcus sp. 63AY4M1 (バクテリア)
分子量理論値: 17.712303 KDa
組換発現生物種: Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
配列文字列:
MKDTITSLIN PADEKGSYLD AAALEQLNRY FQSGNMRVKA AKTISSSASS IISKTVAKSL LYGDITLPGG (MEN)MYPTR RYA ACLRDLTYFL RYATYAMLAA DPSILDERVL QGLKETYITL GVPIDRVIQA LNAMKEVLTE SLDTEASQEM AVYLDHI IA GLS

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分子 #3: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

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分子 #4: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 330 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 59.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4po5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 74095
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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