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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27139 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Gorman J / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023 タイトル: An influenza H1 hemagglutinin stem-only immunogen elicits a broadly cross-reactive B cell response in humans. 著者: Sarah F Andrews / Lauren Y Cominsky / Geoffrey D Shimberg / Rebecca A Gillespie / Jason Gorman / Julie E Raab / Joshua Brand / Adrian Creanga / Suprabhath R Gajjala / Sandeep Narpala / ...著者: Sarah F Andrews / Lauren Y Cominsky / Geoffrey D Shimberg / Rebecca A Gillespie / Jason Gorman / Julie E Raab / Joshua Brand / Adrian Creanga / Suprabhath R Gajjala / Sandeep Narpala / Crystal S F Cheung / Darcy R Harris / Tongqing Zhou / Ingelise Gordon / LaSonji Holman / Floreliz Mendoza / Katherine V Houser / Grace L Chen / John R Mascola / Barney S Graham / Peter D Kwong / Alicia Widge / Lesia K Dropulic / Julie E Ledgerwood / Masaru Kanekiyo / Adrian B McDermott / 要旨: Current yearly seasonal influenza vaccines primarily induce an antibody response directed against the immunodominant but continually diversifying hemagglutinin (HA) head region. These antibody ...Current yearly seasonal influenza vaccines primarily induce an antibody response directed against the immunodominant but continually diversifying hemagglutinin (HA) head region. These antibody responses provide protection against the vaccinating strain but little cross-protection against other influenza strains or subtypes. To focus the immune response on subdominant but more conserved epitopes on the HA stem that might protect against a broad range of influenza strains, we developed a stabilized H1 stem immunogen lacking the immunodominant head displayed on a ferritin nanoparticle (H1ssF). Here, we evaluated the B cell response to H1ssF in healthy adults ages 18 to 70 in a phase 1 clinical trial (NCT03814720). We observed both a strong plasmablast response and sustained elicitation of cross-reactive HA stem-specific memory B cells after vaccination with H1ssF in individuals of all ages. The B cell response was focused on two conserved epitopes on the H1 stem, with a highly restricted immunoglobulin repertoire unique to each epitope. On average, two-thirds of the B cell and serological antibody response recognized a central epitope on the H1 stem and exhibited broad neutralization across group 1 influenza virus subtypes. The remaining third recognized an epitope near the viral membrane anchor and was largely limited to H1 strains. Together, we demonstrate that an H1 HA immunogen lacking the immunodominant HA head produces a robust and broadly neutralizing HA stem-directed B cell response. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27139.map.gz | 96.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27139-v30.xml emd-27139.xml | 26.6 KB 26.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27139.png | 98.5 KB | ||
マスクデータ | emd_27139_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_27139_additional_1.map.gz emd_27139_additional_2.map.gz emd_27139_half_map_1.map.gz emd_27139_half_map_2.map.gz | 32.1 MB 13.1 MB 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27139 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27139 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27139_validation.pdf.gz | 937 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27139_full_validation.pdf.gz | 936.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27139_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27139_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27139 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27139 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8d21MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27139_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_27139_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: density modified with resolve
ファイル | emd_27139_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | density modified with resolve | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_27139_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_27139_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited,...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited,...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: 1B06 Fab with NC99 HA trimer
超分子 | 名称: 1B06 Fab with NC99 HA trimer / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
-分子 #1: Hemagglutinin HA2 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.263104 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINCITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNNECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL ...文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINCITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNNECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREKIDGVSG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHH |
-分子 #2: Hemagglutinin HA1 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 36.407852 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVC EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYVNNK ...文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVC EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYVNNK EKEVLVLWGV HHPPNIGNQR ALYHTENAYV SVVSSHYSRR FTPEIAKRPK VRDQEGRINY YWTLLEPGDT II FEANGNL IAPWYAFALS RGFGSGIITS NAPMDECDAK CQTPQGAINS SLPFQNVHPV TIGECPKYVR SAKLRMVTGL RNI PSIQSR |
-分子 #3: 1B06 Heavy Chain
分子 | 名称: 1B06 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.499133 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLLESGGG LVRPGGSLRL SCKASGFSFS RHGLSWVRQA PGKGLEWVSS ISGSSLSRYY ADSVKGRFTI SRDNSQNTLY LQMNSLRVE DTAVFYCVKD RLDTAVPRGW FDSWGQGILV TVSS |
-分子 #4: 1B06 Light Chain
分子 | 名称: 1B06 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.77808 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGDRAT LSCRASQSVS TELAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATDIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYFCQ QYNNWPPITF GQGTRLEIK |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 70.72 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 73396 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |