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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the N-pilus from Escherichia coli | |||||||||
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![]() | conjugation / TraM / self transmissable plasmid / Pili / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | membrane / Conjugal transfer protein TraM![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
![]() | Bui KH / Black CS | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the Agrobacterium tumefaciens T-pilus reveals the importance of positive charges in the lumen. 著者: Jaafar Amro / Corbin Black / Zakaria Jemouai / Nathan Rooney / Caroline Daneault / Natalie Zeytuni / Matthieu Ruiz / Khanh Huy Bui / Christian Baron / ![]() 要旨: Agrobacterium tumefaciens is a natural genetic engineer that transfers DNA into plants, which is the most applied process for generation of genetically modified plants. DNA transfer is mediated by a ...Agrobacterium tumefaciens is a natural genetic engineer that transfers DNA into plants, which is the most applied process for generation of genetically modified plants. DNA transfer is mediated by a type IV secretion system in the cell envelope and extracellular T-pili. We here report the cryo-electron microscopic structures of the T-pilus at 3.2-Å resolution and of the plasmid pKM101-determined N-pilus at 3-Å resolution. Both pili contain a main pilus protein (VirB2 in A. tumefaciens, TraM in pKM101) and phospholipids arranged in a five-start helical assembly. They contain positively charged amino acids in the lumen, and the lipids are positively charged in the T-pilus (phosphatidylcholine) conferring overall positive charge. Mutagenesis of the lumen-exposed Arg91 in VirB2 results in protein destabilization and loss of pilus formation. Our results reveal that different phospholipids can be incorporated into type IV secretion pili and that the charge of the lumen may be of functional importance. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 110.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8cw4MC ![]() 8cueC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27023_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27023_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : N-pilus of the type IV secretion system of Escherichia coli.
全体 | 名称: N-pilus of the type IV secretion system of Escherichia coli. |
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要素 |
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-超分子 #1: N-pilus of the type IV secretion system of Escherichia coli.
超分子 | 名称: N-pilus of the type IV secretion system of Escherichia coli. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.8 kDa/nm |
-分子 #1: Conjugal transfer protein TraM
分子 | 名称: Conjugal transfer protein TraM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 70 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.121063 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTTLFKKYGP AVVMGVLSIA LPQIALAAGT DTGESTATSI QTWLSTWIPI GCAIAIMVSC FMWMLHVIPA SFIPRIVISL IGIGSASYL VSLTGVGS UniProtKB: Conjugal transfer protein TraM |
-分子 #2: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...
分子 | 名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 70 / 式: PGW |
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分子量 | 理論値: 749.007 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #0 - Film thickness: 5 / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GOLD / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 uL of the sample was repeatedly applied and manually blotted three times using the multiple blotting technique prior to the Vitrobot step to increase the concentration of pili.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 134660 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8cw4: |