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- EMDB-26981: Cryo-EM structure of Mtb Lpd bound to inhibitor complex with 2-((... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26981
タイトルCryo-EM structure of Mtb Lpd bound to inhibitor complex with 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide
マップデータDensity-modified map generated using phenix.cryoem.resolve
試料
  • 複合体: Dihydrolipoyl dehydrogenase in complex with 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide
    • タンパク質・ペプチド: Dihydrolipoyl dehydrogenase
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: N~2~-(2-cyano-5-methyl-1H-indole-7-sulfonyl)-N~2~-methyl-N-[4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-7-yl]glycinamide
  • リガンド: water
キーワードflavoprotein / glycolysis / redox-active center / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cell redox homeostasis / dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / NADH binding / pyruvate dehydrogenase complex / disulfide oxidoreductase activity / zymogen binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / antioxidant activity / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion ...Cell redox homeostasis / dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / NADH binding / pyruvate dehydrogenase complex / disulfide oxidoreductase activity / zymogen binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / antioxidant activity / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoamide dehydrogenase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrolipoyl dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Kochanczyk T / Arango N / Lima CD
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118080 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA008748 米国
引用ジャーナル: Not published
タイトル: Cryo-EM structure of Mtb Lpd bound to the inhibitor 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide at 2.17 Angstrom resolution
著者: Kochanczyk T / Arango N / Michino M / Sun S / Ginn J / Bryk R / Nathan C / Lima CD
履歴
登録2022年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26981.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density-modified map generated using phenix.cryoem.resolve
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-8.266245 - 20.0959
平均 (標準偏差)-0.000000000018538 (±0.87924695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin131145142
サイズ12389101
Spacing10112389
セルA: 107.464005 Å / B: 130.872 Å / C: 94.696 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Raw map

ファイルemd_26981_additional_1.map
注釈Raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 1

ファイルemd_26981_half_map_1.map
注釈half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 2

ファイルemd_26981_half_map_2.map
注釈half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dihydrolipoyl dehydrogenase in complex with 2-((2-cyano-N,5-dimet...

全体名称: Dihydrolipoyl dehydrogenase in complex with 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide
要素
  • 複合体: Dihydrolipoyl dehydrogenase in complex with 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide
    • タンパク質・ペプチド: Dihydrolipoyl dehydrogenase
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: N~2~-(2-cyano-5-methyl-1H-indole-7-sulfonyl)-N~2~-methyl-N-[4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-7-yl]glycinamide
  • リガンド: water

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超分子 #1: Dihydrolipoyl dehydrogenase in complex with 2-((2-cyano-N,5-dimet...

超分子名称: Dihydrolipoyl dehydrogenase in complex with 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide provided by the Tri-Institutional Therapeutics Discovery Institute ...詳細: 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide provided by the Tri-Institutional Therapeutics Discovery Institute (tritdi.org) contact: John Ginn (jginn@tritdi.org)
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv
分子量理論値: 99 KDa

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分子 #1: Dihydrolipoyl dehydrogenase

分子名称: Dihydrolipoyl dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dihydrolipoyl dehydrogenase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv
分子量理論値: 49.437035 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSMTHYDVVV LGAGPGGYVA AIRAAQLGLS TAIVEPKYWG GVCLNVGCIP SKALLRNAEL VHIFTKDAKA FGISGEVTFD YGIAYDRSR KVAEGRVAGV HFLMKKNKIT EIHGYGTFAD ANTLLVDLND GGTESVTFDN AIIATGSSTR LVPGTSLSAN V VTYEEQIL ...文字列:
GSMTHYDVVV LGAGPGGYVA AIRAAQLGLS TAIVEPKYWG GVCLNVGCIP SKALLRNAEL VHIFTKDAKA FGISGEVTFD YGIAYDRSR KVAEGRVAGV HFLMKKNKIT EIHGYGTFAD ANTLLVDLND GGTESVTFDN AIIATGSSTR LVPGTSLSAN V VTYEEQIL SRELPKSIII AGAGAIGMEF GYVLKNYGVD VTIVEFLPRA LPNEDADVSK EIEKQFKKLG VTILTATKVE SI ADGGSQV TVTVTKDGVA QELKAEKVLQ AIGFAPNVEG YGLDKAGVAL TDRKAIGVDD YMRTNVGHIY AIGDVNGLLQ LAH VAEAQG VVAAETIAGA ETLTLGDHRM LPRATFCQPN VASFGLTEQQ ARNEGYDVVV AKFPFTANAK AHGVGDPSGF VKLV ADAKH GELLGGHLVG HDVAELLPEL TLAQRWDLTA SELARNVHTH PTMSEALQEC FHGLVGHMIN F

UniProtKB: Dihydrolipoyl dehydrogenase

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分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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分子 #3: N~2~-(2-cyano-5-methyl-1H-indole-7-sulfonyl)-N~2~-methyl-N-[4-(ox...

分子名称: N~2~-(2-cyano-5-methyl-1H-indole-7-sulfonyl)-N~2~-methyl-N-[4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-7-yl]glycinamide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: OU6
分子量理論値: 495.551 Da
Chemical component information

ChemComp-OU6:
N~2~-(2-cyano-5-methyl-1H-indole-7-sulfonyl)-N~2~-methyl-N-[4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-7-yl]glycinamide

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 665 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 87.5 mM NaCl, 0.05% IGEPAL
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Temperature 22 C, humidity 100%, Wait time 8s, Blot time: 3.5s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10748 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 70.66 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model / 詳細: Ab initio model was generated in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1177958
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC was used.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC was used.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7kmy


Chain - Chain ID: AB / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
ソフトウェア名称: PHENIX (ver. 1.20.1-44487)
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8ct4:
Cryo-EM structure of Mtb Lpd bound to inhibitor complex with 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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