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万見- EMDB-26936: Complex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 850 Fab -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26936 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Complex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 850 Fab | |||||||||||||||||||||
マップデータ | map of Plasmodium falciparum CSP in complex with 850 Fab. | |||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kucharska I / Prieto K / Rubinstein JL / Julien JP | |||||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022 タイトル: High-density binding to Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeats by inhibitory antibody elicited in mouse with human immunoglobulin repertoire. 著者: Iga Kucharska / Špela Binter / Rajagopal Murugan / Stephen W Scally / Julia Ludwig / Katherine Prieto / Elaine Thai / Giulia Costa / Kan Li / Gillian Q Horn / Yevel Flores-Garcia / Alexandre ...著者: Iga Kucharska / Špela Binter / Rajagopal Murugan / Stephen W Scally / Julia Ludwig / Katherine Prieto / Elaine Thai / Giulia Costa / Kan Li / Gillian Q Horn / Yevel Flores-Garcia / Alexandre Bosch / Taylor Sicard / John L Rubinstein / Fidel Zavala / S Moses Dennison / Georgia D Tomaras / Elena A Levashina / Paul Kellam / Hedda Wardemann / Jean-Philippe Julien / 要旨: Antibodies targeting the human malaria parasite Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP) can prevent infection and disease. PfCSP contains multiple central repeating NANP motifs; some ...Antibodies targeting the human malaria parasite Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP) can prevent infection and disease. PfCSP contains multiple central repeating NANP motifs; some of the most potent anti-infective antibodies against malaria bind to these repeats. Multiple antibodies can bind the repeating epitopes concurrently by engaging into homotypic Fab-Fab interactions, which results in the ordering of the otherwise largely disordered central repeat into a spiral. Here, we characterize IGHV3-33/IGKV1-5-encoded monoclonal antibody (mAb) 850 elicited by immunization of transgenic mice with human immunoglobulin loci. mAb 850 binds repeating NANP motifs with picomolar affinity, potently inhibits Plasmodium falciparum (Pf) in vitro and, when passively administered in a mouse challenge model, reduces liver burden to a similar extent as some of the most potent anti-PfCSP mAbs yet described. Like other IGHV3-33/IGKV1-5-encoded anti-NANP antibodies, mAb 850 primarily utilizes its HCDR3 and germline-encoded aromatic residues to recognize its core NANP motif. Biophysical and cryo-electron microscopy analyses reveal that up to 19 copies of Fab 850 can bind the PfCSP repeat simultaneously, and extensive homotypic interactions are observed between densely-packed PfCSP-bound Fabs to indirectly improve affinity to the antigen. Together, our study expands on the molecular understanding of repeat-induced homotypic interactions in the B cell response against PfCSP for potently protective mAbs against Pf infection. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26936.map.gz | 141.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26936-v30.xml emd-26936.xml | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26936.png | 104.9 KB | ||
その他 | emd_26936_half_map_1.map.gz emd_26936_half_map_2.map.gz | 139 MB 139 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26936 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26936 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26936_validation.pdf.gz | 804.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26936_full_validation.pdf.gz | 804.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26936_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26936_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26936 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26936 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7v05MC 7uylC 7uymC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26936.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | map of Plasmodium falciparum CSP in complex with 850 Fab. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map of Plasmodium falciparum CSP in complex with 850 Fab.
ファイル | emd_26936_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of Plasmodium falciparum CSP in complex with 850 Fab. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map of Plasmodium falciparum CSP in complex with 850 Fab.
ファイル | emd_26936_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map of Plasmodium falciparum CSP in complex with 850 Fab. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : complex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 85...
全体 | 名称: complex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 850 Fab. |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 85...
超分子 | 名称: complex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 850 Fab. タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Plasmodium falciparum circumsporozoite protein
超分子 | 名称: Plasmodium falciparum circumsporozoite protein / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
-超分子 #3: 850 Fab
超分子 | 名称: 850 Fab / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: 850 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: 850 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 24.234037 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS NFGMHWIRQS PGKGLEWVAI IWYDGSNTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKV WFGESEDNYS VDVWGQGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS NFGMHWIRQS PGKGLEWVAI IWYDGSNTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKV WFGESEDNYS VDVWGQGTTV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSC |
-分子 #2: 850 Fab Light Chain
分子 | 名称: 850 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.476045 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPST LSTSVGDRVT ITCRASQSIS NWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASTLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QYSSYWTFGQ GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列: DIQMTQSPST LSTSVGDRVT ITCRASQSIS NWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASTLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QYSSYWTFGQ GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC |
-分子 #3: Circumsporozoite protein
分子 | 名称: Circumsporozoite protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 39.986016 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: FQEYQCYGSS SNTRVLNELN YDNAGTNLYN ELEMNYYGKQ ENWYSLKKNS RSLGENDDGN NEDNEKLRKP KHKKLKQPAD GNPDPNANP NVDPNANPNV DPNANPNVDP NANPNANPNA NPNANPNANP NANPNANPNA NPNANPNANP NANPNANPNA N PNANPNAN ...文字列: FQEYQCYGSS SNTRVLNELN YDNAGTNLYN ELEMNYYGKQ ENWYSLKKNS RSLGENDDGN NEDNEKLRKP KHKKLKQPAD GNPDPNANP NVDPNANPNV DPNANPNVDP NANPNANPNA NPNANPNANP NANPNANPNA NPNANPNANP NANPNANPNA N PNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN PNANPNANPN ANPNANPNAN PNANPNANPN AN PNANPNA NPNANPNKNN QGNGQGHNMP NDPNRNVDEN ANANSAVKNN NNEEPSDKHI KEYLNKIQNS LSTEWSPCSV TCG NGIQVR IKPGSANKPK DELDYANDIE KKICKMEKCS SVFNVVQSSP HHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 4306 / 平均電子線量: 45.24 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |