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- EMDB-26816: Kinetically trapped misfolded state of the Tetrahymena ribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26816
タイトルKinetically trapped misfolded state of the Tetrahymena ribozyme
マップデータMap of misfolded state (M state) of Tetrahymena ribozyme sharpened with a B factor of 167. Refinement was performed in cryoSPARC using a 'non-uniform refinement' job.
試料
  • 複合体: apo L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme RNA
    • RNA: RNA (386-MER)
キーワードribozyme / catalytic RNA / folding intermediate / misfolded / kinetic trap / M state / Tetrahymena / RNA
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Bonilla SL / Vicens Q / Kieft JS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118070 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Hanna H. Gray Postdoctoral Fellowship 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM reveals an entangled kinetic trap in the folding of a catalytic RNA.
著者: Steve L Bonilla / Quentin Vicens / Jeffrey S Kieft /
要旨: Functional RNAs fold through complex pathways that can contain misfolded "kinetic traps." A complete model of RNA folding requires understanding the formation of these misfolded states, but they are ...Functional RNAs fold through complex pathways that can contain misfolded "kinetic traps." A complete model of RNA folding requires understanding the formation of these misfolded states, but they are difficult to characterize because of their transient and potentially conformationally dynamic nature. We used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to visualize a long-lived misfolded state in the folding pathway of the group I intron, a paradigmatic RNA structure-function model system. The structure revealed how this state forms native-like secondary structure and tertiary contacts but contains two incorrectly crossed strands, consistent with a previous model. This incorrect topology mispositions a critical catalytic domain and cannot be resolved locally as extensive refolding is required. This work provides a structural framework for interpreting decades of biochemical and functional studies and demonstrates the power of cryo-EM for the exploration of RNA folding pathways.
履歴
登録2022年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26816.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of misfolded state (M state) of Tetrahymena ribozyme sharpened with a B factor of 167. Refinement was performed in cryoSPARC using a 'non-uniform refinement' job.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01156 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.85168564 - 1.234832
平均 (標準偏差)0.0007139583 (±0.020021368)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 258.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map of misfolded state (M state) of...

ファイルemd_26816_additional_1.map
注釈Unsharpened map of misfolded state (M state) of Tetrahymena ribozyme. Refinement was performed in cryoSPARC using a 'non-uniform refinement' job.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of misfolded state (M state)...

ファイルemd_26816_half_map_1.map
注釈Half map B of misfolded state (M state) of Tetrahymena ribozyme sharpened with a B factor of 167. Refinement was performed in cryoSPARC using a 'non-uniform refinement' job.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of misfolded state (M state)...

ファイルemd_26816_half_map_2.map
注釈Half map A of misfolded state (M state) of Tetrahymena ribozyme sharpened with a B factor of 167. Refinement was performed in cryoSPARC using a 'non-uniform refinement' job.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : apo L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme RNA

全体名称: apo L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme RNA
要素
  • 複合体: apo L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme RNA
    • RNA: RNA (386-MER)

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超分子 #1: apo L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme RNA

超分子名称: apo L-21 ScaI Tetrahymena Ribozyme RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Misfolded state.
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

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分子 #1: RNA (386-MER)

分子名称: RNA (386-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 125.096773 KDa
配列文字列: GGAGGGAAAA GUUAUCAGGC AUGCACCUGG UAGCUAGUCU UUAAACCAAU AGAUUGCAUC GGUUUAAAAG GCAAGACCGU CAAAUUGCG GGAAAGGGGU CAACAGCCGU UCAGUACCAA GUCUCAGGGG AAACUUUGAG AUGGCCUUGC AAAGGGUAUG G UAAUAAGC ...文字列:
GGAGGGAAAA GUUAUCAGGC AUGCACCUGG UAGCUAGUCU UUAAACCAAU AGAUUGCAUC GGUUUAAAAG GCAAGACCGU CAAAUUGCG GGAAAGGGGU CAACAGCCGU UCAGUACCAA GUCUCAGGGG AAACUUUGAG AUGGCCUUGC AAAGGGUAUG G UAAUAAGC UGACGGACAU GGUCCUAACC ACGCAGCCAA GUCCUAAGUC AACAGAUCUU CUGUUGAUAU GGAUGCAGUU CA CAGACUA AAUGUCGGUC GGGGAAGAUG UAUUCUUCUC AUAAGAUAUA GUCGGACCUC UCCUUAAUGG GAGCUAGCGG AUG AAGUGA UGCAACACUG GAGCCGCUGG GAACUAAUUU GUAUGCGAAA GUAUAUUGAU UAGUUUUGGA G

GENBANK: GENBANK: X54512.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
詳細: Buffer contained 50 mM NaMOPS, pH 7.0 and 10 mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98071
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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