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万見
- EMDB-2679: Electron cryo-microscopy of the complex formed between the hexame... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2679
タイトルElectron cryo-microscopy of the complex formed between the hexameric AAA+ ATPase RavA and the decameric inducible decarboxylase LdcI
マップデータCryo-EM reconstruction of the E. coli LdcI-RavA complex
試料
  • 試料: Complex between the E.coli inducible lysine decarboxylase LdcI and the E. coli AAA+ ATPase RavA
  • タンパク質・ペプチド: Inducible lysine decarboxylase
  • タンパク質・ペプチド: AAA+ ATPase RavA
キーワードLysine decarboxylase / AAA+ ATPase / bacterial acid stress
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine decarboxylase / lysine catabolic process / lysine decarboxylase activity / arginine decarboxylase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / guanosine tetraphosphate binding / arginine catabolic process / pyridoxal phosphate binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...lysine decarboxylase / lysine catabolic process / lysine decarboxylase activity / arginine decarboxylase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / guanosine tetraphosphate binding / arginine catabolic process / pyridoxal phosphate binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATPase RavA / ATPase, RavA, C-terminal / ATPase RavA / ATPase RavA-like, AAA lid domain / MoxR domain / ATPase RavA, LARA domain / ATPase RavA, LARA domain superfamily / ATPase, RavA, C-terminal / AAA lid domain / MoxR domain in the MoxR-vWA-beta-propeller ternary systems ...ATPase RavA / ATPase, RavA, C-terminal / ATPase RavA / ATPase RavA-like, AAA lid domain / MoxR domain / ATPase RavA, LARA domain / ATPase RavA, LARA domain superfamily / ATPase, RavA, C-terminal / AAA lid domain / MoxR domain in the MoxR-vWA-beta-propeller ternary systems / ATPase, RavA, LARA domain / Ornithine/lysine/arginine decarboxylase / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal / Ornithine/lysine/arginine decarboxylase / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylases family 1 pyridoxal-P attachment site. / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain superfamily / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Inducible lysine decarboxylase / ATPase RavA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å
データ登録者Malet H / Liu K / El Bakkouri M / Chan SWS / Effantin G / Bacia M / Houry WA / Gutsche I
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Assembly principles of a unique cage formed by hexameric and decameric E. coli proteins.
著者: Hélène Malet / Kaiyin Liu / Majida El Bakkouri / Sze Wah Samuel Chan / Gregory Effantin / Maria Bacia / Walid A Houry / Irina Gutsche /
要旨: A 3.3 MDa macromolecular cage between two Escherichia coli proteins with seemingly incompatible symmetries-the hexameric AAA+ ATPase RavA and the decameric inducible lysine decarboxylase LdcI-is ...A 3.3 MDa macromolecular cage between two Escherichia coli proteins with seemingly incompatible symmetries-the hexameric AAA+ ATPase RavA and the decameric inducible lysine decarboxylase LdcI-is reconstructed by cryo-electron microscopy to 11 Å resolution. Combined with a 7.5 Å resolution reconstruction of the minimal complex between LdcI and the LdcI-binding domain of RavA, and the previously solved crystal structures of the individual components, this work enables to build a reliable pseudoatomic model of this unusual architecture and to identify conformational rearrangements and specific elements essential for complex formation. The design of the cage created via lateral interactions between five RavA rings is unique for the diverse AAA+ ATPase superfamily.
履歴
登録2014年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月2日-
マップ公開2014年8月20日-
更新2015年8月12日-
現状2015年8月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0012
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0012
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4upb
  • 表面レベル: 0.0012
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4upb
  • 表面レベル: 0.0012
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4upb
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMDB-2679.png

EMDB_2679.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2679.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of the E. coli LdcI-RavA complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.37 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0012 / ムービー #1: 0.0012
最小 - 最大-0.00785532 - 0.01041579
平均 (標準偏差)0.00000517 (±0.00087319)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 473.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.372.372.37
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z474.000474.000474.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0080.0100.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex between the E.coli inducible lysine decarboxylase LdcI an...

全体名称: Complex between the E.coli inducible lysine decarboxylase LdcI and the E. coli AAA+ ATPase RavA
要素
  • 試料: Complex between the E.coli inducible lysine decarboxylase LdcI and the E. coli AAA+ ATPase RavA
  • タンパク質・ペプチド: Inducible lysine decarboxylase
  • タンパク質・ペプチド: AAA+ ATPase RavA

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超分子 #1000: Complex between the E.coli inducible lysine decarboxylase LdcI an...

超分子名称: Complex between the E.coli inducible lysine decarboxylase LdcI and the E. coli AAA+ ATPase RavA
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Two homodecamers of LdcI bind to five homohexamers of RavA
Number unique components: 2
分子量実験値: 3.3 MDa / 理論値: 3.3 MDa
手法: Analytical ultracentrifugation Size exclusion chromatography

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分子 #1: Inducible lysine decarboxylase

分子名称: Inducible lysine decarboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: LdcI / コピー数: 20 / 集合状態: Two decamers / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655 / 細胞: bacteria / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 81.2 KDa / 理論値: 81.2 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: CF1693 / 組換プラスミド: pET22b
配列UniProtKB: Inducible lysine decarboxylase / GO: lysine catabolic process / InterPro: Ornithine/lysine/arginine decarboxylase

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分子 #2: AAA+ ATPase RavA

分子名称: AAA+ ATPase RavA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: RavA / コピー数: 30 / 集合状態: Five homohexamers / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655 / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 56.39 KDa / 理論値: 56.39 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Gold pLysS / 組換プラスミド: p11
配列UniProtKB: ATPase RavA / GO: ATP hydrolysis activity / InterPro: ATPase RavA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.94 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
詳細: 25 mM MES pH 6.5, 200 mM NaCl, 3mM ADP, 0.8 mM PLP, 1mM DTT
グリッド詳細: 400 mesh 2/1 1.2/1.3 quantifoil grids Glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 91 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot 2 or 3 s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 90 K / 最高: 92 K / 平均: 91 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
詳細Weak beam illumination
日付2012年4月8日
撮影カテゴリ: FILM
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 59000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Initial model determined by cryo-ET and sub-tomogram averaging using IMOD and PEET. Projections of the initial model used for automated picking using the Fast Projection Matching algorithm. Model refined using SPIDER.
CTF補正詳細: Phase flipping
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET, CTFFIND3D, EMAN, (boxer), FPM, SPIDER
使用した粒子像数: 21265

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3n75


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Flex-EM
詳細3 rigid bodies, linkers between rigid bodies left flexible
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy
得られたモデル

PDB-4upb:
Electron cryo-microscopy of the complex formed between the hexameric ATPase RavA and the decameric inducible decarboxylase LdcI

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3nbx


Chain - Chain ID: X
ソフトウェア名称: Flex-EM
詳細3 rigid bodies, linkers between rigid bodies left flexible
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy
得られたモデル

PDB-4upb:
Electron cryo-microscopy of the complex formed between the hexameric ATPase RavA and the decameric inducible decarboxylase LdcI

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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