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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26722 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | PARL-cleaved Skd3 (human ClpB) E455Q Nucleotide Binding Domain hexamer bound to ATPgammaS, open conformation | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | AAA+ ATPase / Chaperone / Mitochondria / Protein Folding | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 granulocyte differentiation / RIG-I signaling pathway / ATP-dependent protein disaggregase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / antiviral innate immune response / mitochondrial intermembrane space / cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Gupta A / Lentzsch AM / Siegel AS / Yu Z / Lu C / Chio US / Cheng Y / Shan S | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Dodecamer assembly of a metazoan AAA chaperone couples substrate extraction to refolding. 著者: Arpit Gupta / Alfred M Lentzsch / Alex Siegel / Zanlin Yu / Un Seng Chio / Yifan Cheng / Shu-Ou Shan / 要旨: Ring-forming AAA chaperones solubilize protein aggregates and protect organisms from proteostatic stress. In metazoans, the AAA chaperone Skd3 in the mitochondrial intermembrane space (IMS) is ...Ring-forming AAA chaperones solubilize protein aggregates and protect organisms from proteostatic stress. In metazoans, the AAA chaperone Skd3 in the mitochondrial intermembrane space (IMS) is critical for human health and efficiently refolds aggregated proteins, but its underlying mechanism is poorly understood. Here, we show that Skd3 harbors both disaggregase and protein refolding activities enabled by distinct assembly states. High-resolution structures of Skd3 hexamers in distinct conformations capture ratchet-like motions that mediate substrate extraction. Unlike previously described disaggregases, Skd3 hexamers further assemble into dodecameric cages in which solubilized substrate proteins can attain near-native states. Skd3 mutants defective in dodecamer assembly retain disaggregase activity but are impaired in client refolding, linking the disaggregase and refolding activities to the hexameric and dodecameric states of Skd3, respectively. We suggest that Skd3 is a combined disaggregase and foldase, and this property is particularly suited to meet the complex proteostatic demands in the mitochondrial IMS. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26722.map.gz | 107.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26722-v30.xml emd-26722.xml | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26722_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26722.png | 118.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26722.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_26722_additional_1.map.gz emd_26722_half_map_1.map.gz emd_26722_half_map_2.map.gz | 191.4 MB 199.8 MB 199.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26722 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26722 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26722_validation.pdf.gz | 671.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26722_full_validation.pdf.gz | 671.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26722_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26722_validation.cif.gz | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26722 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26722 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26722.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0428 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_26722_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26722_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26722_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PARL-cleaved Skd3
全体 | 名称: PARL-cleaved Skd3 |
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要素 |
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-超分子 #1: PARL-cleaved Skd3
超分子 | 名称: PARL-cleaved Skd3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 397 KDa |
-分子 #1: Caseinolytic peptidase B protein homolog
分子 | 名称: Caseinolytic peptidase B protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 65.912883 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: YSKSPSNKDA ALLEAARANN MQEVSRLLSE GADVNAKHRL GWTALMVAAI NRNNSVVQVL LAAGADPNLG DDFSSVYKTA KEQGIHSLE DGGQDGASRH ITNQWTSALE FRRWLGLPAG VLITREDDFN NRLNNRASFK GCTALHYAVL ADDYRTVKEL L DGGANPLQ ...文字列: YSKSPSNKDA ALLEAARANN MQEVSRLLSE GADVNAKHRL GWTALMVAAI NRNNSVVQVL LAAGADPNLG DDFSSVYKTA KEQGIHSLE DGGQDGASRH ITNQWTSALE FRRWLGLPAG VLITREDDFN NRLNNRASFK GCTALHYAVL ADDYRTVKEL L DGGANPLQ RNEMGHTPLD YAREGEVMKL LRTSEAKYQE KQRKREAEER RRFPLEQRLK EHIIGQESAI ATVGAAIRRK EN GWYDEEH PLVFLFLGSS GIGKTELAKQ TAKYMHKDAK KGFIRLDMSE FQERHEVAKF IGSPPGYVGH EEGGQLTKKL KQC PNAVVL FDQVDKAHPD VLTIMLQLFD EGRLTDGKGK TIDCKDAIFI MTSNVASDEI AQHALQLRQE ALEMSRNRIA ENLG DVQIS DKITISKNFK ENVIRPILKA HFRRDEFLGR INEIVYFLPF CHSELIQLVN KELNFWAKRA KQRHNITLLW DREVA DVLV DGYNVHYGAR SIKHEVERRV VNQLAAAYEQ DLLPGGCTLR ITVEDSDKQL LKSPELPSPQ AEKRLPKLRL EIIDKD SKT RRLDIRAPLH PEKVCNTI UniProtKB: Mitochondrial disaggregase |
-分子 #2: Substrate
分子 | 名称: Substrate / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.209482 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |