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- EMDB-26673: Maedi visna virus Vif in complex with CypA and E3 ubiquitin ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26673
タイトルMaedi visna virus Vif in complex with CypA and E3 ubiquitin ligase
マップデータ
試料
  • 複合体: Maedi visna virus Vif in complex with human CypA and Elongin BC components of E3 ubiquitin ligase
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
    • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
  • リガンド: ZINC ION
キーワードvirus-host interacting complex / ISOMERASE-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / target-directed miRNA degradation / elongin complex / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / VCB complex ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / target-directed miRNA degradation / elongin complex / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / VCB complex / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / virion binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Basigin interactions / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / protein peptidyl-prolyl isomerization / RNA Polymerase II Transcription Elongation / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Formation of RNA Pol II elongation complex / positive regulation of protein dephosphorylation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / transcription corepressor binding / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / virion component / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of protein secretion / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / Budding and maturation of HIV virion / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / neuron differentiation / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / platelet activation / platelet aggregation / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / host cell cytoplasm / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / protein ubiquitination / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bovine Lentivirus VIF / Bovine Lentivirus VIF protein / Elongin B / Elongin-C / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site ...Bovine Lentivirus VIF / Bovine Lentivirus VIF protein / Elongin B / Elongin-C / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / Virion infectivity factor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Visna-maedi virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hu Y / Xiong Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural basis for recruitment of host CypA and E3 ubiquitin ligase by maedi-visna virus Vif.
著者: Yingxia Hu / Ragna B Gudnadóttir / Kirsten M Knecht / Fidel Arizaga / Stefán R Jónsson / Yong Xiong /
要旨: Lentiviral Vif molecules target the host antiviral APOBEC3 proteins for destruction in cellular ubiquitin-proteasome pathways. Different lentiviral Vifs have evolved to use the same canonical E3 ...Lentiviral Vif molecules target the host antiviral APOBEC3 proteins for destruction in cellular ubiquitin-proteasome pathways. Different lentiviral Vifs have evolved to use the same canonical E3 ubiquitin ligase complexes, along with distinct noncanonical host cofactors for their activities. Unlike primate lentiviral Vif, which recruits CBFβ as the noncanonical cofactor, nonprimate lentiviral Vif proteins have developed different cofactor recruitment mechanisms. Maedi-visna virus (MVV) sequesters CypA as the noncanonical cofactor for the Vif-mediated ubiquitination of ovine APOBEC3s. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of MVV Vif in complex with CypA and E3 ligase components. The structure, along with our biochemical and functional analysis, reveals both conserved and unique structural elements of MVV Vif and its common and distinct interaction modes with various cognate cellular proteins, providing a further understanding of the evolutionary relationship between lentiviral Vifs and the molecular mechanisms by which they capture different host cofactors for immune evasion activities.
履歴
登録2022年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26673.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26673.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.35306013 - 0.8071141
平均 (標準偏差)0.0030548964 (±0.026731413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 246.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26673_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26673_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Maedi visna virus Vif in complex with human CypA and Elongin BC c...

全体名称: Maedi visna virus Vif in complex with human CypA and Elongin BC components of E3 ubiquitin ligase
要素
  • 複合体: Maedi visna virus Vif in complex with human CypA and Elongin BC components of E3 ubiquitin ligase
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
    • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Maedi visna virus Vif in complex with human CypA and Elongin BC c...

超分子名称: Maedi visna virus Vif in complex with human CypA and Elongin BC components of E3 ubiquitin ligase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidylprolyl isomerase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.036504 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MVNPTVFFDI AVDGEPLGRV SFELFADKVP KTAENFRALS TGEKGFGYKG SCFHRIIPGF MCQGGDFTRH NGTGGKSIYG EKFEDENFI LKHTGPGILS MANAGPNTNG SQFFICTAKT EWLDGKHVVF GKVKEGMNIV EAMERFGSRN GKTSKKITIA D CGQLE

UniProtKB: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

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分子 #2: Virion infectivity factor

分子名称: Virion infectivity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Visna-maedi virus (ウイルス) / 株: KV1772
分子量理論値: 28.1826 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLSSYRHQKK YKKNKAREIG PQLPLWAWKE TAFSINQEPY WYSTIRLQGL MWNKRGHKLM FVKENQGYEY WETSGKQWKM EIRRDLDLI AQINFRNAWQ YKSQGEWKTI GVWYESPGDY KGKENQFWFH WRIALCSCNK TRWDIREFMI GKHRWDLCKS C IQGEIVKN ...文字列:
MLSSYRHQKK YKKNKAREIG PQLPLWAWKE TAFSINQEPY WYSTIRLQGL MWNKRGHKLM FVKENQGYEY WETSGKQWKM EIRRDLDLI AQINFRNAWQ YKSQGEWKTI GVWYESPGDY KGKENQFWFH WRIALCSCNK TRWDIREFMI GKHRWDLCKS C IQGEIVKN TNPRSLQRLA LLHLAKDHVF QVMPLWRARR VTVQKFPWCR SPMGYTIPWS LQECWEMESI FE

UniProtKB: Virion infectivity factor

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分子 #3: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.84342 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MYVKLISSDG HEFIVKREHA LTSGTIKAML SGPGQFAENE TNEVNFREIP SHVLSKVCMY FTYKVRYTNS STEIPEFPIA PEIALELLM AANFLDC

UniProtKB: Elongin-C

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分子 #4: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.147781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVMKPQDSG SSANEQAVQ

UniProtKB: Elongin-B

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 74320
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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