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万見- EMDB-26659: Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8 -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26659 | |||||||||
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タイトル | Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8 | |||||||||
マップデータ | Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Henipavirus / Nipah virus / NiV / F / fusion / prefusion / preF / pre-F / neutralizing antibody / Fab / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Nipah henipavirus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Byrne PO / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for antibody recognition of vulnerable epitopes on Nipah virus F protein. 著者: Patrick O Byrne / Brian E Fisher / David R Ambrozak / Elizabeth G Blade / Yaroslav Tsybovsky / Barney S Graham / Jason S McLellan / Rebecca J Loomis / 要旨: Nipah virus (NiV) is a pathogenic paramyxovirus that causes fatal encephalitis in humans. Two envelope glycoproteins, the attachment protein (G/RBP) and fusion protein (F), facilitate entry into host ...Nipah virus (NiV) is a pathogenic paramyxovirus that causes fatal encephalitis in humans. Two envelope glycoproteins, the attachment protein (G/RBP) and fusion protein (F), facilitate entry into host cells. Due to its vital role, NiV F presents an attractive target for developing vaccines and therapeutics. Several neutralization-sensitive epitopes on the NiV F apex have been described, however the antigenicity of most of the F protein's surface remains uncharacterized. Here, we immunize mice with prefusion-stabilized NiV F and isolate ten monoclonal antibodies that neutralize pseudotyped virus. Cryo-electron microscopy reveals eight neutralization-sensitive epitopes on NiV F, four of which have not previously been described. Novel sites span the lateral and basal faces of NiV F, expanding the known library of vulnerable epitopes. Seven of ten antibodies bind the Hendra virus (HeV) F protein. Multiple sequence alignment suggests that some of these newly identified neutralizing antibodies may also bind F proteins across the Henipavirus genus. This work identifies new epitopes as targets for therapeutics, provides a molecular basis for NiV neutralization, and lays a foundation for development of new cross-reactive antibodies targeting Henipavirus F proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26659.map.gz | 290.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26659-v30.xml emd-26659.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26659_fsc.xml | 16.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26659.png | 58.7 KB | ||
マスクデータ | emd_26659_msk_1.map | 307.5 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-26659.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_26659_additional_1.map.gz emd_26659_half_map_1.map.gz emd_26659_half_map_2.map.gz | 154.2 MB 285.6 MB 285.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26659 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26659 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26659_validation.pdf.gz | 789.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26659_full_validation.pdf.gz | 789.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26659_validation.xml.gz | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26659_validation.cif.gz | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26659 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26659 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_26659_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Additional map 1
ファイル | emd_26659_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Additional map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_26659_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_26659_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8
全体 | 名称: Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8 |
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要素 |
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-超分子 #1: Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8
超分子 | 名称: Prefusion-stabilized Nipah virus fusion protein complexed with Fab 1H8 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Nipah henipavirus (ウイルス) |
-分子 #1: Fab 1H8 heavy chain
分子 | 名称: Fab 1H8 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 15.335375 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEFGLSWIFL AAILKGVQCE VQLQQSGPEL VKPGASVKIS CKASGYSFTG YTMNWVKQSH GKNLEWIGLI NPFIGGTRYN QKFKGKATL TVDKSSRTAY MELLSLTSED SAVYYCAREA DYDWYFDVWG AGTTVTVSS |
-分子 #2: Fab 1H8 light chain
分子 | 名称: Fab 1H8 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 13.880542 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEFGLSWIFL AAILKGVQCD IQMTQTTSSL SASLGDRVTI SCRASQDISN YLHWYQQKPD GTVNLLIFYT SRLHSGVPSR FSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQQ GNTLPRTFGG GTKLEIK |
-分子 #3: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Nipah henipavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 52.893848 KDa |
組換発現 | 生物種: Nipah henipavirus (ウイルス) |
配列 | 文字列: MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVGILHY EKLSKIGLVK GVTRKYKIKS NPLTKDIVIK MIPNVSNMSQ CTGSVMENYK TRLNGILTP IKGALEIYKN NTHDCVGDVR LAGVCMAGVA IGIATAAQIT AGVALYEAMK NADNINKLKS SIESTNEAVV K LQETAEKT ...文字列: MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVGILHY EKLSKIGLVK GVTRKYKIKS NPLTKDIVIK MIPNVSNMSQ CTGSVMENYK TRLNGILTP IKGALEIYKN NTHDCVGDVR LAGVCMAGVA IGIATAAQIT AGVALYEAMK NADNINKLKS SIESTNEAVV K LQETAEKT VYVFTALQDY INTNLVPTID KIPCKQTELS LDLALSKYLS DLLFVFGPNL QDPVSNSMTI QAISQAFGGN YE TLLRTLG YATEDFDDLL ESDSITGQII YVDLSSYYII VRVYFPILTE IQQAYIQELL PVSFNNDNSE WISIVPNFIL VRN TLISNI EIGFCLITKR SVICNQDYAT PMTNNMRECL TGSTEKCPRE LVVSSHVPRF ALSNGVLFAN CISVTCQCQT TGRA ISQSG EQTLLMIDNT TCPTAVLGNV IISLGKYLGS VNYNSEGIAI GPPVFTDKVD ISSQISSMNQ SLQQSKDYIK EAQRL UniProtKB: Fusion glycoprotein F0 |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |