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万見
- EMDB-26609: Structure of the VP5*/VP8* assembly from the human rotavirus stra... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26609
タイトルStructure of the VP5*/VP8* assembly from the human rotavirus strain CDC-9 - Reversed conformation
マップデータReconstructed, sharpen_map.
試料
  • ウイルス: Rotavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP5*
    • タンパク質・ペプチド: Intermediate capsid protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid glycoprotein VP7
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / host cell rough endoplasmic reticulum / T=13 icosahedral viral capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / host cell rough endoplasmic reticulum / T=13 icosahedral viral capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 ...Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Viral capsid/haemagglutinin protein / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6 / Outer capsid glycoprotein VP7 / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jenni S / Zongli L / Wang Y / Bessey T / Salgado EN / Schmidt AG / Greenberg HB / Jiang B / Harrison SC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)CA13202 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: Rotavirus VP4 Epitope of a Broadly Neutralizing Human Antibody Defined by Its Structure Bound with an Attenuated-Strain Virion.
著者: Simon Jenni / Zongli Li / Yuhuan Wang / Theresa Bessey / Eric N Salgado / Aaron G Schmidt / Harry B Greenberg / Baoming Jiang / Stephen C Harrison /
要旨: Rotavirus live-attenuated vaccines, both mono- and pentavalent, generate broadly heterotypic protection. B-cells isolated from adults encode neutralizing antibodies, some with affinity for VP5*, that ...Rotavirus live-attenuated vaccines, both mono- and pentavalent, generate broadly heterotypic protection. B-cells isolated from adults encode neutralizing antibodies, some with affinity for VP5*, that afford broad protection in mice. We have mapped the epitope of one such antibody by determining the high-resolution cryo-EM structure of its antigen-binding fragment (Fab) bound to the virion of a candidate vaccine strain, CDC-9. The Fab contacts both the distal end of a VP5* β-barrel domain and the two VP8* lectin-like domains at the tip of a projecting spike. Its interactions with VP8* do not impinge on the likely receptor-binding site, suggesting that the mechanism of neutralization is at a step subsequent to initial attachment. We also examined structures of CDC-9 virions from two different stages of serial passaging. Nearly all the VP4 (cleaved to VP8*/VP5*) spikes on particles from the earlier passage (wild-type isolate) had transitioned from the "upright" conformation present on fully infectious virions to the "reversed" conformation that is probably the end state of membrane insertion, unable to mediate penetration, consistent with the very low infectivity of the wild-type isolate. About half the VP4 spikes were upright on particles from the later passage, which had recovered substantial infectivity but had acquired an attenuated phenotype in neonatal rats. A mutation in VP4 that occurred during passaging appears to stabilize the interface at the apex of the spike and could account for the greater stability of the upright spikes on the late-passage, attenuated isolate. Rotavirus live-attenuated vaccines generate broadly heterotypic protection, and B-cells isolated from adults encode antibodies that are broadly protective in mice. Determining the structural and mechanistic basis of broad protection can contribute to understanding the current limitations of vaccine efficacy in developing countries. The structure of an attenuated human rotavirus isolate (CDC-9) bound with the Fab fragment of a broadly heterotypic protective antibody shows that protection is probably due to inhibition of the conformational transition in the viral spike protein (VP4) critical for viral penetration, rather than to inhibition of receptor binding. A comparison of structures of CDC-9 virus particles at two stages of serial passaging supports a proposed mechanism for initial steps in rotavirus membrane penetration.
履歴
登録2022年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26609.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26609.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstructed, sharpen_map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.92 Å		1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.92 Å		1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.231 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.015
最小 - 最大-0.049042273 - 0.09365009
平均 (標準偏差)-3.247502e-06 (±0.0064770686)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 393.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26609_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 1, reconstructed, masked.

ファイルemd_26609_additional_1.map
注釈Half map 1, reconstructed, masked.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 2, reconstructed, masked.

ファイルemd_26609_additional_2.map
注釈Half map 2, reconstructed, masked.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1, reconstructed.

ファイルemd_26609_half_map_1.map
注釈Half map 1, reconstructed.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2, reconstructed.

ファイルemd_26609_half_map_2.map
注釈Half map 2, reconstructed.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rotavirus

全体名称: Rotavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Rotavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP5*
    • タンパク質・ペプチド: Intermediate capsid protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid glycoprotein VP7
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Rotavirus

超分子名称: Rotavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 10912 / 生物種: Rotavirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
Host system生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)

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分子 #1: Outer capsid protein VP5*

分子名称: Outer capsid protein VP5* / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus (ウイルス) / 株: CDC-9
分子量理論値: 59.605254 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: AQVDEDIIVS KTSLWKEMQY NRDIIIRFKF GNSIVKMGGL GYKWSEISYK AANYQYNYLR DGEQVTAHTT CSVNGVNNFS YNGGFLPTD FGISRYEVIK ENSYVYVDYW DDSKAFRNIV YVRSLAANLN SVRCTGGSYH FSLPVGAWPV INGGAVSLHF A GVTLSTQF ...文字列:
AQVDEDIIVS KTSLWKEMQY NRDIIIRFKF GNSIVKMGGL GYKWSEISYK AANYQYNYLR DGEQVTAHTT CSVNGVNNFS YNGGFLPTD FGISRYEVIK ENSYVYVDYW DDSKAFRNIV YVRSLAANLN SVRCTGGSYH FSLPVGAWPV INGGAVSLHF A GVTLSTQF TDFVSLNSLR FRFSLTVDEP PFSILRTRTV NLYGLPAANP NNGNEYYEIS GRFSLISLVP TNDDYQTPIM NS VTVRQDL ERQLTNLREE FNSLSQEIAM AQLIDLALLP LDMFSMFSGI KSTIDLTKSM ATSVMKKFRK SKLATSISEM TNS LSDAAS SASRNVSIRS NLSAISNWTN VSNDVSNVTN SLNDISTQTS TIGKKLRLKE MITQTEGMSF DDISAAVLKT KIDM STQIG KNTLPDIVTE ASEKFIPKRS YRILKDDEVM EINTEGKFFA YKINTFDEVP FDVNKFAELV TDSPVISAII DFKTL KNLN DNYGITRTEA LNLIKSNPNM LRNFINQNNP IIRNRIEQLI LQCKL

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分子 #2: Intermediate capsid protein VP6

分子名称: Intermediate capsid protein VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus (ウイルス) / 株: CDC-9
分子量理論値: 44.994965 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MEVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIVT MNGNDFQTGG IGNLPIRNWT FDFGLLGTTL LNLDANYVET ARTTIEYFI DFIDNVCMDE MVRESQRNGV APQSEALRKL AGIKFKRINF NNSSEYIENW NLQNRRQRTG FVFHKPNIFP Y SASFTLNR ...文字列:
MEVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIVT MNGNDFQTGG IGNLPIRNWT FDFGLLGTTL LNLDANYVET ARTTIEYFI DFIDNVCMDE MVRESQRNGV APQSEALRKL AGIKFKRINF NNSSEYIENW NLQNRRQRTG FVFHKPNIFP Y SASFTLNR SQPMHDNLMG TMWLNAGSEI QVAGFDYSCA LNAPANIQQF EHIVQLRRAL TTATITLLPD AERFSFPRVI NS ADGATTW FFNPIILRPN NVEVEFLLNG QIINTYQARF GTIVARNFDT IRLSFQLMRP PNMTPAVNAL FPQAQPFQHH ATV GLTLRI ESAVCESVLA DANETLLANV TAVRQEYAIP VGPVFPPGMN WTELITNYSP SREDNLQRVF TVASIRSMLI K

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分子 #3: Outer capsid glycoprotein VP7

分子名称: Outer capsid glycoprotein VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus (ウイルス) / 株: CDC-9
分子量理論値: 37.435934 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MYGIEYTTIL IFLISIILLN YILKSVTRIM DYIIYRFLLI FVALFALTKA QNYGLNIPIT GSMDTVYSNS TREEVFLTST LCLYYPTEA STQISDGEWK DSLSQMFLIK GWPTGSVYFK EYSNIVDFSV DPQLYCDYNL VLMKYDQSLE LDMSELADLI L NEWLCNPM ...文字列:
MYGIEYTTIL IFLISIILLN YILKSVTRIM DYIIYRFLLI FVALFALTKA QNYGLNIPIT GSMDTVYSNS TREEVFLTST LCLYYPTEA STQISDGEWK DSLSQMFLIK GWPTGSVYFK EYSNIVDFSV DPQLYCDYNL VLMKYDQSLE LDMSELADLI L NEWLCNPM DITLYYYQQS GESNKWISMG SSCTVKVCPL NTQTLGIGCQ TTNVDSFETV AENEKLAIVD VVDGINHKIN LT TTTCTIR NCKKLGPREN VAVIQVGGAN ILDITADPTT NPQIERMMRV NWKRWWQVFY TIVDYINQIV QVMSKRSRSL NSA AFYYRV

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 35 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 72 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 359970
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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