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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26546 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM of self-assembled cannula CanA | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM of self-assembled cannula CanA | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | self-assemble / cannula / helical tube / donor strand / PROTEIN FIBRIL | ||||||||||||
生物種 | Pyrodictium abyssi (古細菌) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang F / Miller JG / Egelman EH / Conticello VP | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM of self-assembled cannula CanA 著者: Wang F / Miller JG / Egelman EH / Conticello VP | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26546.map.gz | 92.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26546-v30.xml emd-26546.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26546.png | 116.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26546.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_26546_half_map_1.map.gz emd_26546_half_map_2.map.gz | 318.6 MB 318.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26546 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26546 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26546_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26546_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26546_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26546_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26546 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26546 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM of self-assembled cannula CanA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half-map A
ファイル | emd_26546_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map B
ファイル | emd_26546_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CanA
全体 | 名称: CanA |
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要素 |
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-超分子 #1: CanA
超分子 | 名称: CanA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Pyrodictium abyssi (古細菌) |
-分子 #1: CanA
分子 | 名称: CanA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pyrodictium abyssi (古細菌) |
分子量 | 理論値: 19.989492 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTTQSPLNSF YATGTAQAVS EPIDVESHLG SITPAAGAQG SDDIGYAIVW IKDQVNDVKL KVTLANAEQL KPYFKYLQIQ ITSGYETNS TALGNFSETK AVISLDNPSA VIVLDKEDIA VLYPDKTGYT NTSIWVPGEP DKIIVYNETK PVAILNFKAF Y EAKEGMLF DSLPVIFNFQ VLQVG |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.59 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -173.747 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 659059 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |