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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26520 | |||||||||
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タイトル | Post-fusion ectodomain of HSV-1 gB in complex with BMPC-23 Fab | |||||||||
マップデータ | HSV-1 gB in complex with BMPC23 Fab | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Windsor IW / Kong SL / Garforth SJ / Almo SC / Harrison SC | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Clin Invest / 年: 2023 タイトル: A non-neutralizing glycoprotein B monoclonal antibody protects against herpes simplex virus disease in mice. 著者: Masayuki Kuraoka / Clare Burn Aschner / Ian W Windsor / Aakash Mahant Mahant / Scott J Garforth / Susan Luozheng Kong / Jacqueline M Achkar / Steven C Almo / Garnett Kelsoe / Betsy C Herold / 要旨: There is an unmet need for monoclonal antibodies (mAbs) for prevention or as adjunctive treatment of herpes simplex virus (HSV) disease. Most vaccine and mAb efforts focus on neutralizing antibodies, ...There is an unmet need for monoclonal antibodies (mAbs) for prevention or as adjunctive treatment of herpes simplex virus (HSV) disease. Most vaccine and mAb efforts focus on neutralizing antibodies, but for HSV this strategy has proven ineffective. Preclinical studies with a candidate HSV vaccine strain, ΔgD-2, demonstrated that non-neutralizing antibodies that activate Fcγ receptors (FcγRs) to mediate antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC) provide active and passive protection against HSV-1 and HSV-2. We hypothesized that this vaccine provides a tool to identify and characterize protective mAbs. We isolated HSV-specific mAbs from germinal center and memory B cells and bone marrow plasmacytes of ΔgD-2-vaccinated mice and evaluated these mAbs for binding, neutralizing, and FcγR-activating activity and for protective efficacy in mice. The most potent protective mAb, BMPC-23, was not neutralizing but activated murine FcγRIV, a biomarker of ADCC. The cryo-electron microscopic structure of the Fab-glycoprotein B (gB) assembly identified domain IV of gB as the epitope. A single dose of BMPC-23 administered 24 hours before or after viral challenge provided significant protection when configured as mouse IgG2c and protected mice expressing human FcγRIII when engineered as a human IgG1. These results highlight the importance of FcR-activating antibodies in protecting against HSV. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26520.map.gz | 315.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26520-v30.xml emd-26520.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26520_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26520.png | 59.8 KB | ||
その他 | emd_26520_half_map_1.map.gz emd_26520_half_map_2.map.gz | 275.8 MB 275.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26520 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26520 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26520_validation.pdf.gz | 804.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26520_full_validation.pdf.gz | 804 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26520_validation.xml.gz | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26520_validation.cif.gz | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26520 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26520 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uhzMC 7ui0C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26520.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HSV-1 gB in complex with BMPC23 Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_26520_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_26520_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Trimeric HSV-1 gB in complex with three BCMP-23 Fabs
全体 | 名称: Trimeric HSV-1 gB in complex with three BCMP-23 Fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: Trimeric HSV-1 gB in complex with three BCMP-23 Fabs
超分子 | 名称: Trimeric HSV-1 gB in complex with three BCMP-23 Fabs タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: BMPC-23 Fab Heavy chain
分子 | 名称: BMPC-23 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 13.425734 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQQSGPE LVKPGASVKL SCKASGYSFT TYDINWVKER PGQGLEWIGW IYPREGSTNY NEKFRGKATL TADTSSSTAY MELHSLTSE DSAVYFCATY GSSRYYTMDY WGQGTSVTVS SA |
-分子 #2: BMPC-23 Fab Light chain
分子 | 名称: BMPC-23 Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 12.072557 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVLTQSPTS LAVSLGQRAT ISCRASESVD NFGISFMNWF QQKPGQPPKL LIYAASNLGS GVPARFSGSG SGTDFSLNIH PMEDDDTAM YFCQQSKEVP LTFGAGTKLE LKR |
-分子 #3: Envelope glycoprotein B
分子 | 名称: Envelope glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス) 株: KOS |
分子量 | 理論値: 71.668188 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: DIKAENTDAN FYVCPPPTGA TVVQFEQPRR CPTRPEGQNY TEGIAVVFKE NIAPYKFKAT MYYKDVTVSQ VWFGHRYSQF MGIFEDRAP VPFEEVIDKI NAKGVCRSTA KYVRNNLETT AFHRDDHETD MELKPANAAT RTSRGWHTTD LKYNPSRVEA F HRYGTTVN ...文字列: DIKAENTDAN FYVCPPPTGA TVVQFEQPRR CPTRPEGQNY TEGIAVVFKE NIAPYKFKAT MYYKDVTVSQ VWFGHRYSQF MGIFEDRAP VPFEEVIDKI NAKGVCRSTA KYVRNNLETT AFHRDDHETD MELKPANAAT RTSRGWHTTD LKYNPSRVEA F HRYGTTVN CIVEEVDARS VYPYDEFVLA TGDFVYMSPF YGYREGSHTE HTTYAADRFK QVDGFYARDL TTKARATAPT TR NLLTTPK FTVAWDWVPK RPSVCTMTKW QEVDEMLRSE YGGSFRFSSD AISTTFTTNL TEYPLSRVDL GDCIGKDARD AMD RIFARR YNATHIKVGQ PQYYQANGGF LIAYQPLLSN TLAELYVREH LREQSRKPPN PTPPPPGASA NASVERIKTT SSIE FARLQ FTYNHIQRHV NDMLGRVAIA WCELQNHELT LWNEARKLNP NAIASVTVGR RVSARMLGDV MAVSTCVPVA ADNVI VQNS MRISSRPGAC YSRPLVSFRY EDQGPLVEGQ LGENNELRLT RDAIEPCTVG HRRYFTFGGG YVYFEEYAYS HQLSRA DIT TVSTFIDLNI TMLEDHEFVP LEVYTRHEIK DSGLLDYTEV QRRNQLHDLR FADIDTVIHA DANAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |