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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Asp-bound GltPh RSMR mutant in IFS-A2 state | |||||||||
![]() | Asp-bound GltPh RSMR mutant in IFS state | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||
![]() | Huang Y / Boudker O | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Environmentally Ultrasensitive Fluorine Probe to Resolve Protein Conformational Ensembles by F NMR and Cryo-EM. 著者: Yun Huang / Krishna D Reddy / Clay Bracken / Biao Qiu / Wenhu Zhan / David Eliezer / Olga Boudker / ![]() 要旨: Limited chemical shift dispersion represents a significant barrier to studying multistate equilibria of large membrane proteins by F NMR. We describe a novel monofluoroethyl F probe that dramatically ...Limited chemical shift dispersion represents a significant barrier to studying multistate equilibria of large membrane proteins by F NMR. We describe a novel monofluoroethyl F probe that dramatically increases the chemical shift dispersion. The improved conformational sensitivity and line shape enable the detection of previously unresolved states in one-dimensional (1D) F NMR spectra of a 134 kDa membrane transporter. Changes in the populations of these states in response to ligand binding, mutations, and temperature correlate with population changes of distinct conformations in structural ensembles determined by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Thus, F NMR can guide sample preparation to discover and visualize novel conformational states and facilitate image analysis and three-dimensional (3D) classification. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 83.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 107.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 154.6 MB 154.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1008.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1008.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ugvMC ![]() 7ugxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Asp-bound GltPh RSMR mutant in IFS state | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.852 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_26497_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_26497_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : GltPh
全体 | 名称: GltPh |
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要素 |
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-超分子 #1: GltPh
超分子 | 名称: GltPh / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Glutamate transporter homolog
分子 | 名称: Glutamate transporter homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 |
分子量 | 理論値: 44.13323 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGLYRKYIEY PVLQKILIGL ILGAIVGLIL GHYGYAHAVH TYVKPFGDLF VRLLKMLVMP IVFASLVVGA ASISPARLGR VGVKIVVYY LLTSAFAVTL GIIMARLFNP GAGIHLAVGG QQFQPHQAPP LVHILLDIVP TNPFGALANG QVLPTIFFAI I LGIAITYL ...文字列: MGLYRKYIEY PVLQKILIGL ILGAIVGLIL GHYGYAHAVH TYVKPFGDLF VRLLKMLVMP IVFASLVVGA ASISPARLGR VGVKIVVYY LLTSAFAVTL GIIMARLFNP GAGIHLAVGG QQFQPHQAPP LVHILLDIVP TNPFGALANG QVLPTIFFAI I LGIAITYL MNSENEKVRK SAETLLDAIN GLAEAMYKIV NGVMQYAPIG VFALIAHVMA HQGVHVVGEL AKVTAAVYVG LT LQILLVY FVLLKIYGID PISFIKHAKD AMLTAFVTSS SSGTLPVTMR VAKEMGISEG IYSFTLPLGA TINMDGTALY QGV ATFFIA NALGSHLTVG QQLTIVLTAV LASIGTAGVP GAGAIMLAMV LHSVGLPLTD PNVAAAYA(EFC)I LGIDAILDRG RTMVNVTGD LTGTAIVAKT EGT |
-分子 #2: ASPARTIC ACID
分子 | 名称: ASPARTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ASP |
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分子量 | 理論値: 133.103 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ASP: |
-分子 #3: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 303 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.94 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |