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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | 70S ribosome complex in an intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) stalled by Argyrin B | ||||||||||||
![]() | Refine3D (Relion 4.0), re-sampled after pixel calibration | ||||||||||||
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![]() | Translocation / EF-G / Argyrin / Ribosome | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ribosome disassembly / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / translational elongation / RNA folding / positive regulation of ribosome biogenesis / translation elongation factor activity ...ribosome disassembly / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / translational elongation / RNA folding / positive regulation of ribosome biogenesis / translation elongation factor activity / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å | ||||||||||||
![]() | Rundlet EJ / Wieland M / Holm M / Koller TO / Blanchard SC / Wilson DN | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The cyclic octapeptide antibiotic argyrin B inhibits translation by trapping EF-G on the ribosome during translocation. 著者: Maximiliane Wieland / Mikael Holm / Emily J Rundlet / Martino Morici / Timm O Koller / Tinashe P Maviza / Domen Pogorevc / Ilya A Osterman / Rolf Müller / Scott C Blanchard / Daniel N Wilson / ![]() ![]() ![]() 要旨: Argyrins are a family of naturally produced octapeptides that display promising antimicrobial activity against Pseudomonas aeruginosa. Argyrin B (ArgB) has been shown to interact with an elongated ...Argyrins are a family of naturally produced octapeptides that display promising antimicrobial activity against Pseudomonas aeruginosa. Argyrin B (ArgB) has been shown to interact with an elongated form of the translation elongation factor G (EF-G), leading to the suggestion that argyrins inhibit protein synthesis by interfering with EF-G binding to the ribosome. Here, using a combination of cryo-electron microscopy (cryo-EM) and single-molecule fluorescence resonance energy transfer (smFRET), we demonstrate that rather than interfering with ribosome binding, ArgB rapidly and specifically binds EF-G on the ribosome to inhibit intermediate steps of the translocation mechanism. Our data support that ArgB inhibits conformational changes within EF-G after GTP hydrolysis required for translocation and factor dissociation, analogous to the mechanism of fusidic acid, a chemically distinct antibiotic that binds a different region of EF-G. These findings shed light on the mechanism of action of the argyrin-class antibiotics on protein synthesis as well as the nature and importance of rate-limiting, intramolecular conformational events within the EF-G-bound ribosome during late-steps of translocation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 165.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 92 KB 92 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 210.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 17 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 25.5 MB 165.8 MB 165.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ug7MC ![]() 7otcC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Refine3D (Relion 4.0), re-sampled after pixel calibration | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.054 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: PostProcess(Relion 4.0), b-factor = -30, re-sampled after pixel...
ファイル | emd_26486_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | PostProcess(Relion 4.0), b-factor = -30, re-sampled after pixel calibration | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Refine3D half 1 (Relion 4.0), re-sampled after pixel calibration
ファイル | emd_26486_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Refine3D half 1 (Relion 4.0), re-sampled after pixel calibration | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Refine3D half 2 (Relion 4.0), re-sampled after pixel calibration
ファイル | emd_26486_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Refine3D half 2 (Relion 4.0), re-sampled after pixel calibration | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : 70S ribosome in an intermediate state of translocation bound to E...
+超分子 #1: 70S ribosome in an intermediate state of translocation bound to E...
+超分子 #2: 30S ribosomal subunit
+超分子 #3: 50S ribosomal subunit
+分子 #1: 16S rRNA
+分子 #22: 23S rRNA
+分子 #23: 5S rRNA
+分子 #57: tRNA-fMet
+分子 #58: tRNA-Phe
+分子 #59: mRNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #21: 30S ribosomal protein S21
+分子 #24: 50S ribosomal protein L1
+分子 #25: 50S ribosomal protein L2
+分子 #26: 50S ribosomal protein L3
+分子 #27: 50S ribosomal protein L4
+分子 #28: 50S ribosomal protein L5
+分子 #29: 50S ribosomal protein L6
+分子 #30: 50S ribosomal protein L9
+分子 #31: 50S ribosomal protein L10
+分子 #32: 50S ribosomal protein L11
+分子 #33: 50S ribosomal protein L13
+分子 #34: 50S ribosomal protein L14
+分子 #35: 50S ribosomal protein L15
+分子 #36: 50S ribosomal protein L16
+分子 #37: 50S ribosomal protein L17
+分子 #38: 50S ribosomal protein L18
+分子 #39: 50S ribosomal protein L19
+分子 #40: 50S ribosomal protein L20
+分子 #41: Ribosomal protein L21
+分子 #42: 50S ribosomal protein L22
+分子 #43: 50S ribosomal protein L23
+分子 #44: 50S ribosomal protein L24
+分子 #45: 50S ribosomal protein L25
+分子 #46: 50S ribosomal protein L27
+分子 #47: 50S ribosomal protein L28
+分子 #48: 50S ribosomal protein L29
+分子 #49: 50S ribosomal protein L30
+分子 #50: 50S ribosomal protein L31
+分子 #51: 50S ribosomal protein L32
+分子 #52: 50S ribosomal protein L33
+分子 #53: 50S ribosomal protein L34
+分子 #54: 50S ribosomal protein L35
+分子 #55: 50S ribosomal protein L36
+分子 #56: Elongation factor G
+分子 #60: Argyrin B
+分子 #61: 1,4-DIAMINOBUTANE
+分子 #62: MAGNESIUM ION
+分子 #63: SPERMIDINE
+分子 #64: ZINC ION
+分子 #65: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #66: N-FORMYLMETHIONINE
+分子 #67: PHENYLALANINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2851902 / 平均電子線量: 68.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |