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万見
- EMDB-26348: I-F3b Cascade-TniQ full R-loop complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26348
タイトルI-F3b Cascade-TniQ full R-loop complex
マップデータcombined map of local-resolution filtered maps from full refinement and focused refinement
試料
  • 複合体: I-F3b Cascade-TniQ Full R-loop complex
    • RNA: crRNA
    • DNA: Target strand DNA
    • DNA: Non-target strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas8/5
    • タンパク質・ペプチド: Cas7
    • タンパク質・ペプチド: Cas6
    • タンパク質・ペプチド: TniQ
キーワードCRISPR-Cas / Transposon / CAST / Cascade / I-F / I-F3 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
生物種Aeromonas salmonicida (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Park JU / Mehrotra E / Kellogg EH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00-GM124463 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM144566 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Multiple adaptations underly co-option of a CRISPR surveillance complex for RNA-guided DNA transposition.
著者: Jung-Un Park / Michael T Petassi / Shan-Chi Hsieh / Eshan Mehrotra / Gabriel Schuler / Jagat Budhathoki / Vinh H Truong / Summer B Thyme / Ailong Ke / Elizabeth H Kellogg / Joseph E Peters /
要旨: CRISPR-associated transposons (CASTs) are natural RNA-directed transposition systems. We demonstrate that transposon protein TniQ plays a central role in promoting R-loop formation by RNA-guided DNA- ...CRISPR-associated transposons (CASTs) are natural RNA-directed transposition systems. We demonstrate that transposon protein TniQ plays a central role in promoting R-loop formation by RNA-guided DNA-targeting modules. TniQ residues, proximal to CRISPR RNA (crRNA), are required for recognizing different crRNA categories, revealing an unappreciated role of TniQ to direct transposition into different classes of crRNA targets. To investigate adaptations allowing CAST elements to utilize attachment sites inaccessible to CRISPR-Cas surveillance complexes, we compared and contrasted PAM sequence requirements in both I-F3b CAST and I-F1 CRISPR-Cas systems. We identify specific amino acids that enable a wider range of PAM sequences to be accommodated in I-F3b CAST elements compared with I-F1 CRISPR-Cas, enabling CAST elements to access attachment sites as sequences drift and evade host surveillance. Together, this evidence points to the central role of TniQ in facilitating the acquisition of CRISPR effector complexes for RNA-guided DNA transposition.
履歴
登録2022年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26348.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26348.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈combined map of local-resolution filtered maps from full refinement and focused refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 420 pix.
= 366.66 Å		0.87 Å/pix.
x 420 pix.
= 366.66 Å		0.87 Å/pix.
x 420 pix.
= 366.66 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.873 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.028453883 - 0.108551964
平均 (標準偏差)0.00016127276 (±0.0017559092)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 366.66 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map of the full structure

ファイルemd_26348_additional_1.map
注釈unsharpened map of the full structure
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map from focused refinement

ファイルemd_26348_additional_2.map
注釈Unsharpened map from focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: halfmap 1 from focused refinement

ファイルemd_26348_additional_3.map
注釈halfmap 1 from focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: halfmap 2 from focused refinement

ファイルemd_26348_additional_4.map
注釈halfmap 2 from focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap 2 of the full structure

ファイルemd_26348_half_map_1.map
注釈Halfmap 2 of the full structure
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap 1 of the full structure

ファイルemd_26348_half_map_2.map
注釈Halfmap 1 of the full structure
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : I-F3b Cascade-TniQ Full R-loop complex

全体名称: I-F3b Cascade-TniQ Full R-loop complex
要素
  • 複合体: I-F3b Cascade-TniQ Full R-loop complex
    • RNA: crRNA
    • DNA: Target strand DNA
    • DNA: Non-target strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas8/5
    • タンパク質・ペプチド: Cas7
    • タンパク質・ペプチド: Cas6
    • タンパク質・ペプチド: TniQ

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超分子 #1: I-F3b Cascade-TniQ Full R-loop complex

超分子名称: I-F3b Cascade-TniQ Full R-loop complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Aeromonas salmonicida (バクテリア)
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Aeromonas salmonicida (バクテリア)
分子量理論値: 19.399604 KDa
配列文字列:
CCAAGAAAAG GACUGGAAGA AAUCAUCCAA GUUGGGGACU AUUUUCUGCC GUAUAGGCAG

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分子 #2: Target strand DNA

分子名称: Target strand DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Aeromonas salmonicida (バクテリア)
分子量理論値: 35.61368 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG) (DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG) (DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG) (DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT) (DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DC)(DG) (DA)(DA)(DT)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG) (DG)

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分子 #3: Non-target strand DNA

分子名称: Non-target strand DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Aeromonas salmonicida (バクテリア)
分子量理論値: 35.737723 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT) (DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT) (DT)(DT)(DA)(DG)(DT) ...文字列:
(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT) (DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT) (DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DG)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG) (DG)(DC)(DT) (DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG) (DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DG)(DT) (DT)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA) (DG)

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分子 #4: Cas8/5

分子名称: Cas8/5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aeromonas salmonicida (バクテリア)
分子量理論値: 78.728367 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVTIMHIEEL LDIEDHGERD RQLRRYLAPY SAEIGVDGAE KMALVVLLNL TLKRDRVESL CDEGLARQLL SDEGHITNCL HTVRWLHTH NLKYPDARVS GERLIINAPP LIPGVISSAG LPMRMGWAHD SSDINLAKLF GTSFRYRDDS TNLALQLVAR S KTWEQALI ...文字列:
MVTIMHIEEL LDIEDHGERD RQLRRYLAPY SAEIGVDGAE KMALVVLLNL TLKRDRVESL CDEGLARQLL SDEGHITNCL HTVRWLHTH NLKYPDARVS GERLIINAPP LIPGVISSAG LPMRMGWAHD SSDINLAKLF GTSFRYRDDS TNLALQLVAR S KTWEQALI GLGLTQQQLD IWCQLLASNL ENNTFPTVVS PFSKQVRFLY QGNYCVVTPV VSHALLAQLQ NVVHEKKLQC TY IHHDHPA SVGSLVGALG GKVAVLDYPP PVSPDKARSF SQARKHRLAN GQSLFDRSVF NDHVFIDALK HVISRPGLTR KQQ RQLRLS ALRYLRRQLA IWLGPIIEWR DEIVSSGRGE PGNLPSGGLE LELITQPKKM LPELMLQVAG RFHLELQNHS AGRR FAFHP ALMAPIKSQI LWLLRQLADD EEKDEPHPPT SCYYLHLSGL TVYDASALAN PYLCGIPSLS ALAGFCHDYE RRLQS LIGQ SVYFRGLAWY LGRYSLVTGK HLPEPSKSAD PKSVSAIRRP GLLDGRYCDL GMDLIIEVHI PTGGSLPFTT CLDLLR VAL PARFAGGCLH PPSLYEEYNW CTVYQDKSTL FTVLSRLPRY GCWIYPSDAD LRSFEELSEA LALDRRLRPV ATGFVFL EE PVERAGSIEG QHVYAESAIG TALCINPVEM RLAGKKRFFG AGFWQLNDAK GAILMNGSAN TG

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分子 #5: Cas7

分子名称: Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aeromonas salmonicida (バクテリア)
分子量理論値: 39.105172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MELCTHLSYS RSLSPGKAVF FYKTAESDFV PLRIEVAKIS GQKCGYTEGF DANLKPKNIE RYELAYSNPQ TIEACYVPPN VDELYCRFS LRVEANSMRP YVCSNPDVLR VMIGLAQAYQ RLGGYNELAR RYSANVLRGI WLWRNQYTQG TKIEIKTSLG S TYHIPDAR ...文字列:
MELCTHLSYS RSLSPGKAVF FYKTAESDFV PLRIEVAKIS GQKCGYTEGF DANLKPKNIE RYELAYSNPQ TIEACYVPPN VDELYCRFS LRVEANSMRP YVCSNPDVLR VMIGLAQAYQ RLGGYNELAR RYSANVLRGI WLWRNQYTQG TKIEIKTSLG S TYHIPDAR RLSWSGDWPE LEQKQLEQLT SEMAKALSQP DIFWFADVTA SLKTGFCQEI FPSQKFTERP DDHSVASRQL AT VECSDGQ LAACINPQKI GAALQKIDDW WANDADLPLR VHEYGANHEA LTALRHPATG QDFYHLLTKA EQFVTVLESS EGG GVELPG EVHYLMAVLV KGGLFQKGKG R

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分子 #6: Cas6

分子名称: Cas6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aeromonas salmonicida (バクテリア)
分子量理論値: 23.640832 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTENRYFFAI RYLSDDVDCG LLAGRCISIL HGFRQAHPGI QIGVAFPEWS DRDLGRSIAF VSTNKSLLER FRERSYFQVM QADNFFALS LVLEVPDTCQ NVRFIRNQNL AKLFVGERRR RLARAKRRAK ARGEAFQPHM PDETKVVGVF HSVFMQSASS G QSYILHIQ ...文字列:
MTENRYFFAI RYLSDDVDCG LLAGRCISIL HGFRQAHPGI QIGVAFPEWS DRDLGRSIAF VSTNKSLLER FRERSYFQVM QADNFFALS LVLEVPDTCQ NVRFIRNQNL AKLFVGERRR RLARAKRRAK ARGEAFQPHM PDETKVVGVF HSVFMQSASS G QSYILHIQ KHRYERSEDS GYSSYGLASN DLYTGYVPDL GAIFSTLF

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分子 #7: TniQ

分子名称: TniQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aeromonas salmonicida (バクテリア)
分子量理論値: 46.366637 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHLLVRPEPF ADEALESYFL RLSQENGFER YRIFSGSVQD WLHTTDHAAA GAFPLELSRL NIFHASRSSG LRVRALQLVD RLTDGAPFR LLQLALCHSA ISFGNHYKAV HRSGVDIPLS FIRVHQIPCC PDCLRESAYV RQCWHFKPYV GCHRHGGRLI Y SCPACGES ...文字列:
MHLLVRPEPF ADEALESYFL RLSQENGFER YRIFSGSVQD WLHTTDHAAA GAFPLELSRL NIFHASRSSG LRVRALQLVD RLTDGAPFR LLQLALCHSA ISFGNHYKAV HRSGVDIPLS FIRVHQIPCC PDCLRESAYV RQCWHFKPYV GCHRHGGRLI Y SCPACGES LNYLASESIN HCQCGFDLRT ASTVPAQPDE IQLSALAYGC SFESSNPLLA IGSLSARFGA LYWYQQRYLS DH EAVRDDR ALTKAIGHFT AWPDAFWREL QQMVDDALVR QTKPLNHTDF VDVFGSVVAD CRQIPMRNTG QNFILKNLIG FLT DLVARH PQCRVANVGD LLLSAVDAAT LLSTSVEQVR RLHHEGFLPL SIRPASRNTV SPHRAVFHLR HVVELRQARM QSHH DHSST YLPAW

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53353
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6pif


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7u5d:
I-F3b Cascade-TniQ full R-loop complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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