[日本語] English
万見
- EMDB-26318: Influenza Neuraminidase N1-CA09-sNAp-155 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26318
タイトルInfluenza Neuraminidase N1-CA09-sNAp-155
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure-based design of an engineered Influenza Neuraminidase tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Influenza N1-CA09-sNAp-155
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Acton OJ / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure-based design of stabilized recombinant influenza neuraminidase tetramers.
著者: Daniel Ellis / Julia Lederhofer / Oliver J Acton / Yaroslav Tsybovsky / Sally Kephart / Christina Yap / Rebecca A Gillespie / Adrian Creanga / Audrey Olshefsky / Tyler Stephens / Deleah ...著者: Daniel Ellis / Julia Lederhofer / Oliver J Acton / Yaroslav Tsybovsky / Sally Kephart / Christina Yap / Rebecca A Gillespie / Adrian Creanga / Audrey Olshefsky / Tyler Stephens / Deleah Pettie / Michael Murphy / Claire Sydeman / Maggie Ahlrichs / Sidney Chan / Andrew J Borst / Young-Jun Park / Kelly K Lee / Barney S Graham / David Veesler / Neil P King / Masaru Kanekiyo /
要旨: Influenza virus neuraminidase (NA) is a major antiviral drug target and has recently reemerged as a key target of antibody-mediated protective immunity. Here we show that recombinant NAs across non- ...Influenza virus neuraminidase (NA) is a major antiviral drug target and has recently reemerged as a key target of antibody-mediated protective immunity. Here we show that recombinant NAs across non-bat subtypes adopt various tetrameric conformations, including an "open" state that may help explain poorly understood variations in NA stability across viral strains and subtypes. We use homology-directed protein design to uncover the structural principles underlying these distinct tetrameric conformations and stabilize multiple recombinant NAs in the "closed" state, yielding two near-atomic resolution structures of NA by cryo-EM. In addition to enhancing thermal stability, conformational stabilization improves affinity to protective antibodies elicited by viral infection, including antibodies targeting a quaternary epitope and the broadly conserved catalytic site. Stabilized NAs can also be integrated into viruses without affecting fitness. Our findings provide a deeper understanding of NA structure, stability, and antigenicity, and establish design strategies for reinforcing the conformational integrity of recombinant NA proteins.
履歴
登録2022年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2022年4月20日-
現状2022年4月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26318.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 32.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-3.36853 - 5.4514585
平均 (標準偏差)0.0076247514 (±0.14285415)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ204204204
Spacing204204204
セルA=B=C: 236.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: #1

ファイルemd_26318_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Structure-based design of an engineered Influenza Neuraminidase t...

全体名称: Structure-based design of an engineered Influenza Neuraminidase tetramer
要素
  • 複合体: Structure-based design of an engineered Influenza Neuraminidase tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Influenza N1-CA09-sNAp-155
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Structure-based design of an engineered Influenza Neuraminidase t...

超分子名称: Structure-based design of an engineered Influenza Neuraminidase tetramer
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 210 kDa/nm

-
分子 #1: Influenza N1-CA09-sNAp-155

分子名称: Influenza N1-CA09-sNAp-155 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 42.499523 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VKLAGNSSLC PVSGWAPLSK DNSVRIGSKG DVFVIREPFI SCSPLECRTF FLTQGALLND KHSNGTIKDR SPYRTLMSVP IGSVPSPYN ARFESIAWSA SACHDGINWL TIGITGPDNG AVAILKYNGI ITDTIKSWRN NILRTQESEC ACVNGSCFTV M TDGPSNGQ ...文字列:
VKLAGNSSLC PVSGWAPLSK DNSVRIGSKG DVFVIREPFI SCSPLECRTF FLTQGALLND KHSNGTIKDR SPYRTLMSVP IGSVPSPYN ARFESIAWSA SACHDGINWL TIGITGPDNG AVAILKYNGI ITDTIKSWRN NILRTQESEC ACVNGSCFTV M TDGPSNGQ ASYKIFRIEK GKIVKSVEMN APNYHYEECS CYPDSSEITC VCRDNWHGSN RPWVSFNQNL EYQIGYICSG IF GDNPRPN DKTGSCGPVS SNGANGVKGF SFKYGNGVWI GRTKSISSRN GFEMIWDPNG WTGTDNNFSI KQDIVGINEW SGY SGSFVM HPELTGLDCI VPCFWVELIR GRPKENTIWT SGSSISFCGV NSDTVGWSWP DGAELPFTID K

-
分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 67444
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る