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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26317 | |||||||||
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タイトル | A novel compound mimics the structural and functional effects of the full agonist glycine on glycine channels-Expanded-open state | |||||||||
マップデータ | LocScale sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / neurotransmitter receptor activity / regulation of neuron differentiation / glycine binding / chloride channel complex ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / neurotransmitter receptor activity / regulation of neuron differentiation / glycine binding / chloride channel complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / neuropeptide signaling pathway / response to amino acid / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / central nervous system development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron projection / synapse / dendrite / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu H / Gouaux E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A novel compound mimics the structural and functional effects of the full agonist glycine on glycine channels-Expanded-open state 著者: Zhu H / Gouaux E | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26317.map.gz | 117.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26317-v30.xml emd-26317.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26317.png | 95.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26317 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26317 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26317_validation.pdf.gz | 342.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26317_full_validation.pdf.gz | 342 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26317_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26317_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26317 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26317 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7u2oMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26317.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | LocScale sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.831 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The pentameric particle
全体 | 名称: The pentameric particle |
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要素 |
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-超分子 #1: The pentameric particle
超分子 | 名称: The pentameric particle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-超分子 #2: Glycine receptor bound with aminomethanesulfonic acid
超分子 | 名称: Glycine receptor bound with aminomethanesulfonic acid タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
-分子 #1: Glycine receptor subunit alphaZ1
分子 | 名称: Glycine receptor subunit alphaZ1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 49.824625 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MFALGIYLWE TIVFFSLAAS QQAAARKAAS PMPPSEFLDK LMGKVSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSIAETTM DYRVNIFLR QQWNDPRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHEVTTDN KLLRISKNGN VLYSIRITLV L ACPMDLKN ...文字列: MFALGIYLWE TIVFFSLAAS QQAAARKAAS PMPPSEFLDK LMGKVSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSIAETTM DYRVNIFLR QQWNDPRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHEVTTDN KLLRISKNGN VLYSIRITLV L ACPMDLKN FPMDVQTCIM QLESFGYTMN DLIFEWDEKG AVQVADGLTL PQFILKEEKD LRYCTKHYNT GKFTCIEARF HL ERQMGYY LIQMYIPSLL IVILSWVSFW INMDAAPARV GLGITTVLTM TTQSSGSRAS LPKVSYVKAI DIWMAVCLLF VFS ALLEYA AVNFIARQHK ELLRFQRRRR HLKEDEAGDG RFSFAAYGMG PACLQAKDGM AIKGNNNNAP TSTNPPEKTV EEMR KLFIS RAKRIDTVSR VAFPLVFLIF NIFYWITYKI I |
-分子 #3: aminomethanesulfonic acid
分子 | 名称: aminomethanesulfonic acid / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: L2L |
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分子量 | 理論値: 111.12 Da |
Chemical component information | ChemComp-L2L: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 34.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 5136 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |