+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26302 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RFC:PCNA bound to DNA with a ssDNA gap of five nucleotides | ||||||||||||
マップデータ | Density modified map | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | sliding clamp (DNAクランプ) / DNA replication&repair / AAA+ / clamp loader / BRCT domain / REPLICATION (DNA複製) / REPLICATION-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Elg1 RFC-like complex / Translesion Synthesis by POLH ...DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / Rad17 RFC-like complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Elg1 RFC-like complex / Translesion Synthesis by POLH / DNA replication factor C complex / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / SUMOylation of DNA replication proteins / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / DNA clamp loader activity / PCNA complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Termination of translesion DNA synthesis / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / lagging strand elongation / postreplication repair / sister chromatid cohesion / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / DNAミスマッチ修復 / DNA修復 / positive regulation of DNA repair / DNA damage checkpoint signaling / DNA複製 / positive regulation of DNA replication / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / 細胞分裂 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu X / Gaubitz C | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: A second DNA binding site on RFC facilitates clamp loading at gapped or nicked DNA. 著者: Xingchen Liu / Christl Gaubitz / Joshua Pajak / Brian A Kelch / 要旨: Clamp loaders place circular sliding clamp proteins onto DNA so that clamp-binding partner proteins can synthesize, scan, and repair the genome. DNA with nicks or small single-stranded gaps are ...Clamp loaders place circular sliding clamp proteins onto DNA so that clamp-binding partner proteins can synthesize, scan, and repair the genome. DNA with nicks or small single-stranded gaps are common clamp-loading targets in DNA repair, yet these substrates would be sterically blocked given the known mechanism for binding of primer-template DNA. Here, we report the discovery of a second DNA binding site in the yeast clamp loader replication factor C (RFC) that aids in binding to nicked or gapped DNA. This DNA binding site is on the external surface and is only accessible in the open conformation of RFC. Initial DNA binding at this site thus provides access to the primary DNA binding site in the central chamber. Furthermore, we identify that this site can partially unwind DNA to create an extended single-stranded gap for DNA binding in RFC's central chamber and subsequent ATPase activation. Finally, we show that deletion of the BRCT domain, a major component of the external DNA binding site, results in defective yeast growth in the presence of DNA damage where nicked or gapped DNA intermediates occur. We propose that RFC's external DNA binding site acts to enhance DNA binding and clamp loading, particularly at DNA architectures typically found in DNA repair. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26302.map.gz | 22.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-26302-v30.xml emd-26302.xml | 29 KB 29 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26302_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26302.png | 76.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26302.cif.gz | 8.1 KB | ||
その他 | emd_26302_additional_1.map.gz emd_26302_half_map_1.map.gz emd_26302_half_map_2.map.gz | 96.8 MB 98.1 MB 98.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26302 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26302 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7u1pMC 7u19C 7u1aC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26302.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Density modified map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_26302_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26302_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26302_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : RFC bound to PCNA and DNA with a ssDNA gap of five nucleotides
+超分子 #1: RFC bound to PCNA and DNA with a ssDNA gap of five nucleotides
+分子 #1: Replication factor C subunit 1
+分子 #2: Replication factor C subunit 4
+分子 #3: Replication factor C subunit 3
+分子 #4: Replication factor C subunit 2
+分子 #5: Replication factor C subunit 5
+分子 #6: Proliferating cell nuclear antigen
+分子 #7: DNA - Primer
+分子 #8: DNA - Template
+分子 #9: DNA - non primer
+分子 #10: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
+分子 #11: MAGNESIUM ION
+分子 #12: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 47.7381 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-7u1p: |