[日本語] English
万見
- EMDB-26161: Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q wit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26161
タイトルCyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q with ATP and 16x(Asp-Arg)
マップデータLocally filtered map used for refinement.
試料
  • 複合体: Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q with ATP and 16x(Asp-Arg)
    • タンパク質・ペプチド: Cyanophycin synthase
  • タンパク質・ペプチド: 16x(Asp-Arg)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードCyanophycin / CphA1 / ATP-grasp / enzyme / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanophycin synthase (L-aspartate-adding) / cyanophycin synthase (L-arginine-adding) / cyanophycin synthetase activity (L-aspartate-adding) / cyanophycin synthetase activity (L-arginine-adding) / biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cyanophycin synthase-like, N-terminal / Cyanophycin synthase-like N-terminal domain / Cyanophycin synthetase / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily ...Cyanophycin synthase-like, N-terminal / Cyanophycin synthase-like N-terminal domain / Cyanophycin synthetase / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyanophycin synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sharon I / Grogg M
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)178084 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A cryptic third active site in cyanophycin synthetase creates primers for polymerization
著者: Sharon I / Pinus S / Grogg M / Moitessier N / Hilvert D / Schmeing TM
履歴
登録2022年2月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月1日-
マップ公開2022年6月1日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26161.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally filtered map used for refinement.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 342. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.59
最小 - 最大-3.2029445 - 5.385246
平均 (標準偏差)0.0053728516 (±0.102711305)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 342.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_26161_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Sharpened map before local filtering. Not used for refinement.

ファイルemd_26161_additional_1.map
注釈Sharpened map before local filtering. Not used for refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_26161_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_26161_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q wit...

全体名称: Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q with ATP and 16x(Asp-Arg)
要素
  • 複合体: Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q with ATP and 16x(Asp-Arg)
    • タンパク質・ペプチド: Cyanophycin synthase
  • タンパク質・ペプチド: 16x(Asp-Arg)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

-
超分子 #1: Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q wit...

超分子名称: Cyanophycin synthetase 1 from Synechocystis sp. UTEX2470 E82Q with ATP and 16x(Asp-Arg)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア)
分子量理論値: 383 kDa/nm

-
分子 #1: Cyanophycin synthase

分子名称: Cyanophycin synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyanophycin synthase (L-aspartate-adding)
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) / 株: PCC 6714
分子量理論値: 95.757852 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKILKTLTLR GPNYWSIRRK KLIVMRLDLE DLAERPSNSI PGFYEGLIKV LPSLVEHFCS PGYQGGFLER VKEGTYMGHI VQHVALELQ ELVGMTAGFG RTRETSTPGV YNVVYEYVDE QAGRYAGRAA VRLCRSLVDT GDYPRLELEK DLEDLRDLGA N SALGPSTE ...文字列:
MKILKTLTLR GPNYWSIRRK KLIVMRLDLE DLAERPSNSI PGFYEGLIKV LPSLVEHFCS PGYQGGFLER VKEGTYMGHI VQHVALELQ ELVGMTAGFG RTRETSTPGV YNVVYEYVDE QAGRYAGRAA VRLCRSLVDT GDYPRLELEK DLEDLRDLGA N SALGPSTE TIVTEAEARK IPWMLLSARA MVQLGYGVYQ QRIQATLSSH SGILGVELAC DKEGTKTILQ DAGIPVPRGT TI QYFDDLE EAINDVGGYP VVIKPLDGNH GRGITINVRH WQEAIAAYDL AAEESKSRAI IVERYYEGSD HRVLVVNGKL VAV AERIPA HVTGDGSSTI SELIEKTNQD PNRGDGHDNI LTKIVVNKTA IDVMERQGYN LDSVLPKDEV VYLRATANLS TGGI AIDRT DDIHPENIWL MERVAKVIGL DIAGIDVVTS DISKPLRETN GVIVEVNAAP GFRMHVAPSQ GLPRNVAAPV LDMLF PPGT PSRIPILAVT GTNGKTTTTR LLAHIYRQTG KTVGYTSTDA IYINEYCVEK GDNTGPQSAG VILRDPTVEV AVLETA RGG ILRAGLAFDS CDVGVVLNVA ADHLGLGDID TIEQMAKVKS VIAEVVDPSG YAVLNADDPL VAAMADKVKA KVAYFSM NP DNPIIQAHVR RNGIAAVYES GYLSILEGSW TLRVEQAKLI PMTMGGMAPF MIANALAACL AAFVNGLDVE VIRQGVRT F TTSAEQTPGR MNLFNLGQHH ALVDYAHNPA GYRAVGDFVK NWQGQRFGVV GGPGDRRDSD LIELGQIAAQ VFDRIIVKE DDDKRGRSEG ETADLIVKGI LQENPGASYE VILDETIALN KALDQVEEKG LVVVFPESVT RAIDLIKVRN PIGENLYFQ

UniProtKB: Cyanophycin synthetase

-
分子 #2: 16x(Asp-Arg)

分子名称: 16x(Asp-Arg) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 4.35838 KDa
配列文字列:
(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID) (7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)(7ID)

-
分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7lg5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 318594
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る