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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26159 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of AFV6 | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM of AFV6 | |||||||||
試料 |
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キーワード | helical symmetry / archaeal virus / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Structural protein / Structural protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang F / Cvirkaite-Krupovic V | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM of AFV6 著者: Wang F / Cvirkaite-Krupovic V / Krupovic M / Egelman EH | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26159.map.gz | 18.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26159-v30.xml emd-26159.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26159.png | 134 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26159.cif.gz | 5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26159 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26159 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26159_validation.pdf.gz | 471.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26159_full_validation.pdf.gz | 470.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26159_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26159_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26159 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26159 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7txjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11040 (タイトル: Micrographs of viruses ATV and AFV6 / Data size: 218.0 Data #1: raw micrographs and gain reference [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26159.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM of AFV6 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Acidianus filamentous virus 6
全体 | 名称: Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Acidianus filamentous virus 6
超分子 | 名称: Acidianus filamentous virus 6 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 346882 / 生物種: Acidianus filamentous virus 6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 3.65944 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA) |
-分子 #2: MCP1
分子 | 名称: MCP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 18.593428 KDa |
配列 | 文字列: MAGKKRRLSQ ASVLRYYAKR FTMNVGTTAH VLGKEVAGNP WVAKAIDKLS YQETYNWISD YQASHLAKQV AKQVAEKYGI PPTFQGLLM AYAEKVVANY ILDYKGESLT QMHDNYLYEL MQKMPIAPTG TSSGYIYVFI GKDGKTHTVD MSKVLTDIED A LLKRA UniProtKB: Structural protein |
-分子 #3: MCP2
分子 | 名称: MCP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.751678 KDa |
配列 | 文字列: MAGRQAHRKF DVRNDTSTRW KGKLYGIFVN YMGEDYAKEF VEQAYSNYEK VFVNIYTKIH NQLRTTLTSS AGAGATFPLW QIINEAIYA VYLTHKETAS FLYAKYVARG IQPNVVKKIL AETGNALKGI VPAVAQELGE TVLDESNVIS VVDDIVRKNP A LPNSYAGI ...文字列: MAGRQAHRKF DVRNDTSTRW KGKLYGIFVN YMGEDYAKEF VEQAYSNYEK VFVNIYTKIH NQLRTTLTSS AGAGATFPLW QIINEAIYA VYLTHKETAS FLYAKYVARG IQPNVVKKIL AETGNALKGI VPAVAQELGE TVLDESNVIS VVDDIVRKNP A LPNSYAGI ILQEARISTT PHYEGTEGFS SMESAYSALE EIEKGL UniProtKB: Structural protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.75 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 38.46 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 78141 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |