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- EMDB-25994: Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD Rhodopsin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25994
タイトルStructure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD Rhodopsin intermediate in complex with the multipass translocon
マップデータReference map
試料
  • 複合体: 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derived from rhodopsin), and bound to components of the multi-pass translocon
    • タンパク質・ペプチド: x 50種
    • RNA: x 4種
  • リガンド: x 2種
キーワードRibosome / Membrane protein / translocon
機能・相同性
機能・相同性情報


multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane / multi-pass translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum Sec complex / protein localization to nuclear inner membrane / pronephric nephron development / rough endoplasmic reticulum membrane / cotranslational protein targeting to membrane / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER ...multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane / multi-pass translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum Sec complex / protein localization to nuclear inner membrane / pronephric nephron development / rough endoplasmic reticulum membrane / cotranslational protein targeting to membrane / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / signal sequence binding / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / post-translational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / protein folding chaperone complex / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / G1 to G0 transition / retinal ganglion cell axon guidance / ER overload response / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein transmembrane transporter activity / regulation of signal transduction / protein-RNA complex assembly / cellular response to actinomycin D / ERAD pathway / rough endoplasmic reticulum / protein folding chaperone / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / post-embryonic development / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of translation / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / ribosome binding / retina development in camera-type eye / regulation of translation / heparin binding / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / nuclear membrane / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / postsynaptic density / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / synapse / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PAT complex subunit Asterix / PAT complex subunit Asterix / PAT complex subunit CCDC47 / Nicalin / Transmembrane protein 147 / PAT complex subunit CCDC47 / Predicted membrane protein (DUF2053) / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family ...PAT complex subunit Asterix / PAT complex subunit Asterix / PAT complex subunit CCDC47 / Nicalin / Transmembrane protein 147 / PAT complex subunit CCDC47 / Predicted membrane protein (DUF2053) / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / : / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS32 / PAT complex subunit CCDC47 / BOS complex subunit TMEM147 / Nicalin / PAT complex subunit Asterix / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL29 ...Small ribosomal subunit protein eS32 / PAT complex subunit CCDC47 / BOS complex subunit TMEM147 / Nicalin / PAT complex subunit Asterix / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / Protein transport protein Sec61 subunit beta / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Canis lupus (オオカミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Kim MK / Lewis AJO / Keenan RJ / Hegde RS
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A022_1007 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM130051 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM086487 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Mechanism of an intramembrane chaperone for multipass membrane proteins.
著者: Luka Smalinskaitė / Min Kyung Kim / Aaron J O Lewis / Robert J Keenan / Ramanujan S Hegde /
要旨: Multipass membrane proteins play numerous roles in biology and include receptors, transporters, ion channels and enzymes. How multipass proteins are co-translationally inserted and folded at the ...Multipass membrane proteins play numerous roles in biology and include receptors, transporters, ion channels and enzymes. How multipass proteins are co-translationally inserted and folded at the endoplasmic reticulum is not well understood. The prevailing model posits that each transmembrane domain (TMD) of a multipass protein successively passes into the lipid bilayer through a front-side lateral gate of the Sec61 protein translocation channel. The PAT complex, an intramembrane chaperone comprising Asterix and CCDC47, engages early TMDs of multipass proteins to promote their biogenesis by an unknown mechanism. Here, biochemical and structural analysis of intermediates during multipass protein biogenesis showed that the nascent chain is not engaged with Sec61, which is occluded and latched closed by CCDC47. Instead, Asterix binds to and redirects the substrate to a location behind Sec61, where the PAT complex contributes to a multipass translocon surrounding a semi-enclosed, lipid-filled cavity. Detection of multiple TMDs in this cavity after their emergence from the ribosome suggests that multipass proteins insert and fold behind Sec61. Accordingly, biogenesis of several multipass proteins was unimpeded by inhibitors of the Sec61 lateral gate. These findings elucidate the mechanism of an intramembrane chaperone and suggest a new framework for multipass membrane protein biogenesis at the endoplasmic reticulum.
履歴
登録2022年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25994.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 266.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reference map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33981 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.020846134 - 0.06983916
平均 (標準偏差)0.00017691652 (±0.003107168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ412412412
Spacing412412412
セルA=B=C: 552.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Focused map (PAT complex)

ファイルemd_25994_additional_1.map
注釈Focused map (PAT complex)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused map (TMEM147 complex)

ファイルemd_25994_additional_2.map
注釈Focused map (TMEM147 complex)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derive...

全体名称: 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derived from rhodopsin), and bound to components of the multi-pass translocon
要素
  • 複合体: 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derived from rhodopsin), and bound to components of the multi-pass translocon
    • タンパク質・ペプチド: uL2
    • タンパク質・ペプチド: Nascent chain
    • タンパク質・ペプチド: uL4
    • タンパク質・ペプチド: uL18
    • タンパク質・ペプチド: eL6
    • タンパク質・ペプチド: uL30
    • タンパク質・ペプチド: eL8
    • タンパク質・ペプチド: uL6
    • タンパク質・ペプチド: uL16
    • タンパク質・ペプチド: uL5
    • タンパク質・ペプチド: eL13
    • タンパク質・ペプチド: eL14
    • タンパク質・ペプチド: eL15
    • タンパク質・ペプチド: uL13
    • タンパク質・ペプチド: uL22
    • タンパク質・ペプチド: eL18
    • タンパク質・ペプチド: eL19
    • タンパク質・ペプチド: eL20
    • タンパク質・ペプチド: eL21
    • タンパク質・ペプチド: eL22
    • タンパク質・ペプチド: uL14
    • タンパク質・ペプチド: eL24
    • タンパク質・ペプチド: uL23
    • タンパク質・ペプチド: uL24
    • タンパク質・ペプチド: eL27
    • タンパク質・ペプチド: uL15
    • タンパク質・ペプチド: eL29
    • タンパク質・ペプチド: eL30
    • タンパク質・ペプチド: eL31
    • タンパク質・ペプチド: eL32
    • タンパク質・ペプチド: eL33
    • タンパク質・ペプチド: eL34
    • タンパク質・ペプチド: uL29
    • タンパク質・ペプチド: eL36
    • タンパク質・ペプチド: eL37
    • タンパク質・ペプチド: eL38
    • タンパク質・ペプチド: eL39
    • タンパク質・ペプチド: eL40
    • タンパク質・ペプチド: eL41
    • タンパク質・ペプチド: eL42
    • タンパク質・ペプチド: eL43
    • RNA: P-site tRNA
    • タンパク質・ペプチド: eL28
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • RNA: 5.8S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: uL3
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 gamma
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil domain containing 47
    • タンパク質・ペプチド: PAT complex subunit Asterix
    • タンパク質・ペプチド: Nicalin
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein 147
    • RNA: 28S ribosomal RNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derive...

超分子名称: 80S ribosome translating a stalled, two-TMD nascent chain (derived from rhodopsin), and bound to components of the multi-pass translocon
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#54 / 詳細: Sample prepared by in vitro translation

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分子 #1: uL2

分子名称: uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 28.088863 KDa
配列文字列: MGRVIRGQRK GAGSVFRAHV KHRKGAARLR AVDFAERHGY IKGIVKDIIH DPGRGAPLAK VVFRDPYRFK KRTELFIAAE GIHTGQFVY CGKKAQLNIG NVLPVGTMPE GTIVCCLEEK PGDRGKLARA SGNYATVISH NPETKKTRVK LPSGSKKVIS S ANRAVVGV ...文字列:
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

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分子 #2: Nascent chain

分子名称: Nascent chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 23.488689 KDa
配列文字列: MDSKGSSQKG SRLLLLLVVS NLLLCQGVVS TPVTASAWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEKAGGSA GSGGGSAGGS ALSDEDFKA VFGMTRSAFA NLPLWKQQNL KKEKGLFGSA GSGGGSAGGG SAAEPWQFSM LAAYMFLLIM LGFPINCLTL Y VTVQHKKL ...文字列:
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+
分子 #3: uL4

分子名称: uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 47.727559 KDa
配列文字列: MACARPLISV YSEKGESSGK NVTLPAVFKA PIRPDIVNFV HTNLRKNNRQ PYAVSELAGH QTSAESWGTG RAVARIPRVR GGGTHRSGQ GAFGNMCRGG RMFAPTKTWR RWHRRVNTTQ KRYAICSALA ASALPALVMS KGHRIEEVPE LPLVVEDKVE G YKKTKEAV ...文字列:
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #4: uL18

分子名称: uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 34.481828 KDa
配列文字列: MGFVKVVKNK AYFKRYQVKF RRRREGKTDY YARKRLVIQD KNKYNTPKYR MIVRVTNRDI ICQIAYARIE GDMIVCAAYA HELPKYGVK VGLTNYAAAY CTGLLLARRL LNRFGMDKIY EGQVEVTGDE YNVESIDGQP GAFTCYLDAG LARTTTGNKV F GALKGAVD ...文字列:
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #5: eL6

分子名称: eL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 33.028336 KDa
配列文字列: MAGEKAPAAK PDATKKSPAK KADHARGKAK KKTLAEKKPK KGKPHCSRNP VLVRGIGRYS RSAMYSRKAL YKRKYAAPKS RIERKKKRE KVLATVTKPV GGDKNGGTRV VKLRKMPRYY PTEDVPRKLL SHGKKPFSQH VRKLRASITP GTILIILTGR H RGKRVVFL ...文字列:
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL6

+
分子 #6: uL30

分子名称: uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 29.201836 KDa
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MEGAEEKKKV PAVPETLKKK RRNFAELKIK RLRKKFAQKM LRKARRKLIY EKAKHYHKEY RQMYRTEIRM ARMARKAGNF YVPAEPKLA FVIRIRGING VSPKVRKVLQ LLRLRQIFNG TFVKLNKASI NMLRIVEPYI AWGYPNLKSV NELIYKRGYG K INKKRIAL TDNTLIARSL GKYNIICMED LIHEIYTVGK HFKEANNFLW PFKLSSPRGG MKKKTTHFVE GGDAGNREDQ IN RLIRRMN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #7: eL8

分子名称: eL8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 36.221516 KDa
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

+
分子 #8: uL6

分子名称: uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 21.871418 KDa
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #9: uL16

分子名称: uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.643057 KDa
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #10: uL5

分子名称: uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 20.288465 KDa
配列文字列:
MAQDQGEKEN PMRELRIRKL CLNICVGESG DRLTRAAKVL EQLTGQTPVF SKARYTVRSF GIRRNEKIAV HCTVRGAKAE EILEKGLKV REYELRKNNF SDTGNFGFGI QEHIDLGIKY DPSIGIYGLD FYVVLGRPGF SIADKKRRTG CIGAKHRISK E EAMRWFQQ KYDGIILPGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #11: eL13

分子名称: eL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.331723 KDa
配列文字列: MAPSRNGMIL KPHFHKDWQR RVATWFNQPA RKIRRRKARQ ARARRIAPRP AAGPIRPIVR CPTVRYHTKV RAGRGFSLEE LRVAGIHKK VARTIGISVD PRRRNKSTES LQANVQRLKE YRSKLVLFPR KPSAPKKGDS SAEELKLATQ LTGPVMPIRN V FKKEKARV ...文字列:
MAPSRNGMIL KPHFHKDWQR RVATWFNQPA RKIRRRKARQ ARARRIAPRP AAGPIRPIVR CPTVRYHTKV RAGRGFSLEE LRVAGIHKK VARTIGISVD PRRRNKSTES LQANVQRLKE YRSKLVLFPR KPSAPKKGDS SAEELKLATQ LTGPVMPIRN V FKKEKARV ITEEEKNFKA FASLRMARAN ARLFGIRAKR AKEAAEQDVE KKK

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #12: eL14

分子名称: eL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 23.870549 KDa
配列文字列: MVFRRFVEVG RVAYVSFGPH AGKLVAIVDV IDQNRALVDG PCTRVRRQAM PFKCMQLTDF ILKFPHSARQ KYVRKAWEKA DINTKWAAT RWAKKIEARE RKAKMTDFDR YKVMKAKKMR NRIIKNEVKK LQRAALLKAS PKKAPVAKGA VAAAAAAAKV P AKKATAAG ...文字列:
MVFRRFVEVG RVAYVSFGPH AGKLVAIVDV IDQNRALVDG PCTRVRRQAM PFKCMQLTDF ILKFPHSARQ KYVRKAWEKA DINTKWAAT RWAKKIEARE RKAKMTDFDR YKVMKAKKMR NRIIKNEVKK LQRAALLKAS PKKAPVAKGA VAAAAAAAKV P AKKATAAG KKAAAQKAPA QKAPAQKAAG QKAAQPPKAQ KGQKPPAQKA PAPKASGKKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL14

+
分子 #13: eL15

分子名称: eL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.207285 KDa
配列文字列: MGAYKYIQEL WRKKQSDVMR FLLRVRCWQY RQLSALHRAP RPTRPDKARR LGYKAKQGYV IYRIRVRRGG RKRPVPKGAT YGKPVHHGV NQLKFARSLQ SVAEERAGRH CGALRVLNSY WVGEDSTYKF FEVILIDPFH KAIRRNPDTQ WITKPVHKHR E MRGLTSAG ...文字列:
MGAYKYIQEL WRKKQSDVMR FLLRVRCWQY RQLSALHRAP RPTRPDKARR LGYKAKQGYV IYRIRVRRGG RKRPVPKGAT YGKPVHHGV NQLKFARSLQ SVAEERAGRH CGALRVLNSY WVGEDSTYKF FEVILIDPFH KAIRRNPDTQ WITKPVHKHR E MRGLTSAG RKSRGLGKGH KFHHTIGGSR RAAWRRRNTL QLHRYR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL15

+
分子 #14: uL13

分子名称: uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 23.533299 KDa
配列文字列: MAEGQVLVLD GRGHLLGRLA AIVAKQVLLG RKVVVVRCEG INISGNFYRN KLKYLAFLRK RMNTNPSRGP YHFRAPSRIF WRTVRGMLP HKTKRGQAAL DRLKVFDGIP PPYDKKKRMV VPAALKVVRL KPTRKFAYLG RLAHEVGWKY QAVTATLEEK R KEKAKIHY ...文字列:
MAEGQVLVLD GRGHLLGRLA AIVAKQVLLG RKVVVVRCEG INISGNFYRN KLKYLAFLRK RMNTNPSRGP YHFRAPSRIF WRTVRGMLP HKTKRGQAAL DRLKVFDGIP PPYDKKKRMV VPAALKVVRL KPTRKFAYLG RLAHEVGWKY QAVTATLEEK R KEKAKIHY RKKKQLMRLR KQAEKNVEKK ISKFTDVLKT HGLLV

+
分子 #15: uL22

分子名称: uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 21.444221 KDa
配列文字列:
MVRYSLDPEN PTKSCKSRGS NLRVHFKNTR ETAQAIKGMH IRKATKYLKD VTLKKQCVPF RRYNGGVGRC AQAKQWGWTQ GRWPKKSAE FLLHMLKNAE SNAELKGLDV DSLVIEHIQV NKAPKMRRRT YRAHGRINPY MSSPCHIEMI LTEKEQIVPK P EEEVAQKK KISQKKLKKQ KLMARE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #16: eL18

分子名称: eL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 21.653596 KDa
配列文字列: GVDIRHNKDR KVRRKEPKSQ DIYLRLLVKL YRFLARRTNS TFNQVVLKRL FMSRTNRPPL SLSRMIRKMK LPGRENKTAV VVGTVTDDV RVQEVPKLKV CALRVTSRAR SRILKAGGKI LTFDQLALDS PKGRGTVLLS GPRKGREVYR HFGKAPGTPH S HTKPYVRS ...文字列:
GVDIRHNKDR KVRRKEPKSQ DIYLRLLVKL YRFLARRTNS TFNQVVLKRL FMSRTNRPPL SLSRMIRKMK LPGRENKTAV VVGTVTDDV RVQEVPKLKV CALRVTSRAR SRILKAGGKI LTFDQLALDS PKGRGTVLLS GPRKGREVYR HFGKAPGTPH S HTKPYVRS KGRKFERARG RRASRGYKN(UNK)

+
分子 #17: eL19

分子名称: eL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 23.535281 KDa
配列文字列: MSMLRLQKRL ASSVLRCGKK KVWLDPNETN EIANANSRQQ IRKLIKDGLI IRKPVTVHSR ARCRKNTLAR RKGRHMGIGK RKGTANARM PEKVTWMRRM RILRRLLRRY RESKKIDRHM YHSLYLKVKG NVFKNKRILM EHIHKLKADK ARKKLLADQA E ARRSKTKE ...文字列:
MSMLRLQKRL ASSVLRCGKK KVWLDPNETN EIANANSRQQ IRKLIKDGLI IRKPVTVHSR ARCRKNTLAR RKGRHMGIGK RKGTANARM PEKVTWMRRM RILRRLLRRY RESKKIDRHM YHSLYLKVKG NVFKNKRILM EHIHKLKADK ARKKLLADQA E ARRSKTKE ARKRREERLQ AKKEEIIKTL SKEEETKK

UniProtKB: Ribosomal protein L19

+
分子 #18: eL20

分子名称: eL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 20.827561 KDa
配列文字列:
MKASGTLREY KVVGRCLPTP KCRTPPLYRM RIFAPNHVVA KSRFWYFVSQ LKKMKKSSGE IVYCGQVFEK SPLRVKNFGI WLRYDSRSG THNMYREYRD LTTAGAVTQC YRDMGARHRA RAHSIQIMKV EEIAASKCRR PAVKQFHDSK IKFPLPHRVL R RQHKPRFT TKRPNTFF

+
分子 #19: eL21

分子名称: eL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 18.609988 KDa
配列文字列:
MTNTKGKRRG TRYMFSRPFR KHGVVPLATY MRIYKKGDIV DIKGMGTVQK GMPHKCYHGK TGRVYNVTQH AVGIVVNKQV KGKILAKRI NVRIEHIKHS KSRDSFLKRV KENDQKKKEA KEKGTWVQLK RQPAPPREAH FVRTNGKEPE LLEPIPYEFM A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL21

+
分子 #20: eL22

分子名称: eL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.813015 KDa
配列文字列:
MAPVKKLVAK GGKKKKQLLK FTLDCTHPVE DGIMDAANFE QFLQERIKVN GKAGNLGGGV VSLERSKSKI TVTSEVPFSK RYLKYLTKK YLKKNNLRDW LRVVANTKES YELRYFQINQ DEEEEEEED

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL22

+
分子 #21: uL14

分子名称: uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.892505 KDa
配列文字列:
MSKRGRGGSS GAKFRISLGL PVGAVINCAD NTGAKNLYII SVKGIKGRLN RLPAAGVGDM VMATVKKGKP ELRKKVHPAV VIRQRKSYR RKDGVFLYFE DNAGVIVNNK GEMKGSAITG PVAKECADLW PRIASNAGSI A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #22: eL24

分子名称: eL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.825111 KDa
配列文字列:
MKVELCSFSG YKIYPGHGRR YARTDGKVFQ FLNAKCESAF LSKRNPRQIN WTVLYRRKHK KGQSEEIQKK RTRRAVKFQR AITGASLAD IMAKRNQKPE VRKAQREQAI RAAKEAKKAK QASKKTAMAA AKAPTKAAPK QKIVKPVKVS APRVGGKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL24

+
分子 #23: uL23

分子名称: uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.768246 KDa
配列文字列:
MAPKAKKEAP APPKVEAKAK ALKAKKAVLK GVHSHKKKKI RTSPTFRRPK TLRLRRQPKY PRKSAPRRNK LDHYAIIKFP LTTESAMKK IEDNNTLVFI VDVKANKHQI KQAVKKLYDI DVAKVNTLIR PDGEKKAYVR LAPDYDALDV ANKIGII

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #24: uL24

分子名称: uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.303363 KDa
配列文字列:
MKFNPFVTSD RSKNRKRHFN APSHIRRKIM SSPLSKELRQ KYNVRSMPIR KDDEVQVVRG HYKGQQIGKV VQVYRKKYVI YIERVQREK ANGTTVHVGI HPSKVVITRL KLDKDRKKIL ERKAKSRQVG KEKGKYKEET IEKMQE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #25: eL27

分子名称: eL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.835831 KDa
配列文字列:
MGKFMKPGKV VLVLAGRYSG RKAVIVKNID DGTSDRPYSH ALVAGIDRYP RKVTAAMGKK KIAKRSKIKS FVKVYNYNHL MPTRYSVDI PLDKTVVNKD VFRDPALKRK ARREAKVKFE ERYKTGKNKW FFQKLRF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL27

+
分子 #26: uL15

分子名称: uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 16.620561 KDa
配列文字列:
MPSRLRKTRK LRGHVSHGHG RIGKHRKHPG GRGNAGGMHH HRINFDKYHP GYFGKVGMRH YHLKRNQSFC PTVNLDKLWT LVSEQTRVN AAKNKTGAAP IIDVVRSGYY KVLGKGKLPK QPVIVKAKFF SRRAEEKIKG VGGACVLVA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #27: eL29

分子名称: eL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.931625 KDa
配列文字列: MAKSKNHTTH NQSRKWHRNG IKKPRSQRYE SLKGVDPKFL RNMRFAKKHN KKGLKKMQAN NAKAMAARAE AIKALVKPKE VKPTIPKGV SRKLHRLAYI AHPKLGRRAR ARIARGLRLS RPQTKAKAKT EPQIKGKVKA QIKAQAQAQI KSKGKGKAQA E TKPKAQAE ...文字列:
MAKSKNHTTH NQSRKWHRNG IKKPRSQRYE SLKGVDPKFL RNMRFAKKHN KKGLKKMQAN NAKAMAARAE AIKALVKPKE VKPTIPKGV SRKLHRLAYI AHPKLGRRAR ARIARGLRLS RPQTKAKAKT EPQIKGKVKA QIKAQAQAQI KSKGKGKAQA E TKPKAQAE TKPKAQAQAK PKAQAQGKPK AQAQGKPKAQ AQAKPKAQAQ AKPKAQAQTK PKAQATPA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL29

+
分子 #28: eL30

分子名称: eL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 12.807065 KDa
配列文字列:
MVAAKKTKKS LESINSRLQL VMKSGKYVLG YKQSLKMIRQ GKAKLVILAN NCPALRKSEI EYYAMLAKTG VHHYSGNNIE LGTACGKYY RVCTLSIIDP GDSDIIRSMP EQTGEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL30

+
分子 #29: eL31

分子名称: eL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.494938 KDa
配列文字列:
MAPAKKGGEK KKGRSAINEV VTREYTINIH KRIHGVGFKK RAPRALKEIR KFAMKEMGTP DVRIDTRLNK AVWAKGIRNV PYRIRVRLS RKRNEDEDSP NKLYTLVTYV PVTTFKNLQT VNVDEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL31

+
分子 #30: eL32

分子名称: eL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.898932 KDa
配列文字列:
MAALRPLVKP KIVKKRTKKF IRHQSDRYVK IKRNWRKPRG IDNRVRRRFK GQILMPNIGY GSNKKTKHML PSGFRKFLVH NVKELEVLL MCNKSYCAEI AHNVSSKNRK AIVERAAQLA IRVTNPNARL RSEENE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL32

+
分子 #31: eL33

分子名称: eL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 12.580809 KDa
配列文字列:
MSGRLWCKAI FAGYKRGLRN QREHTALLKI EGVYARDETE FYLGKRCAYV YKAKNNTVTP GGKPNKTRVI WGKVTRAHGN SGMVRAKFR SNLPAKAIGH RIRVMLYPSR I

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL33

+
分子 #32: eL34

分子名称: eL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 13.196894 KDa
配列文字列:
MVQRLTYRRR LSYNTASNKT RLSRTPGNRI VYLYTKKVGK APKSACGVCP GRLRGVRAVR PKVLMRLSKT KKHVSRAYGG SMCAKCVRD RIKRAFLIEE QKIVVKVLKA QAQSQKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL34

+
分子 #33: uL29

分子名称: uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.566599 KDa
配列文字列:
MAKIKARDLR GKKKEELLKQ LDDLKVELSQ LRVAKVTGGA ASKLSKIRVV RKSIARVLTV INQTQKENLR KFYKGKKYKP LDLRPKKTR AMRRRLNKHE ESLKTKKQQR KERLYPLRKY AVKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #34: eL36

分子名称: eL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 12.263834 KDa
配列文字列:
MALRYPMAVG LNKGHKVTKN VSKPRHSRRR GRLTKHTKFV RDMIREVCGF APYERRAMEL LKVSKDKRAL KFIKKRVGTH IRAKRKREE LSSVLAAMRK AAAKKD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL36

+
分子 #35: eL37

分子名称: eL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.111032 KDa
配列文字列:
MTKGTSSFGK RRNKTHTLCR RCGSKAYHLQ KSTCGKCGYP AKRKRKYNWS AKAKRRNTTG TGRMRHLKIV YRRFRHGFRE GTTPKPKRA AVAASSSS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL37

+
分子 #36: eL38

分子名称: eL38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 8.238948 KDa
配列文字列:
MPRKIEEIKD FLLTARRKDA KSVKIKKNKD NVKFKVRCSR YLYTLVITDK EKAEKLKQSL PPGLAVKELK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL38

+
分子 #37: eL39

分子名称: eL39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 6.455775 KDa
配列文字列:
MSSHKTFRIK RFLAKKQKQN RPIPQWIWMK TGNKIRYNSK RRHWRRTKLG L

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL39

+
分子 #38: eL40

分子名称: eL40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.69979 KDa
配列文字列:
MGDPESGGCI PPDQQRLIFA GKQLEDGRTL SDYNIQKEST LHLVLRLRGG IIEPSLRQLA QKYNCDKMIC RKCYARLHPR AVNCRKKKC GHTNNLRPKK KVK

+
分子 #39: eL41

分子名称: eL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 3.473451 KDa
配列文字列:
MRAKWRKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32

+
分子 #40: eL42

分子名称: eL42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 12.476973 KDa
配列文字列:
MVNVPKTRRT FCKKCGKHQP HKVTQYKKGK DSLYAQGKRR YDRKQSGYGG QTKPIFRKKA KTTKKIVLRL ECVEPNCRSK RMLAIKRCK HFELGGDKKR KGQVIQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL42

+
分子 #41: eL43

分子名称: eL43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 10.29935 KDa
配列文字列:
MAKRTKKVGI VGKYGTRYGA SLRKMVKKIE ISQHAKYTCS FCGKTKMKRR AVGIWHCGSC MKTVAGGAWT YNTTSAVTVK SAIRRLKEL KDQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL43

+
分子 #43: eL28

分子名称: eL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.783614 KDa
配列文字列:
MSAHLQWMVV RNCSSFLIKR NKQTYSTEPN NLKARNSFRY NGLIHRKTVG VEPAADGKGV VVVMKRRSGQ RKPATSYVRT TINKNARAT LSSIRHMIRK NKYHPDLRMA AIRRASAILR SQKPVMVKRK RTRPTKSS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL28

+
分子 #46: uL3

分子名称: uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 46.107977 KDa
配列文字列: MSHRKFSAPR HGSLGFLPRK RSSRHRGKVK SFPKDDPSKP VHLTAFLGYK AGMTHIVREV DRPGSKVNKK EVVEAVTIVE TPPMVVVGI VGYVETPRGL RTFKTVFAEH ISDECKRRFY KNWHKSKKKA FTKYCKKWQD DAGKRQLDKD FSSMKKYCQV I RVLAHTQM ...文字列:
MSHRKFSAPR HGSLGFLPRK RSSRHRGKVK SFPKDDPSKP VHLTAFLGYK AGMTHIVREV DRPGSKVNKK EVVEAVTIVE TPPMVVVGI VGYVETPRGL RTFKTVFAEH ISDECKRRFY KNWHKSKKKA FTKYCKKWQD DAGKRQLDKD FSSMKKYCQV I RVLAHTQM RLLPLRQKKA HLMEIQVNGG TVAEKLDWAR ERLEQQVPVS QVFGQDEMID VIGVTKGKGY KGVTSRWHTK KL PRKTHRG LRKVACIGAW HPARVAFSVA RAGQKGYHHR TEINKKIYKI GQGYLIKDGK LIKNNASTDY DLSDKSINPL GGF VHYGEV TNDFVMLKGC VVGTKKRVLT LRKSLLVQTK RRALEKIDLK FIDTTSKFGH GRFQTVEEKK AFMGPLKKDR IAKE EGA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #47: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1

分子名称: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus (オオカミ)
分子量理論値: 52.279379 KDa
配列文字列: MAIKFLEVIK PFCVILPEIQ KPERKIQFKE KVLWTAITLF IFLVCCQIPL FGIMSSDSAD PFYWMRVILA SNRGTLMELG ISPIVTSGL IMQLLAGAKI IEVGDTPKDR ALFNGAQKLF GMIITIGQSI VYVMTGMYGD PSEMGAGICL LITIQLFVAG L IVLLLDEL ...文字列:
MAIKFLEVIK PFCVILPEIQ KPERKIQFKE KVLWTAITLF IFLVCCQIPL FGIMSSDSAD PFYWMRVILA SNRGTLMELG ISPIVTSGL IMQLLAGAKI IEVGDTPKDR ALFNGAQKLF GMIITIGQSI VYVMTGMYGD PSEMGAGICL LITIQLFVAG L IVLLLDEL LQKGYGLGSG ISLFIATNIC ETIVWKAFSP TTVNTGRGME FEGAIIALFH LLATRTDKVR ALREAFYRQN LP NLMNLIA TIFVFAVVIY FQGFRVDLPI KSARYRGQYN TYPIKLFYTS NIPIILQSAL VSNLYVISQM LSARFSGNLL VSL LGTWSD TSSGGPARAY PVGGLCHYLS PPESFGSVLE DPVHAVVYIV FMLGSCAFFS KTWIEVSGSS AKDVAKQLKE QQMV MRGHR ETSMVHELNR YIPTAAAFGG LCIGALSVLA DFLGAIGSGT GILLAVTIIY QYFEIFVKEQ SEVGSMGALL F

UniProtKB: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1

+
分子 #48: Protein transport protein Sec61 subunit beta

分子名称: Protein transport protein Sec61 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus (オオカミ)
分子量理論値: 9.987456 KDa
配列文字列:
MPGPTPSGTN VGSSGRSPSK AVAARAAGST VRQRKNASCG TRSAGRTTSA GTGGMWRFYT EDSPGLKVGP VPVLVMSLLF IASVFMLHI WGKYTRS

UniProtKB: Protein transport protein Sec61 subunit beta

+
分子 #49: Protein transport protein Sec61 gamma

分子名称: Protein transport protein Sec61 gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus (オオカミ)
分子量理論値: 7.752325 KDa
配列文字列:
MDQVMQFVEP SRQFVKDSIR LVKRCTKPDR KEFQKIAMAT AIGFAIMGFI GFFVKLIHIP INNIIVGG

+
分子 #50: Coiled-coil domain containing 47

分子名称: Coiled-coil domain containing 47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus (オオカミ)
分子量理論値: 55.803535 KDa
配列文字列: MKASLAFCVV LLVFGSVSEA KFDDFEDEED IVEYDDNDFA EFEDVTEDSV TESPQRVITT EDDEDETTVE LEGQDENQEG DFEDADTQE GDTESEPYDD EEFEGYEDKP DTSSSKNKDP ITIVDVPAHL QNSWESYYLE ILMVTGLLAY IMNYIIGKNK N SRLAQAWF ...文字列:
MKASLAFCVV LLVFGSVSEA KFDDFEDEED IVEYDDNDFA EFEDVTEDSV TESPQRVITT EDDEDETTVE LEGQDENQEG DFEDADTQE GDTESEPYDD EEFEGYEDKP DTSSSKNKDP ITIVDVPAHL QNSWESYYLE ILMVTGLLAY IMNYIIGKNK N SRLAQAWF NTHRELLESN FTLVGDDGTN KEATSTGKLN QENEHIYNLW CSGRVCCEGM LIQLRFLKRQ DLLNVLARMM RP VSDQVQI KVTMNDEDMD TYVFAVGTRK ALVRLQKEMQ DLSEFCSDKP KSGAKYGLPD SLAILSEMGE VTEGMMDTKM VHF LTHYAD KIESVHFSDQ FSGPKIMQEE GQPLKLPDTK RTLLFTFNVP GSGNTYPKDM EALLPLMNMV IYSIDKAKKF RLNR EGKQK ADKNRARVEE NFLKLTHVQR QEAAQSRREE KKRAEKERIM NEEDPEKQRR LEEAALRREQ KKLEKKQMKM KQIKV KAM

UniProtKB: PAT complex subunit CCDC47

+
分子 #51: PAT complex subunit Asterix

分子名称: PAT complex subunit Asterix / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus (オオカミ)
分子量理論値: 12.077125 KDa
配列文字列:
MSTNNMSDPR RPNKVLRYKP PPSECNPALD DPTPDYMNLL GMIFSMCGLM LKLKWCAWVA VYCSFISFAN SRSSEDTKQM MSSFMLSIS AVVMSYLQNP QPMTPPW

UniProtKB: PAT complex subunit Asterix

+
分子 #52: Nicalin

分子名称: Nicalin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus (オオカミ)
分子量理論値: 63.172137 KDa
配列文字列: MLEEAGEVLE NMLKASCLPL GFIVFLPAVL LLVAPPLPAA DAAHEFTVYR MQQYDLQGQP YGTRNAVLNT EARTIDADVL SRRCVLMRL LDFSYEQYQK ALRQSAGAVV IILPRAMAAV PQDVIRQFME TEPEMLAMET VVPVYFAVED EALLSIYEQT Q AASAAQGS ...文字列:
MLEEAGEVLE NMLKASCLPL GFIVFLPAVL LLVAPPLPAA DAAHEFTVYR MQQYDLQGQP YGTRNAVLNT EARTIDADVL SRRCVLMRL LDFSYEQYQK ALRQSAGAVV IILPRAMAAV PQDVIRQFME TEPEMLAMET VVPVYFAVED EALLSIYEQT Q AASAAQGS ASAAEVLLHT ATANGFQMVT SGVQSKAVSD WLITSVEGRL TGLGGEDLPT IVIVAHYDAF GVAPWLSHGA DS NGSGISV LLELARLFSR LYTYKRTHAA YNLLFFASGG GKFNYQGTKR WLEDNLDHTD SSLLQDNVAF VLCLDTVGRG DSL HLHVSK PPREGTLQHA FLRELEAVAA HQFPEVRFSM VHKKINLAED ILAWEHERFA IRRLPAFTLS HLESHRDGQR SSIM DVRSR VDSKTLTRNT RLIAEALTRV IYNLTEKGTP PDMPVFTEQM QIQQEQLDSV MDWLTNQPRA AQLVDKDGTL LSTLE HYLS RYLKEVKQHH IKADKRDPEF VFYDQLKQVM NAYRVKPAIF DLLLAVCIGA YLGMAYTAVQ HFDLLYKTVQ RLLVKA KTQ

UniProtKB: Nicalin

+
分子 #53: Transmembrane protein 147

分子名称: Transmembrane protein 147 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus (オオカミ)
分子量理論値: 25.309873 KDa
配列文字列: MTLFHFGNCF ALAYFPYFIT YKCSGLSEYN AFWKCVQAGV TYLFVQLCKM LFLATFFPTW EGGIYDFIGE FMKASVDVAD LIGLNLVMS RNAGKGEYKI MVAALGWATA ELIMSRCIPL WVGARGIEFD WKYIQMSIDS NISLVHYIVA SAQVWMITRY D LYHTFRPA ...文字列:
MTLFHFGNCF ALAYFPYFIT YKCSGLSEYN AFWKCVQAGV TYLFVQLCKM LFLATFFPTW EGGIYDFIGE FMKASVDVAD LIGLNLVMS RNAGKGEYKI MVAALGWATA ELIMSRCIPL WVGARGIEFD WKYIQMSIDS NISLVHYIVA SAQVWMITRY D LYHTFRPA VLLLMFLSVY KAFVMETFVH LCSLGSWTAL LARAVVTGLL ALSTLALYVA VVNVHS

UniProtKB: BOS complex subunit TMEM147

+
分子 #42: P-site tRNA

分子名称: P-site tRNA / タイプ: rna / ID: 42 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.632648 KDa
配列文字列:
GUCUCCGUAG UGUAGC(N)GGU UAUCACGUUC GCCUAACACG CGAAAGGUCC UCGGUUCGAA ACCGGGCGGA AACACCA

+
分子 #44: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 44 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 38.691914 KDa
配列文字列:
GUCUACGGCC AUACCACCCU GAACGCGCCC GAUCUCGUCU GAUCUCGGAA GCUAAGCAGG GUCGGGCCUG GUUAGUACUU GGAUGGGAG ACCGCCUGGG AAUACCGGGU GCUGUAGGCU U

GENBANK: GENBANK: X06789.1

+
分子 #45: 5.8S ribosomal RNA

分子名称: 5.8S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 45 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 50.143648 KDa
配列文字列:
CGACUCUUAG CGGUGGAUCA CUCGGCUCGU GCGUCGAUGA AGAACGCAGC UAGCUGCGAG AAUUAAUGUG AAUUGCAGGA CACAUUGAU CAUCGACACU UCGAACGCAC UUGCGGCCCC GGGUUCCUCC CGGGGCUACG CCUGUCUGAG CGUCGCU

+
分子 #54: 28S ribosomal RNA

分子名称: 28S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 54 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 1.148115375 MDa
配列文字列: CGCGACCUCA GAUCAGACGU GGCGACCCGC UGAAUUUAAG CAUAUUAGUC AGCGGAGGAA AAGAAACUAA CCAGGAUUCC CUCAGUAAC GGCGAGUGAA CAGGGAAGAG CCCAGCGCCG AAUCCCCGCC CCGCGGCGGG GCGCGGGAAA UGUGGCGUAC G GAAGACCC ...文字列:
CGCGACCUCA GAUCAGACGU GGCGACCCGC UGAAUUUAAG CAUAUUAGUC AGCGGAGGAA AAGAAACUAA CCAGGAUUCC CUCAGUAAC GGCGAGUGAA CAGGGAAGAG CCCAGCGCCG AAUCCCCGCC CCGCGGCGGG GCGCGGGAAA UGUGGCGUAC G GAAGACCC ACUCCCCGGC GCCGGGGGGC CCAAGUCCUU CUGAUCGAGG CCCAGCCCGU GGACGGUGUG AGGCCGGUAG CG GCCCCCG GCGCGCCGGG CCCGGGUCUU CCCGGAGUCG GGUUGCUUGG GAAUGCAGCC CAAAGCGGGU GGUAAACUCC AUC UAAGGC UAAAUACCGG CACGAGACCG AUAGUCAACA AGUACCGUAA GGGAAAGUUG AAAAGAACUU UGAAGAGAGA GUUC AAGAG GGCGUGAAAC CGUUAAGAGG UAAACGGGUG GGGUCCGCGC AGUCCGCCCG GAGGAUUCAA CCCGGCGGCG CGGUC CGGC CGUGCCGGCG GGGCGGAUCU CCCGCUCCCG UCGGCGGGGG ACCGCCCCCC GGCCGGCGAC CGGCCGCCGC CGGGCG CAU UUCCACCGCG GCGGUGCGCC GCGACCGGCU CCGGGACGGC UGGGAAGGCC CCGGCGGGGA AGGUGGCCCG GGGGCCC CG GGUGUUACAG CCCCGCCCCG GCAGCAGCAG CUCGCCGAAU CCCGGGGCCG AGGGAGCGAG ACCCGUGCGC CGCGCUCU C CCCCCUCGGG GGGGCCGGGC CACCCCUCCC ACGGCGCGAC CGCUGGGGCG GACUGUCCAG UGCGCCCCGG GCGGGUCGC GCCGUCGGGC CCGGGGGGCC ACGCGUCCCC CGCGAGCGCA CGGGGUCGGC GGCGAUGUCG GCUACCCACC CGACCCGUCU UGAAACACG GACCAAGGAG UCUAACACGU GCGCGAGUCG GGGGCUACGA AAGCCGCCGU GGCGCAAUGA AGGUGAAGGC C GGCGGCGC GCCGCCGGCC GAGGUGGGAU CCCGAGGCCU UCCAGUCCGC CGAGGGCGCA CCACCGGCCC GUCUCGCCCG CC GCGCCGG GGAGGUGGAG CACGAGCGCA CGUGUUAGGA CCCGAAAGAU GGUGAACUAU GCCUGGGCAG GGCGAAGCCA GAG GAAACU CUGGUGGAGG UCCGUAGCGG UCCUGACGUG CGAAUCGGUC GUCCGACCUG GGUAUAGGGG CGAAAGACUA AUCG AACCA UCUAGUAGCU GGUUCCCUCC AAAGUUUCCC UCAGGAUAGC UGGCGCUCUC CGCAGUUUUA UCCGGUAAAG CGAAU GAUU AGAGGUCUUG GGGCCGAAAC GAUCUCAACC UAUUCUCAAA CUUUAAAUGG GUAAGAAGCC CGGCUCGCUG GUGUGG AGC CGGGCGUGGA AUGCGAGUGC CUAGUGGGCC ACUUUUGGUA AGCAGAACUG GCGCUGCGGG AUGAACCGAA CGCCGGG UU AAGGCGCCCG AUGCCGACGC UCAUCAGACC CCAGAAAAGG UGUUGGUUGA UAUAGACAGC AGGAUGGUGG CCAUGGAA G UCGGAAUCCG CUAAGGAGUG UGUAACAACU CACCUGCCGA AUCAACUAGC CCUGAAAAUG GAUGGCGCUG GAGCGUCGG GCCCAUACCC GGCCGUCGCU GGCAGUCGGC AGAGCGAGAA AGAGAGUGGC GCGGACGCUA CGCCGCGACG AGUAGGAGGG CCGCUGCGG UGAGCCUUGA AGCCUAGGGC GCGGGCCCGG GUGGAGCCGC CGCAGGUGCA GAUCUUGGUG GUAGUAGCAA A UAUUCAAA CGAGAACUUU GAAGGCCGAA GUGGAGAAGG GUUCCAUGUG AACAGCAGUU GAACAUGGGU CAGUCGGUCC UG AGAGAUG GGCGAGCGCC GUUCCGAAGG GACGGGCGAU GGCCUCCGUU GCCCUCAGCC GAUCGAAAGG GAGUCGGGUU CAG AUCCCC GAAUCCGGAG UGGCGGAGAU GGGCGCCGCG AGGCGUCCAG UGCGGUAACG CGACCGAUCC CGGAGAAGCC GGCG GGAGC CCCGGGGAGA GUUCUCUUUU CUUUGUGAAG GGCAGGGCGC CCUGGAAUGG GUUCGCCCCG AGAGAGGGGC CCGUG CCUU GGAAAGCGUC GCGGUUCCGG CGGCGUCCGG UGAGCUCUCG CUGGCCCUUG AAAAUCCGGG GGAGAGGGUG UAAAUC UCG CGCCGGGCCG UACCCAUAUC CGCAGCAGGU CUCCAAGGUG AACAGCCUCU GGCAUGUUGG AACAAUGUAG GUAAGGG AA GUCGGCAAGC CGGAUCCGUA ACUUCGGGAU AAGGAUUGGC UCUAAGGGCU GGCAGCCGAC UUAGAACUGG UGCGGACC A GGGGAAUCCG ACUGUUUAAU UAAAACAAAG CAUCGCGAAG GCCCGCGGCG GGUGUUGACG CGAUGUGAUU UCUGCCCAG UGCUCUGAAU GUCAAAGUGA AGAAAUUCAA UGAAGCGCGG GUAAACGGCG GGAGUAACUA UGACUCUCUU AAGGUAGCCA AAUGCCUCG UCAUCUAAUU AGUGACGCGC AUGAAUGGAU GAACGAGAUU CCCACUGUCC CUACCUACUA UCCAGCGAAA C CACAGCCA AGGGAACGGG CUUGGCGGAA UCAGCGGGGA AAGAAGACCC UGUUGAGCUU GACUCUAGUC UGGCACGGUG AA GAGACGU UUUUUCACUG ACCCGGUGAG GCGGGGGGGC GAGCCGGGCU CUCGCUUCUG GCGCCAAGCG CCCGGCCGGC CGG GCGCGA CCCGCUCCGG GGACAGUGCC AGGUGGGGAG UUUGACUGGG GCGGUACACC UGUCAAACGG UAACGCAGGU GUCC UAAGG CGAGCUCAGG GAGGACAGAA ACCUCCCGUG GAGCAGAAGG GCAAAAGCUC GCUUGAUCUU GAUUUUCAGU ACGAA UACA GACCGUGAAA GCGGGGCCUC ACGAUCCUUC UGACCUUUUG GGUUUUAAGC AGGAGGUGUC AGAAAAGUUA CCACAG GGA UAACUGGCUU GUGGCGGCCA AGCGUUCAUA GCGACGUCGC UUUUUGAUCC UUCGAUGUCG GCUCUUCCUA UCAUUGU GA AGCAGAAUUC ACCAAGCGUU GGAUUGUUCA CCCACUAAUA GGGAACGUGA GCUGGGUUUA GACCGUCGUG AGACAGGU U AGUUUUACCC UACUGAUGAU GUGUUGUUGC CAUGGUAAUC CUGCUCAGUA CGAGAGGAAC CGCAGGUUCA GACAUUUGG UGUAUGUGCU UGGCUGAGGA GCCAAUGGGG CGAAGCUACC AUCUGUGGGA UUAUGACUGA ACGCCUCUAA GUCAGAAUCC CGCCCAGGC GGAACGAUAG CGCCGGAGCC UCGGUUGGCC UCGGAUAGCC GGUCCCCCGC CGGGGUCCGG UGCGGAGAGC C CUUCGUCC CGGGAAACGG GGCGGCCGGA AAGGGGGCCG CCCUCUCGCC CGUCACGCAC CGCACGUUCG UGGGGAACCU GG CGCUAAA CCAUUCGUAG ACGACCUGCU UCUGGGUCGG GGUUUCGUAC GUAGCAGAGC AGCUGCUGCG AUCUAUUGAA AGU CAGCCC UCGACACAAG GGUUUGU

+
分子 #55: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 220 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #56: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 200 mM KOAc, 5 mM Mg(OAc)2, 0.25% digitonin, 50 mM biotin
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot for 4 sec with Whatman filter papers at a blot force of -15 before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17540 / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1665551
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7tm3:
Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD Rhodopsin intermediate in complex with the multipass translocon

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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