[日本語] English
万見
- EMDB-25916: SthK closed state, cAMP-bound in the presence of POPA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25916
タイトルSthK closed state, cAMP-bound in the presence of POPA
マップデータunsharpened reconstruction
試料
  • 複合体: closed conformation of SthK bound to cAMP
    • タンパク質・ペプチド: Putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family
  • リガンド: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
  • リガンド: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate
キーワードcyclic nucleotide-gated channel / lipid modulation / pacemaker channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cGMP binding / protein-containing complex binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Potassium channel domain / Ion channel / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
類似検索 - 構成要素
生物種Spirochaeta thermophila (strain ATCC 700085 / DSM 6578 / Z-1203) (バクテリア) / Spirochaeta thermophila DSM 6578 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Schmidpeter PA / Nimigean CM
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124451 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM088352 米国
American Heart Association18POST33960309 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Anionic lipids unlock the gates of select ion channels in the pacemaker family.
著者: Philipp A M Schmidpeter / Di Wu / Jan Rheinberger / Paul M Riegelhaupt / Haiping Tang / Carol V Robinson / Crina M Nimigean /
要旨: Lipids play important roles in regulating membrane protein function, but the molecular mechanisms used are elusive. Here we investigated how anionic lipids modulate SthK, a bacterial pacemaker ...Lipids play important roles in regulating membrane protein function, but the molecular mechanisms used are elusive. Here we investigated how anionic lipids modulate SthK, a bacterial pacemaker channel homolog, and HCN2, whose activity contributes to pacemaking in the heart and brain. Using SthK allowed the reconstitution of purified channels in controlled lipid compositions for functional and structural assays that are not available for the eukaryotic channels. We identified anionic lipids bound tightly to SthK and their exact binding locations and determined that they potentiate channel activity. Cryo-EM structures in the most potentiating lipids revealed an open state and identified a nonannular lipid bound with its headgroup near an intersubunit salt bridge that clamps the intracellular channel gate shut. Breaking this conserved salt bridge abolished lipid modulation in SthK and eukaryotic HCN2 channels, indicating that anionic membrane lipids facilitate channel opening by destabilizing these interactions. Our findings underline the importance of state-dependent protein-lipid interactions.
履歴
登録2022年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_25916.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25916.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 87.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened reconstruction
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00603
最小 - 最大-0.01553458 - 0.046836823
平均 (標準偏差)0.00000727255 (±0.0011796545)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ284284284
Spacing284284284
セルA=B=C: 255.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_25916_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1, unfiltered

ファイルemd_25916_half_map_1.map
注釈half map 1, unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2, unfiltered

ファイルemd_25916_half_map_2.map
注釈half map 2, unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : closed conformation of SthK bound to cAMP

全体名称: closed conformation of SthK bound to cAMP
要素
  • 複合体: closed conformation of SthK bound to cAMP
    • タンパク質・ペプチド: Putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family
  • リガンド: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
  • リガンド: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate

-
超分子 #1: closed conformation of SthK bound to cAMP

超分子名称: closed conformation of SthK bound to cAMP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: SthK was reconstituted into nanodiscs containing POPA lipids.
由来(天然)生物種: Spirochaeta thermophila (strain ATCC 700085 / DSM 6578 / Z-1203) (バクテリア)

-
分子 #1: Putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family

分子名称: Putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spirochaeta thermophila DSM 6578 (バクテリア)
株: ATCC 700085 / DSM 6578 / Z-1203
分子量理論値: 51.118574 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAKDIGINSD PNSSSVDKLM KSSGVSNPTY TLVWKVWILA VTLYYAIRIP LTLVFPSLFS PLLPLDILAS LALIADIPLD LAFESRRTS GRKPTLLAPS RLPDLLAALP LDLLVFALHL PSPLSLLSLV RLLKLISVQR SATRILSYRI NPALLRLLSL V GFILLAAH ...文字列:
MAKDIGINSD PNSSSVDKLM KSSGVSNPTY TLVWKVWILA VTLYYAIRIP LTLVFPSLFS PLLPLDILAS LALIADIPLD LAFESRRTS GRKPTLLAPS RLPDLLAALP LDLLVFALHL PSPLSLLSLV RLLKLISVQR SATRILSYRI NPALLRLLSL V GFILLAAH GIACGWMSLQ PPSENPAGTR YLSAFYWTIT TLTTIGYGDI TPSTPTQTVY TIVIELLGAA MYGLVIGNIA SL VSKLDAA KLLHRERVER VTAFLSYKRI SPELQRRIIE YFDYLWETRR GYEEREVLKE LPHPLRLAVA MEIHGDVIEK VPL FKGAGE EFIRDIILHL EPVIYGPGEY IIRAGEMGSD VYFINRGSVE VLSADEKTRY AILSEGQFFG EMALILRAPR TATV RARAF CDLYRLDKET FDRILSRYPE IAAQIQELAV RRKELESSGL VPRGSVKHHH H

UniProtKB: Transcriptional regulator, Crp/Fnr family

-
分子 #2: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CMP
分子量理論値: 329.206 Da
Chemical component information

ChemComp-CMP:
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP

-
分子 #3: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec...

分子名称: (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 28 / 式: D21
分子量理論値: 674.929 Da
Chemical component information

ChemComp-D21:
(2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES
100.0 mMpotassium chlorideKCl
3.0 mMcAMP
3.0 mMFos-Choline-8, Fluorinated
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細WT SthK in MSP1E3 nanodiscs composed of 3:1 DOPC:POPA

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5684 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 50.812 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1561870
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: initial model generated in Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 294383
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6cjq


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7tj5:
SthK closed state, cAMP-bound in the presence of POPA

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る