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- EMDB-25910: Adeno-associated virus Go.1 in Complex With Its Cellular Receptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25910
タイトルAdeno-associated virus Go.1 in Complex With Its Cellular Receptor AAVR at 2.4 Angstroms Resolution, AAVGo.1 AAVR
マップデータCryo-EM map of AAV-Go.1 bound to the PKD1 subunit of its receptor, AAVR. Pixel size of 0.661 Angstroms.
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードAAVGo.1 / AAV / AAV-Go / AAVR / adeno-associated virus / PKD domain / parvovirus / gene therapy / receptor / adeno-associated virus receptor / PKD1 / PKD / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / neuron migration / cytoplasmic vesicle / Golgi membrane / nucleolus / structural molecule activity / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dyslexia-associated protein KIAA0319-like / MANSC domain / MANSC domain profile. / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Phospholipase A2-like domain ...Dyslexia-associated protein KIAA0319-like / MANSC domain / MANSC domain profile. / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Silveria M / Large E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122564 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: Cross-Species Permissivity: Structure of a Goat Adeno-Associated Virus and Its Complex with the Human Receptor AAVR.
著者: Edward E Large / Mark A Silveria / Onellah Weerakoon / Tommi A White / Michael S Chapman /
要旨: Adeno-associated virus (AAV) is a small ssDNA satellite virus of high interest (in recombinant form) as a safe and effective gene therapy vector. AAV's human cell entry receptor (AAVR) contains ...Adeno-associated virus (AAV) is a small ssDNA satellite virus of high interest (in recombinant form) as a safe and effective gene therapy vector. AAV's human cell entry receptor (AAVR) contains polycystic kidney disease (PKD) domains bound by AAV. Seeking understanding of the spectrum of interactions, goat AAVGo.1 is investigated, because its host is the species most distant from human with reciprocal cross-species cell susceptibility. The structure of AAVGo.1, solved by cryo-EM to 2.9 Å resolution, is most similar to AAV5. Through ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) studies, it is shown that AAVGo.1 binds to human AAVR more strongly than do AAV2 or AAV5, and that it joins AAV5 in a class that binds exclusively to PKD domain 1 (PKD1), in contrast to other AAVs that interact primarily with PKD2. The AAVGo.1 cryo-EM structure of a complex with a PKD12 fragment of AAVR at 2.4 Å resolution shows PKD1 bound with minimal change in virus structure. There are only minor conformational adaptations in AAVR, but there is a near-rigid rotation of PKD1 with maximal displacement of the receptor domain by ~1 Å compared to PKD1 bound to AAV5. AAVGo.1 joins AAV5 as the second member of an emerging class of AAVs whose mode of receptor-binding is completely different from other AAVs, typified by AAV2. Adeno-associated virus (AAV) is a small ssDNA satellite parvovirus. As a recombinant vector with a protein shell encapsidating a transgene, recombinant AAV (rAAV) is a leading delivery vehicle for gene therapy, with two FDA-approved treatments and 150 clinical trials for 30 diseases. The human entry receptor AAVR has five PKD domains. To date, all serotypes, except AAV5, have interacted primarily with the second PKD domain, PKD2. Goat is the AAV host most distant from human with cross-species cell infectivity. AAVGo.1 is similar in structure to AAV5, the two forming a class with a distinct mode of receptor-binding. Within the two classes, binding interactions are mostly conserved, giving an indication of the latitude available in modulating delivery vectors.
履歴
登録2022年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25910.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25910.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 567.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of AAV-Go.1 bound to the PKD1 subunit of its receptor, AAVR. Pixel size of 0.661 Angstroms.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66109 Å
密度
表面レベル登録者による: 22.5
最小 - 最大-93.602149999999995 - 144.584720000000004
平均 (標準偏差)-0.00000004412583 (±10.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-265-265-265
サイズ530530530
Spacing530530530
セルA=B=C: 350.37772 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus

全体名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: Adeno-associated virus

超分子名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Expressed using SF9 cells with a pfastbac LIC vector. Purified with cesium chloride ultracentrifugation.
NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / Sci species strain: AAV Go.1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.746 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid, VP3 / 直径: 250.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein

分子名称: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.837385 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASVSAGESV QITLPKNEVQ LNAYVLQEPP KGETYTYDWQ LITHPRDYSG EMEGKHSQIL KLSKLTPGLY EFKVIVEGQN AHGEGYVNV TVKPEPRKNR PPIAIVSPQF QEISLPTTST VIDGSQSTDD DKIVQYHWEE LKGPLREEKI SEDTAILKLS K LVPGNYTF ...文字列:
MASVSAGESV QITLPKNEVQ LNAYVLQEPP KGETYTYDWQ LITHPRDYSG EMEGKHSQIL KLSKLTPGLY EFKVIVEGQN AHGEGYVNV TVKPEPRKNR PPIAIVSPQF QEISLPTTST VIDGSQSTDD DKIVQYHWEE LKGPLREEKI SEDTAILKLS K LVPGNYTF SLTVVDSDGA TNSTTANLTV NKAVDYPPVA NAGPNQVITL PQNSITLFGN QSTDDHGITS YEWSLSPSSK GK VVEMQGV RTPTLQLSAM QEGDYTYQLT VTDTIGQQAT AQVTVIVQPE NNK

UniProtKB: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein

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分子 #2: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 80.691594 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSFVDHPPDW LEEVGEGLRE FLGLEAGPPK PKPNQQHQDQ ARGLVLPGYN YLGPGNGLDR GEPVNRADEV AREHDISYNE QLEAGDNPY LKYNHADAEF QEKLADDTSF GGNLGKAVFQ AKKRVLEPFG LVEEGAKTAP TGKRIDDHFP KRKKARTEED S KPSTSSDA ...文字列:
MSFVDHPPDW LEEVGEGLRE FLGLEAGPPK PKPNQQHQDQ ARGLVLPGYN YLGPGNGLDR GEPVNRADEV AREHDISYNE QLEAGDNPY LKYNHADAEF QEKLADDTSF GGNLGKAVFQ AKKRVLEPFG LVEEGAKTAP TGKRIDDHFP KRKKARTEED S KPSTSSDA EAGPSGSQQL QIPAQPASSL GADTMSAGGG GPLGDNNQGA DGVGNASGDW HCDSTWMGDR VVTKSTRTWV LP SYNNHQY REIKSGSVDG SNANAYFGYS TPWGYFDFNR FHSHWSPRDW QRLINNYWGF RPRSLRVKIF NIQVKEVTVQ DST TTIANN LTSTVQVFTD DDYQLPYVVG NGTEGCLPAF PPQVFTLPQY GYATLNRDNG DNPTERSSFF CLEYFPSKML RTGN NFEFT YSFEEVPFHC SFAPSQNLFK LANPLVDQYL YRFVSTSATG AIQFQKNLAG RYANTYKNWF PGPMGRTQGW NTSSG SSTN RVSVNNFSVS NRMNLEGASY QVNPQPNGMT NTLQGSNRYA LENTMIFNAQ NATPGTTSVY PEDNLLLTSE SETQPV NRV AYNTGGQMAT NAQNATTAPT VGTYNLQEVL PGSVWMERDV YLQGPIWAKI PETGAHFHPS PAMGGFGLKH PPPMMLI KN TPVPGNITSF SDVPVSSFIT QYSTGQVTVE MEWELKKENS KRWNPEIQYT NNYNDPQFVD FAPDGSGEYR TTRAIGTR Y LTRPL

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
25.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
25.0 mMSodium chlorideNaCl
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K
詳細: Two 2uL aliquots applied to grid (manual blotting between), prior to automated 3 second blot before plunging..
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 93.0 K / 最高: 93.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 平均電子線量: 32.9 e/Å2 / 詳細: Pixel size was 0.664 angstrom.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 6400
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択詳細: LoG Picker was used for initial automated particle selection. Templates were then generated by 2D classification, followed by particle template selection in Relion 3.0.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7kpn

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 71094
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7kpn

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7kpn

chain_id: Z, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Stand-alone RSRef was used for refinement of magnification, resolution, envelope correction and atomic B-factors. This was alternated with RSRef-embedded CNS was used for molecular dynamics optimization (1st round) and stereochemically-restrained all-atom least-squares optimization.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Least-squares residual
得られたモデル

PDB-7ti5:
Adeno-associated virus Go.1 in Complex With Its Cellular Receptor AAVR at 2.4 Angstroms Resolution, AAVGo.1 AAVR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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