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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25909 | |||||||||
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タイトル | Adeno-associated Virus Go.1 at 2.9 Angstroms resolution, AAVGo.1 AAV-Go | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of AAV-Go.1 virus like particle at 2.9 Angstroms resolution. Pixel size of 0.661 Angstroms. | |||||||||
試料 |
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キーワード | AAVGo.1 / AAV / AAV-Go / AAVR / adeno-associated virus / PKD domain / parvovirus / virus / gene therapy / receptor / adeno-associated virus receptor / PKD1 / PKD / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Silveria M / Large E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2022 タイトル: Cross-Species Permissivity: Structure of a Goat Adeno-Associated Virus and Its Complex with the Human Receptor AAVR. 著者: Edward E Large / Mark A Silveria / Onellah Weerakoon / Tommi A White / Michael S Chapman / 要旨: Adeno-associated virus (AAV) is a small ssDNA satellite virus of high interest (in recombinant form) as a safe and effective gene therapy vector. AAV's human cell entry receptor (AAVR) contains ...Adeno-associated virus (AAV) is a small ssDNA satellite virus of high interest (in recombinant form) as a safe and effective gene therapy vector. AAV's human cell entry receptor (AAVR) contains polycystic kidney disease (PKD) domains bound by AAV. Seeking understanding of the spectrum of interactions, goat AAVGo.1 is investigated, because its host is the species most distant from human with reciprocal cross-species cell susceptibility. The structure of AAVGo.1, solved by cryo-EM to 2.9 Å resolution, is most similar to AAV5. Through ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) studies, it is shown that AAVGo.1 binds to human AAVR more strongly than do AAV2 or AAV5, and that it joins AAV5 in a class that binds exclusively to PKD domain 1 (PKD1), in contrast to other AAVs that interact primarily with PKD2. The AAVGo.1 cryo-EM structure of a complex with a PKD12 fragment of AAVR at 2.4 Å resolution shows PKD1 bound with minimal change in virus structure. There are only minor conformational adaptations in AAVR, but there is a near-rigid rotation of PKD1 with maximal displacement of the receptor domain by ~1 Å compared to PKD1 bound to AAV5. AAVGo.1 joins AAV5 as the second member of an emerging class of AAVs whose mode of receptor-binding is completely different from other AAVs, typified by AAV2. Adeno-associated virus (AAV) is a small ssDNA satellite parvovirus. As a recombinant vector with a protein shell encapsidating a transgene, recombinant AAV (rAAV) is a leading delivery vehicle for gene therapy, with two FDA-approved treatments and 150 clinical trials for 30 diseases. The human entry receptor AAVR has five PKD domains. To date, all serotypes, except AAV5, have interacted primarily with the second PKD domain, PKD2. Goat is the AAV host most distant from human with cross-species cell infectivity. AAVGo.1 is similar in structure to AAV5, the two forming a class with a distinct mode of receptor-binding. Within the two classes, binding interactions are mostly conserved, giving an indication of the latitude available in modulating delivery vectors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25909.map.gz | 100.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25909-v30.xml emd-25909.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25909.png | 88.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25909.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25909 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25909 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25909_validation.pdf.gz | 581.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25909_full_validation.pdf.gz | 581 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25909_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25909_validation.cif.gz | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25909 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25909 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ti4MC 7ti5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25909.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of AAV-Go.1 virus like particle at 2.9 Angstroms resolution. Pixel size of 0.661 Angstroms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.66109 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus
全体 | 名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus
超分子 | 名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Expressed using SF9 cells with a pfastbac LIC vector. Purified with cesium chloride ultracentrifugation. NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / Sci species strain: Go.1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid, VP3 / 直径: 250.0 Å |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
分子量 | 理論値: 80.691594 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSFVDHPPDW LEEVGEGLRE FLGLEAGPPK PKPNQQHQDQ ARGLVLPGYN YLGPGNGLDR GEPVNRADEV AREHDISYNE QLEAGDNPY LKYNHADAEF QEKLADDTSF GGNLGKAVFQ AKKRVLEPFG LVEEGAKTAP TGKRIDDHFP KRKKARTEED S KPSTSSDA ...文字列: MSFVDHPPDW LEEVGEGLRE FLGLEAGPPK PKPNQQHQDQ ARGLVLPGYN YLGPGNGLDR GEPVNRADEV AREHDISYNE QLEAGDNPY LKYNHADAEF QEKLADDTSF GGNLGKAVFQ AKKRVLEPFG LVEEGAKTAP TGKRIDDHFP KRKKARTEED S KPSTSSDA EAGPSGSQQL QIPAQPASSL GADTMSAGGG GPLGDNNQGA DGVGNASGDW HCDSTWMGDR VVTKSTRTWV LP SYNNHQY REIKSGSVDG SNANAYFGYS TPWGYFDFNR FHSHWSPRDW QRLINNYWGF RPRSLRVKIF NIQVKEVTVQ DST TTIANN LTSTVQVFTD DDYQLPYVVG NGTEGCLPAF PPQVFTLPQY GYATLNRDNG DNPTERSSFF CLEYFPSKML RTGN NFEFT YSFEEVPFHC SFAPSQNLFK LANPLVDQYL YRFVSTSATG AIQFQKNLAG RYANTYKNWF PGPMGRTQGW NTSSG SSTN RVSVNNFSVS NRMNLEGASY QVNPQPNGMT NTLQGSNRYA LENTMIFNAQ NATPGTTSVY PEDNLLLTSE SETQPV NRV AYNTGGQMAT NAQNATTAPT VGTYNLQEVL PGSVWMERDV YLQGPIWAKI PETGAHFHPS PAMGGFGLKH PPPMMLI KN TPVPGNITSF SDVPVSSFIT QYSTGQVTVE MEWELKKENS KRWNPEIQYT NNYNDPQFVD FAPDGSGEYR TTRAIGTR Y LTRPL UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.75 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Two 2uL aliquots applied to grid (manual blotting between), prior to automated 3 second blot before plunging.. | ||||||||||||
詳細 | Monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 93.0 K / 最高: 93.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 平均電子線量: 32.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |