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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25755 | |||||||||||||||
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タイトル | ApexGT5 in complex with GT5-d42.16 and RM20A3 Fabs | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | HIV / germline targeting vaccine / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Berndsen ZT / Ward AB | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2022 タイトル: Priming HIV Envelope V2 Apex-directed broadly neutralizing antibody responses with protein or mRNA immunogens 著者: Melzi E / Willis J / Ma K / Lin Y / Kratochvil S / Berndsen ZT / Nair U / Warner J / Steichen J / Pecetta S / Perez M / Kirsch K / Ward AB / Schief W / Batista FD | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25755.map.gz | 97.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25755-v30.xml emd-25755.xml | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25755_fsc.xml | 10.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25755.png | 74.4 KB | ||
マスクデータ | emd_25755_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_25755_half_map_1.map.gz emd_25755_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25755 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25755 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25755_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25755_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25755_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25755_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25755 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25755 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7t9bMC 7t9aC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25755.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25755_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_25755_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_25755_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Envelope ApexGT5 in complex with GT5-d42.16 and RM20A3 Fabs
全体 | 名称: HIV-1 Envelope ApexGT5 in complex with GT5-d42.16 and RM20A3 Fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 Envelope ApexGT5 in complex with GT5-d42.16 and RM20A3 Fabs
超分子 | 名称: HIV-1 Envelope ApexGT5 in complex with GT5-d42.16 and RM20A3 Fabs タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: HIV-1 Envelope ApexGT5 gp120
分子 | 名称: HIV-1 Envelope ApexGT5 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.196496 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNATTELRN KRQKVYSLFY RLDIVPMVDL WTNYRLINCN T SAITQACP ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNATTELRN KRQKVYSLFY RLDIVPMVDL WTNYRLINCN T SAITQACP KVSFEPIPIH YCAPAGFAIL KCKDKKFNGT GPCPSVSTVQ CTHGIKPVVS TQLLLNGSLA EEEVIIRSEN IT NNAKNIL VQLNTPVQIN CTRPNNNTVK SIRIGPGQAF YYTGDIIGDI RQAHCNVSKA TWNETLGKVV KQLRKHFGNN TII RFAQSS GGDLEVTTHS FNCGGEFFYC NTSGLFNSTW ISNTSVQGSN STGSNDSITL PCRIKQIINM WQRIGQAMYA PPIQ GVIRC VSNITGLILT RDGGSTNSTT ETFRPGGGDM RDNWRSELYK YKVVKIEPLG VAPTRCKRRV VGRRRRRR |
-分子 #2: HIV-1 Envelope ApexGT5 gp41
分子 | 名称: HIV-1 Envelope ApexGT5 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.134324 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: RM20A3 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: RM20A3 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 13.511111 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVETGGG LVQPGGSLKL SCRASGYTFS SFAMSWVRQA PGKGLEWVSL INDRGGLTFY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMHSLRDG DTAVYYCATG GMSSALQSSK YYFDFWGQGA LVTVSS |
-分子 #4: RM20A3 Fab Light Chain
分子 | 名称: RM20A3 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 13.5088 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ALTQPPSVSG SPGQSVTISC TGTSSDIGSY NYVSWYQQHP GKAPKLMIYD VTQRPSGVSD RFSGSKSGNT ASLTISGLQA DDEADYYCS AYAGRQTFYI FGGGTRLTVL GQPKASPTVT LFPPSSEEL |
-分子 #5: GT5-d42.16 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: GT5-d42.16 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 15.126627 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCTASGFTFS NAWMSWVRQA PGKGLEWVGR IKSKTEGGTT DYATPVKGRF TISRDDSKDT LFLQMNSLK TEDTAVYYCN TGVETYDFWS G(TYS)DDH(TYS)YDYY FRDVWGKGTT VTVSS |
-分子 #6: GT5-d42.16 Fab Light Chain
分子 | 名称: GT5-d42.16 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 11.605943 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQIIS SIYFAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSFTFG PGTKVDIK |
-分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 41 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |