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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25735 | |||||||||||||||
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タイトル | HIV-1 Envelope ApexGT3 in complex with PG9.iGL Fab | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | HIV / germline targeting vaccine / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.43 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Berndsen ZT / Ward AB | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2022 タイトル: Human immunoglobulin repertoire analysis guides design of vaccine priming immunogens targeting HIV V2-apex broadly neutralizing antibody precursors. 著者: Jordan R Willis / Zachary T Berndsen / Krystal M Ma / Jon M Steichen / Torben Schiffner / Elise Landais / Alessia Liguori / Oleksandr Kalyuzhniy / Joel D Allen / Sabyasachi Baboo / ...著者: Jordan R Willis / Zachary T Berndsen / Krystal M Ma / Jon M Steichen / Torben Schiffner / Elise Landais / Alessia Liguori / Oleksandr Kalyuzhniy / Joel D Allen / Sabyasachi Baboo / Oluwarotimi Omorodion / Jolene K Diedrich / Xiaozhen Hu / Erik Georgeson / Nicole Phelps / Saman Eskandarzadeh / Bettina Groschel / Michael Kubitz / Yumiko Adachi / Tina-Marie Mullin / Nushin B Alavi / Samantha Falcone / Sunny Himansu / Andrea Carfi / Ian A Wilson / John R Yates / James C Paulson / Max Crispin / Andrew B Ward / William R Schief / 要旨: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to the HIV envelope (Env) V2-apex region are important leads for HIV vaccine design. Most V2-apex bnAbs engage Env with an uncommonly long heavy-chain ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to the HIV envelope (Env) V2-apex region are important leads for HIV vaccine design. Most V2-apex bnAbs engage Env with an uncommonly long heavy-chain complementarity-determining region 3 (HCDR3), suggesting that the rarity of bnAb precursors poses a challenge for vaccine priming. We created precursor sequence definitions for V2-apex HCDR3-dependent bnAbs and searched for related precursors in human antibody heavy-chain ultradeep sequencing data from 14 HIV-unexposed donors. We found potential precursors in a majority of donors for only two long-HCDR3 V2-apex bnAbs, PCT64 and PG9, identifying these bnAbs as priority vaccine targets. We then engineered ApexGT Env trimers that bound inferred germlines for PCT64 and PG9 and had higher affinities for bnAbs, determined cryo-EM structures of ApexGT trimers complexed with inferred-germline and bnAb forms of PCT64 and PG9, and developed an mRNA-encoded cell-surface ApexGT trimer. These methods and immunogens have promise to assist HIV vaccine development. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25735.map.gz | 78.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25735-v30.xml emd-25735.xml | 20.4 KB 20.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25735_fsc.xml | 9.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25735.png | 75.3 KB | ||
マスクデータ | emd_25735_msk_1.map | 83.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-25735.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_25735_half_map_1.map.gz emd_25735_half_map_2.map.gz | 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25735 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25735_validation.pdf.gz | 832 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25735_full_validation.pdf.gz | 831.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25735_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25735_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25735 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25735_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_25735_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_25735_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Envelope ApexGT3 in complex with PG9.iGL Fab
全体 | 名称: HIV-1 Envelope ApexGT3 in complex with PG9.iGL Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 Envelope ApexGT3 in complex with PG9.iGL Fab
超分子 | 名称: HIV-1 Envelope ApexGT3 in complex with PG9.iGL Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: HIV Envelope ApexGT3 gp120
分子 | 名称: HIV Envelope ApexGT3 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 56.461449 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GAENLWVTVY YGVPVWKDAE TTLFCASDAK AYETEKHNVW ATHACVPTDP NPQEIHLEN VTEEFNMWKN NMVEQMHEDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCVT LQCTNVTNNI TDDMRGELKN CSFNATTELR N KRVKRYSL ...文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GAENLWVTVY YGVPVWKDAE TTLFCASDAK AYETEKHNVW ATHACVPTDP NPQEIHLEN VTEEFNMWKN NMVEQMHEDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCVT LQCTNVTNNI TDDMRGELKN CSFNATTELR N KRVKRYSL FYRLDIVQID SNRAKSHYRL INCNTSAITQ ACPKVSFEPI PIHYCAPAGF AILKCKDKKF NGTGPCPSVS TV QCTHGIK PVVSTQLLLN GSLAEEEVII RSENITNNAK NILVQLNTPV QINCTRPNNN TVKSIRIGPG QAFYYTGDII GDI RQAHCN VSKATWNETL GKVVKQLRKH FGNNTIIRFA QSSGGDLEVT THSFNCGGEF FYCNTSGLFN STWISNTSVQ GSNS TGSND SITLPCRIKQ IINMWQRIGQ AMYAPPIQGV IRCVSNITGL ILTRDGGSTN STTETFRPGG GDMRDNWRSE LYKYK VVKI EPLGVAPTRC KRRVVGRRRR RR |
-分子 #2: HIV Envelope ApexGT3 gp41
分子 | 名称: HIV Envelope ApexGT3 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 18.250541 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALDGTKHHH H HH |
-分子 #3: PG9.iGL Fab Light Chain
分子 | 名称: PG9.iGL Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 28.139408 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLNSTSLFRF LFCAVTDPSC DRRLPEINMY RMQLLSCIAL SLALVTNSQS ALTQPASVSG SPGQSITISC TGTSSDVGGY NYVSWYQQH PGKAPKLMIY EVSNRPSGVS NRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADYYCS SYTSSSTVVF GGGTKLTVLG Q PKAAPSVT ...文字列: MLNSTSLFRF LFCAVTDPSC DRRLPEINMY RMQLLSCIAL SLALVTNSQS ALTQPASVSG SPGQSITISC TGTSSDVGGY NYVSWYQQH PGKAPKLMIY EVSNRPSGVS NRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADYYCS SYTSSSTVVF GGGTKLTVLG Q PKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK AGVETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SH RSYSCQV THEGSTVEKT VAPTECS |
-分子 #4: PG9.iGL Fab Heavy Chain
分子 | 名称: PG9.iGL Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 28.41884 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS SYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY ADSVKGRFT ISRDNSKNTL YLQMNSLRAE DTAVYYCARE AGGPDYRNG(TYS) NY(TYS)DFWSGYY YYYYMDVWGK GTT VTVSSA ...文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS SYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY ADSVKGRFT ISRDNSKNTL YLQMNSLRAE DTAVYYCARE AGGPDYRNG(TYS) NY(TYS)DFWSGYY YYYYMDVWGK GTT VTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSS LGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSC |
-分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 28 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |