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- EMDB-25665: R184Q/E191Q mutant of rat vesicular glutamate transporter 2 (VGLUT2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25665
タイトルR184Q/E191Q mutant of rat vesicular glutamate transporter 2 (VGLUT2)
マップデータSharpened map for model building
試料
  • 複合体: complex of rat vesicular glutamate transporter 2 with a Fab
    • タンパク質・ペプチド: Vesicular glutamate transporter 2
  • リガンド: (1S,3R)-1-AMINOCYCLOPENTANE-1,3-DICARBOXYLIC ACID
  • リガンド: (2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / L-glutamate uniporter activity / phosphate ion uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / L-glutamate import / hyaloid vascular plexus regression / neurotransmitter loading into synaptic vesicle ...sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / L-glutamate uniporter activity / phosphate ion uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / L-glutamate import / hyaloid vascular plexus regression / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / L-glutamate transmembrane transporter activity / potassium:proton antiporter activity / L-glutamate transmembrane transport / phosphate ion transport / phosphate ion homeostasis / neurotransmitter transmembrane transporter activity / neural retina development / regulation of synapse structure or activity / chloride channel activity / excitatory synapse / chloride channel complex / hippocampus development / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / early endosome / neuron projection / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Vesicular glutamate transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Li F / Stroud RM / Edwards RH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS089713 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)K99MH119591 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Substrate Recognition, Directional Flux, and Allostery in a Synaptic Vesicle Glutamate Transporter
著者: Li F / Stroud RM
履歴
登録2021年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25665.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25665.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map for model building
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 334. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 334. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 334. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.1
最小 - 最大-35.415752 - 59.031727
平均 (標準偏差)-1.912284e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 334.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : complex of rat vesicular glutamate transporter 2 with a Fab

全体名称: complex of rat vesicular glutamate transporter 2 with a Fab
要素
  • 複合体: complex of rat vesicular glutamate transporter 2 with a Fab
    • タンパク質・ペプチド: Vesicular glutamate transporter 2
  • リガンド: (1S,3R)-1-AMINOCYCLOPENTANE-1,3-DICARBOXYLIC ACID
  • リガンド: (2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside

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超分子 #1: complex of rat vesicular glutamate transporter 2 with a Fab

超分子名称: complex of rat vesicular glutamate transporter 2 with a Fab
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Vesicular glutamate transporter 2

分子名称: Vesicular glutamate transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 64.845637 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MESVKQRILA PGKEGIKNFA GKSLGQIYRV LEKKQDNRET IELTEDGKPL EVPEKKAPLC D(P1L)TCFGLPRR YIIAIM SGL GFCISFGIRC NLGVAIVDMV NNSTIHRGGK VIKEKAKFNW DPETVGMIHG SFFWGYIITQ IPGGYIASRL AANRVFG AA ...文字列:
MESVKQRILA PGKEGIKNFA GKSLGQIYRV LEKKQDNRET IELTEDGKPL EVPEKKAPLC D(P1L)TCFGLPRR YIIAIM SGL GFCISFGIRC NLGVAIVDMV NNSTIHRGGK VIKEKAKFNW DPETVGMIHG SFFWGYIITQ IPGGYIASRL AANRVFG AA ILLTSTLNML IPSAARVHYG CVIFVQILQG LVQGVTYPAC HGIWSKWAPP LERSRLATTS FCGSYAGAVI AMPLAGIL V QYTGWSSVFY VYGSFGMVWY MFWLLVSYES PAKHPTITDE ERRYIEESIG ESANLLGAME KFKTPWRKFF TSMPVYAII VANFCRSWTF YLLLISQPAY FEEVFGFEIS KVGMLSAVPH LVMTIIVPIG GQIADFLRSK QILSTTTVRK IMNCGGFGME ATLLLVVGY SHTRGVAISF LVLAVGFSGF AISGFNVNHL DIAPRYASIL MGISNGVGTL SGMVCPIIVG AMTKNKSREE W QYVFLIAA LVHYGGVIFY ALFASGEKQP WADPEETSEE KCGFIHEDEL DEETGDITQN YINYGTTKSY GATSQENGGW PN GWEKKEE FVQESAQDAY SYKDRDDYS

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分子 #2: (1S,3R)-1-AMINOCYCLOPENTANE-1,3-DICARBOXYLIC ACID

分子名称: (1S,3R)-1-AMINOCYCLOPENTANE-1,3-DICARBOXYLIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: C5B
分子量理論値: 173.167 Da
Chemical component information

ChemComp-C5B:
(1S,3R)-1-AMINOCYCLOPENTANE-1,3-DICARBOXYLIC ACID / (1S,3R)-ACPD

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分子 #3: (2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl ...

分子名称: (2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: I7Y
分子量理論値: 855.06 Da
Chemical component information

ChemComp-I7Y:
(2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6v4d
PDB 未公開エントリ

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126964
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6v4d
PDB 未公開エントリ

得られたモデル

PDB-7t3n:
R184Q/E191Q mutant of rat vesicular glutamate transporter 2 (VGLUT2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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