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- EMDB-25662: Cryo-EM structure of Csy-AcrIF24-DNA dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25662
タイトルCryo-EM structure of Csy-AcrIF24-DNA dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Csy-AcrIF
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy1
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
    • タンパク質・ペプチド: AcrIF24
    • RNA: RNA (61-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードCsy / Cascade / CRISPR / anti-CRISPR / AcrIF24 / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas (バクテリア) / Escherichia (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Mukherjee IA / Chang L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138675 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis of AcrIF24 as an anti-CRISPR protein and transcriptional suppressor.
著者: Indranil Arun Mukherjee / Clinton Gabel / Nicholas Noinaj / Joseph Bondy-Denomy / Leifu Chang /
要旨: Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages to inactivate CRISPR-Cas systems of bacteria and archaea and are used to enhance the CRISPR toolbox for genome editing. Here we report the structure ...Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages to inactivate CRISPR-Cas systems of bacteria and archaea and are used to enhance the CRISPR toolbox for genome editing. Here we report the structure and mechanism of AcrIF24, an Acr protein that inhibits the type I-F CRISPR-Cas system from Pseudomonas aeruginosa. AcrIF24 is a homodimer that associates with two copies of the surveillance complex (Csy) and prevents the hybridization between CRISPR RNA and target DNA. Furthermore, AcrIF24 functions as an anti-CRISPR-associated (Aca) protein to repress the transcription of the acrIF23-acrIF24 operon. Alone or in complex with Csy, AcrIF24 is capable of binding to the acrIF23-acrIF24 promoter DNA with nanomolar affinity. The structure of a Csy-AcrIF24-promoter DNA complex at 2.7 Å reveals the mechanism for transcriptional suppression. Our results reveal that AcrIF24 functions as an Acr-Aca fusion protein, and they extend understanding of the diverse mechanisms used by Acr proteins.
履歴
登録2021年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25662.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25662.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 294. Å		1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 294. Å		1.05 Å/pix.
x 280 pix.
= 294. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.14481474 - 0.6319377
平均 (標準偏差)0.0052288207 (±0.04768634)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 294.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Csy-AcrIF

全体名称: Csy-AcrIF
要素
  • 複合体: Csy-AcrIF
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy1
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
    • タンパク質・ペプチド: AcrIF24
    • RNA: RNA (61-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')

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超分子 #1: Csy-AcrIF

超分子名称: Csy-AcrIF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas (バクテリア)
分子量理論値: 400 kDa/nm

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分子 #1: CRISPR-associated protein Csy1

分子名称: CRISPR-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas (バクテリア)
分子量理論値: 49.194168 KDa
組換発現生物種: Escherichia (バクテリア)
配列文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA ...文字列:
MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA PASHSLAKQL YFPLPGSGYH LLAPLFPTSL VHHVHALLRE ARFGDAAKAA REARSRQESW PHGFSEYPNL AI QKFGGTK PQNISQLNNE RRGENWLLPS LPPNWQRQNV NAPMRHSSVF EHDFGRTPEV SRLTRTLQRF LAKTVHNNLA IRQ RRAQLV AQICDEALQY AARLRELEPG WSATPGCQLH DAEQLWLDPL RAQTDETFLQ RRLRGDWPAE VGNRFANWLN RAVS SDSQI LGSPEAAQWS QELSKELTMF KEILEDERD

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy1

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分子 #2: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2

分子名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas (バクテリア)
分子量理論値: 36.244074 KDa
組換発現生物種: Escherichia (バクテリア)
配列文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ ...文字列:
MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ RRKNQRRLTR RLLPGFALVS REALLQQHLE TLRTTLPEAT TLDALLDLCR INFEPPATSS EEEASPPDAA WQ VRDKPGW LVPIPAGYNA LSPLYLPGEV RNARDRETPL RFVENLFGLG EWLSPHRVAA LSDLLWYHHA EPDKGLYRWS TPR FVEHAI A

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #3: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Pseudomonas (バクテリア)
分子量理論値: 21.427504 KDa
組換発現生物種: Escherichia (バクテリア)
配列文字列:
MDHYLDIRLR PDPEFPPAQL MSVLFGKLHQ ALVAQGGDRI GVSFPDLDES RSRLGERLRI HASADDLRAL LARPWLEGLR DHLQFGEPA VVPHPTPYRQ VSRVQAKSNP ERLRRRLMRR HDLSEEEARK RIPDTVARAL DLPFVTLRSQ STGQHFRLFI R HGPLQVTA EEGGFTCYGL SKGGFVPWF

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

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分子 #4: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3

分子名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas (バクテリア)
分子量理論値: 39.778594 KDa
組換発現生物種: Escherichia (バクテリア)
配列文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAS KPILSTASVL AFERKLDPSD ALMSAGAWAQ RDASQEWPAV TVREKSVRGT ISNRLKTKDR DPAKLDASI QSPNLQTVDV ANLPSDADTL KVRFTLRVLG GAGTPSACND AAYRDKLLQT VATYVNDQGF AELARRYAHN L ANARFLWR ...文字列:
MKSSHHHHHH ENLYFQSNAS KPILSTASVL AFERKLDPSD ALMSAGAWAQ RDASQEWPAV TVREKSVRGT ISNRLKTKDR DPAKLDASI QSPNLQTVDV ANLPSDADTL KVRFTLRVLG GAGTPSACND AAYRDKLLQT VATYVNDQGF AELARRYAHN L ANARFLWR NRVGAEAVEV RINHIRQGEV ARAWRFDALA IGLRDFKADA ELDALAELIA SGLSGSGHVL LEVVAFARIG DG QEVFPSQ ELILDKGDKK GQKSKTLYSV RDAAAIHSQK IGNALRTIDT WYPDEDGLGP IAVEPYGSVT SQGKAYRQPK QKL DFYTLL DNWVLRDEAP AVEQQHYVIA NLIRGGVFGE AEEK

UniProtKB: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3

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分子 #5: AcrIF24

分子名称: AcrIF24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas (バクテリア)
分子量理論値: 24.995271 KDa
組換発現生物種: Escherichia (バクテリア)
配列文字列: MNAIHIGPFS ITPAARGLHY GGLPHHQWTL YYGPREMAIK TLPDSYTSSE VRDEFSDIIA EFVIDARHRY APDVLELVNS DGDAVLARV AVSRLPEALS GCIPDDRFPY WLLTASRPRL GLPVTLNEYT ALAVELSAPP LAWITGLLPG EVLTHDAEEW R PPTSWELR ...文字列:
MNAIHIGPFS ITPAARGLHY GGLPHHQWTL YYGPREMAIK TLPDSYTSSE VRDEFSDIIA EFVIDARHRY APDVLELVNS DGDAVLARV AVSRLPEALS GCIPDDRFPY WLLTASRPRL GLPVTLNEYT ALAVELSAPP LAWITGLLPG EVLTHDAEEW R PPTSWELR HVVGEGSFTG VSGAAAAALL GMSATNFRKY TAGDSAANRQ KISFAAWHYL LDRLGVKRAS

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #6: RNA (61-MER)

分子名称: RNA (61-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Pseudomonas (バクテリア)
分子量理論値: 19.538586 KDa
配列文字列:
CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG AUUCACUGCC GUAUAGGCAG C

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分子 #7: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP...

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia (バクテリア)
分子量理論値: 6.868366 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DG)

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分子 #8: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP...

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia (バクテリア)
分子量理論値: 6.027858 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 25109
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7jzw


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7t3l:
Cryo-EM structure of Csy-AcrIF24-DNA dimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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