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- EMDB-25610: E. coli DnaB bound to two DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | E. coli DnaB bound to two DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 | |||||||||
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![]() | helicase / SF4 / AAA+ / REPLICATION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() DnaB-DnaC complex / DnaB-DnaC-Rep-PriC complex / DnaB-DnaG complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DNA primase DnaG / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / DNA helicase complex / primosome complex / DNA primase activity / DNA replication, synthesis of primer ...DnaB-DnaC complex / DnaB-DnaC-Rep-PriC complex / DnaB-DnaG complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DNA primase DnaG / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / DNA helicase complex / primosome complex / DNA primase activity / DNA replication, synthesis of primer / replisome / DNA duplex unwinding / response to ionizing radiation / replication fork processing / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication initiation / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / helicase activity / DNA replication / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
![]() | Oakley AJ / Xu ZQ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Sequence of conformation changes of DnaB helicase during DNA unwinding and priming in Escherichia coli 著者: Oakley AJ / Xu ZQ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 65.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 62.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 529.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 528.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.94 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : E. coli DnaB DnaG C-terminal domain bound to ssDNA
全体 | 名称: E. coli DnaB DnaG C-terminal domain bound to ssDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: E. coli DnaB DnaG C-terminal domain bound to ssDNA
超分子 | 名称: E. coli DnaB DnaG C-terminal domain bound to ssDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Replicative DNA helicase
分子 | 名称: Replicative DNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 52.406918 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAGNKPFNKQ QAEPRERDPQ VAGLKVPPHS IEAEQSVLGG LMLDNERWDD VAERVVADDF YTRPHRHIFT EMARLQESGS PIDLITLAE SLERQGQLDS VGGCAYLAEL SKNTPSAANI SAYADIVRER AVVREMISVA NEIAEAGFDP QGRTSEDLLD L AESRVFKI ...文字列: MAGNKPFNKQ QAEPRERDPQ VAGLKVPPHS IEAEQSVLGG LMLDNERWDD VAERVVADDF YTRPHRHIFT EMARLQESGS PIDLITLAE SLERQGQLDS VGGCAYLAEL SKNTPSAANI SAYADIVRER AVVREMISVA NEIAEAGFDP QGRTSEDLLD L AESRVFKI AESRANKDEG PKNIADVLDA TVARIEQLFQ QPHDGVTGVN TGYDDLNKKT AGLQPSDLII VAARPSMGKT TF AMNLVEN AAMLQDKPVL IFSLEMPSEQ IMMRSLASLS RVDQTKIRTG QLDDEDWARI SGTMGILLEK RNIYIDDSSG LTP TEVRSR ARRIAREHGG IGLIMIDYLQ LMRVPALSDN RTLEIAEISR SLKALAKELN VPVVALSQLN RSLEQRADKR PVNS DLRES GSIEQDADLI MFIYRDEVYH ENSDLKGIAE IIIGKQRNGP IGTVRLTFNG QWSRFDNYAG PQYDDE |
-分子 #2: DNA primase
分子 | 名称: DNA primase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA primase DnaG |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 16.664918 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AAESGVSRPV PQLKRTTMRI LIGLLVQNPE LATLVPPLEN LDENKLPGLG LFRELVNTCL SQPGLTTGQL LEHYRGTNNA ATLEKLSMW DDIADKNIAE QTFTDSLNHM FDSLLELRQE ELIARERTHG LSNEECLELW TLNQELAKK |
-分子 #3: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*...
分子 | 名称: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 6.038899 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #5: TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子 | 名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: ALF |
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分子量 | 理論値: 102.975 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ALF: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP. |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE 詳細: Grids covered with a 2 nm continuous carbon film. Glow-discharged grids were floated on 40 microL drops of a 0.1% (w/v) aqueous solution of poly-lysine hydrobromide (MW 30-70 kDa; ...詳細: Grids covered with a 2 nm continuous carbon film. Glow-discharged grids were floated on 40 microL drops of a 0.1% (w/v) aqueous solution of poly-lysine hydrobromide (MW 30-70 kDa; Polysciences, Inc.) for two min, briefly rinsed with MilliQ water 4 times and then allow to air dry. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-7t23: |