+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25528 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the HCV IRES binding to the 40S ribosomal subunit, closed conformation. Structure 2(delta dII) | |||||||||||||||
マップデータ | Post processed map | |||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / negative regulation of RNA splicing / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / TOR signaling ...: / negative regulation of RNA splicing / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / translation regulator activity / ribosomal small subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / laminin binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / placenta development / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / G1/S transition of mitotic cell cycle / modification-dependent protein catabolic process / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / rRNA processing / protein tag activity / glucose homeostasis / virus receptor activity / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cytoplasmic translation / cell differentiation / postsynaptic density / rRNA binding / mitochondrial inner membrane / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / positive regulation of apoptotic process / cell division / DNA repair / centrosome / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / synapse / dendrite / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / protein kinase binding / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / rabbit (ウサギ) / Hepatitis C virus (isolate 1) (C型肝炎ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Brown ZP / Abaeva IS / De S / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Molecular architecture of 40S initiation complexes on the Hepatitis C virus IRES: from ribosomal attachment to eIF5B-mediated reorientation of initiator tRNA 著者: Brown ZP / Abaeva IS / De S / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25528.map.gz | 228 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-25528-v30.xml emd-25528.xml | 57.4 KB 57.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25528_fsc.xml | 14.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25528.png | 35.9 KB | ||
マスクデータ | emd_25528_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_25528_additional_1.map.gz emd_25528_additional_2.map.gz emd_25528_additional_3.map.gz emd_25528_half_map_1.map.gz emd_25528_half_map_2.map.gz | 143.9 MB 123.2 MB 193.2 MB 193.9 MB 194.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25528 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25528 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25528_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_25528_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25528_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25528_validation.cif.gz | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25528 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25528 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7syhMC 7sygC 7synC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25528.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Post processed map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25528_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local resolution map filtered at local resolution
ファイル | emd_25528_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Local resolution map filtered at local resolution | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local resolution values
ファイル | emd_25528_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Local resolution values | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_25528_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map
ファイル | emd_25528_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map
ファイル | emd_25528_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 40S ribosomal small subunit with HCV IRES
+超分子 #1: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES
+分子 #1: 18S rRNA
+分子 #36: HCV IRES
+分子 #2: 40S ribosomal protein SA
+分子 #3: 40S ribosomal protein S3a
+分子 #4: uS5 (S2)
+分子 #5: uS3
+分子 #6: 40S ribosomal protein S4
+分子 #7: uS7
+分子 #8: eS6
+分子 #9: 40S ribosomal protein S7
+分子 #10: eS8
+分子 #11: uS4
+分子 #12: eS10
+分子 #13: uS17
+分子 #14: eS12
+分子 #15: uS15
+分子 #16: uS11
+分子 #17: uS19
+分子 #18: uS9
+分子 #19: eS17
+分子 #20: uS13
+分子 #21: eS19
+分子 #22: uS10
+分子 #23: 40S ribosomal protein S21
+分子 #24: uS8
+分子 #25: uS12
+分子 #26: 40S ribosomal protein S24
+分子 #27: 40S ribosomal protein S25
+分子 #28: 40S ribosomal protein S26
+分子 #29: eS27
+分子 #30: eS28
+分子 #31: eS29
+分子 #32: eS30
+分子 #33: 40S ribosomal protein S27a
+分子 #34: RACK1
+分子 #35: 60s ribosomal protein l41
+分子 #37: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.000075 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: H2/O2 mixture for 25 seconds at 25W power |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4 second blot time, force 3. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 70.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |