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- EMDB-25493: Human NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 channelosome with CaM bound, conf... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25493
タイトルHuman NALCN-FAM155A-UNC79-UNC80 channelosome with CaM bound, conformation 2/2
マップデータsharpened map used for model refinements
試料
  • 複合体: Pentameric complex of the leak channel NALCN with FAM155A, Calmodulin, UNC79 and UNC80
    • タンパク質・ペプチド: Sodium leak channel non-selective protein,Enhanced green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein FAM155A
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-1
    • タンパク質・ペプチド: UNC79,Protein unc-79 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-80 homolog
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードion channel / calmodulin / HEAT repeat protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation homeostasis / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / cation channel complex / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / voltage-gated sodium channel activity / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events ...monoatomic cation homeostasis / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / cation channel complex / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / voltage-gated sodium channel activity / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / PKA activation / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / sodium channel activity / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Phase 0 - rapid depolarisation / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / RHO GTPases activate PAKs / calcineurin-mediated signaling / monoatomic ion channel complex / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Ion transport by P-type ATPases / calcium ion import across plasma membrane / Uptake and function of anthrax toxins / protein phosphatase activator activity / Long-term potentiation / Calcineurin activates NFAT / Regulation of MECP2 expression and activity / DARPP-32 events / Smooth Muscle Contraction / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / catalytic complex / RHO GTPases activate IQGAPs / monoatomic cation channel activity / calcium channel inhibitor activity / presynaptic cytosol / cellular response to interferon-beta / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Ion homeostasis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / eNOS activation / Protein methylation / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / titin binding / regulation of calcium-mediated signaling / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated potassium channel complex / FCERI mediated Ca+2 mobilization / potassium ion transmembrane transport / calcium channel complex / substantia nigra development / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / regulation of heart rate / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / calyx of Held / bioluminescence / adenylate cyclase activator activity / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / VEGFR2 mediated cell proliferation / sodium ion transmembrane transport / regulation of cytokinesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / protein serine/threonine kinase activator activity / spindle microtubule / sarcomere / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / generation of precursor metabolites and energy / calcium channel regulator activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / RAF activation / response to calcium ion / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / calcium ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / spindle pole / Signaling by RAF1 mutants / calcium-dependent protein binding / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF
類似検索 - 分子機能
UNC79 / Cation channel complex component UNC80, N-terminal / Protein UNC80, central region / Protein UNC80, C-terminal / Protein unc-79 homolog, N-terminal region / UNC80 N-terminal / Protein UNC80 central region / Protein UNC80 C-terminal region / Sodium leak channel NALCN / : ...UNC79 / Cation channel complex component UNC80, N-terminal / Protein UNC80, central region / Protein UNC80, C-terminal / Protein unc-79 homolog, N-terminal region / UNC80 N-terminal / Protein UNC80 central region / Protein UNC80 C-terminal region / Sodium leak channel NALCN / : / Voltage-dependent channel domain superfamily / : / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhanced green fluorescent protein / NALCN channel auxiliary factor 1 / Calmodulin-1 / Sodium leak channel NALCN / Protein unc-80 homolog / Protein unc-79 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kschonsak M / Chua HC
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural architecture of the human NALCN channelosome.
著者: Marc Kschonsak / Han Chow Chua / Claudia Weidling / Nourdine Chakouri / Cameron L Noland / Katharina Schott / Timothy Chang / Christine Tam / Nidhi Patel / Christopher P Arthur / Alexander ...著者: Marc Kschonsak / Han Chow Chua / Claudia Weidling / Nourdine Chakouri / Cameron L Noland / Katharina Schott / Timothy Chang / Christine Tam / Nidhi Patel / Christopher P Arthur / Alexander Leitner / Manu Ben-Johny / Claudio Ciferri / Stephan Alexander Pless / Jian Payandeh /
要旨: Depolarizing sodium (Na) leak currents carried by the NALCN channel regulate the resting membrane potential of many neurons to modulate respiration, circadian rhythm, locomotion and pain sensitivity. ...Depolarizing sodium (Na) leak currents carried by the NALCN channel regulate the resting membrane potential of many neurons to modulate respiration, circadian rhythm, locomotion and pain sensitivity. NALCN requires FAM155A, UNC79 and UNC80 to function, but the role of these auxiliary subunits is not understood. NALCN, UNC79 and UNC80 are essential in rodents, and mutations in human NALCN and UNC80 cause severe developmental and neurological disease. Here we determined the structure of the NALCN channelosome, an approximately 1-MDa complex, as fundamental aspects about the composition, assembly and gating of this channelosome remain obscure. UNC79 and UNC80 are massive HEAT-repeat proteins that form an intertwined anti-parallel superhelical assembly, which docks intracellularly onto the NALCN-FAM155A pore-forming subcomplex. Calmodulin copurifies bound to the carboxy-terminal domain of NALCN, identifying this region as a putative modulatory hub. Single-channel analyses uncovered a low open probability for the wild-type complex, highlighting the tightly closed S6 gate in the structure, and providing a basis to interpret the altered gating properties of disease-causing variants. Key constraints between the UNC79-UNC80 subcomplex and the NALCN DI-DII and DII-DIII linkers were identified, leading to a model of channelosome gating. Our results provide a structural blueprint to understand the physiology of the NALCN channelosome and a template for drug discovery to modulate the resting membrane potential.
履歴
登録2021年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月29日-
マップ公開2021年12月29日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sx4
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25493.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map used for model refinements
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 400 pix.
= 469.28 Å		1.17 Å/pix.
x 400 pix.
= 469.28 Å		1.17 Å/pix.
x 400 pix.
= 469.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1732 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 8.0 / ムービー #1: 8
最小 - 最大-32.627827000000003 - 43.383907000000001
平均 (標準偏差)-0.04411089 (±2.2761886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 469.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.17321.17321.1732
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z469.280469.280469.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-32.62843.384-0.044

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添付データ

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追加マップ: map (non-sharpened) of overall NALCN-FAM-UNC79-UNC80-CAM

ファイルemd_25493_additional_1.map
注釈map (non-sharpened) of overall NALCN-FAM-UNC79-UNC80-CAM
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pentameric complex of the leak channel NALCN with FAM155A, Calmod...

全体名称: Pentameric complex of the leak channel NALCN with FAM155A, Calmodulin, UNC79 and UNC80
要素
  • 複合体: Pentameric complex of the leak channel NALCN with FAM155A, Calmodulin, UNC79 and UNC80
    • タンパク質・ペプチド: Sodium leak channel non-selective protein,Enhanced green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein FAM155A
    • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-1
    • タンパク質・ペプチド: UNC79,Protein unc-79 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein unc-80 homolog
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: Pentameric complex of the leak channel NALCN with FAM155A, Calmod...

超分子名称: Pentameric complex of the leak channel NALCN with FAM155A, Calmodulin, UNC79 and UNC80
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
詳細: Calmodulin was not overexpressed but co-purified from Expi293 cells
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium leak channel non-selective protein,Enhanced green fluoresc...

分子名称: Sodium leak channel non-selective protein,Enhanced green fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 234.128797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLKRKQSSRV EAQPVTDFGP DESLSDNADI LWINKPWVHS LLRICAIISV ISVCMNTPMT FEHYPPLQYV TFTLDTLLMF LYTAEMIAK MHIRGIVKGD SSYVKDRWCV FDGFMVFCLW VSLVLQVFEI ADIVDQMSPW GMLRIPRPLI MIRAFRIYFR F ELPRTRIT ...文字列:
MLKRKQSSRV EAQPVTDFGP DESLSDNADI LWINKPWVHS LLRICAIISV ISVCMNTPMT FEHYPPLQYV TFTLDTLLMF LYTAEMIAK MHIRGIVKGD SSYVKDRWCV FDGFMVFCLW VSLVLQVFEI ADIVDQMSPW GMLRIPRPLI MIRAFRIYFR F ELPRTRIT NILKRSGEQI WSVSIFLLFF LLLYGILGVQ MFGTFTYHCV VNDTKPGNVT WNSLAIPDTH CSPELEEGYQ CP PGFKCMD LEDLGLSRQE LGYSGFNEIG TSIFTVYEAA SQEGWVFLM(TYS) RAIDSFPRWR SYFYFITLIF FLAWLVKNV FIAVIIETFA EIRVQFQQMW GSRSSTTSTA TTQMFHEDAA GGWQLVAVDV NKPQGRAPAC LQKMMRSSVF HMFILSMVTV DVIVAASNY YKGENFRRQY DEFYLAEVAF TVLFDLEALL KIWCLGFTGY ISSSLHKFEL LLVIGTTLHV YPDLYHSQFT Y FQVLRVVR LIKISPALED FVYKIFGPGK KLGSLVVFTA SLLIVMSAIS LQMFCFVEEL DRFTTFPRAF MSMFQILTQE GW VDVMDQT LNAVGHMWAP VVAIYFILYH LFATLILLSL FVAVILDNLE LDEDLKKLKQ LKQSEANADT KEKLPLRLRI FEK FPNRPQ MVKISKLPSD FTVPKIRESF MKQFIDRQQQ DTCCLLRSLP TTSSSSCDHS KRSAIEDNKY IDQKLRKSVF SIRA RNLLE KETAVTKILR ACTRQRMLSG SFEGQPAKER SILSVQHHIR QERRSLRHGS NSQRISRGKS LETLTQDHSN TVRYR NAQR EDSEIKMIQE KKEQAEMKRK VQEEELRENH PYFDKPLFIV GREHRFRNFC RVVVRARFNA SKTDPVTGAV KNTKYH QLY DLLGLVTYLD WVMIIVTICS CISMMFESPF RRVMHAPTLQ IAEYVFVIFM SIELNLKIMA DGLFFTPTAV IRDFGGV MD IFIYLVSLIF LCWMPQNVPA ESGAQLLMVL RCLRPLRIFK LVPQMRKVVR ELFSGFKEIF LVSILLLTLM LVFASFGV Q LFAGKLAKCN DPNIIRREDC NGIFRINVSV SKNLNLKLRP GEKKPGFWVP RVWANPRNFN FDNVGNAMLA LFEVLSLKG WVEVRDVIIH RVGPIHGIYI HVFVFLGCMI GLTLFVGVVI ANFNENKGTA LLTVDQRRWE DLKSRLKIAQ PLHLPPRPDN DGFRAKMYD ITQHPFFKRT IALLVLAQSV LLSVKWDVED PVTVPLATMS VVFTFIFVLE VTMKIIAMSP AGFWQSRRNR Y DLLVTSLG VVWVVLHFAL LNAYTYMMGA CVIVFRFFSI CGKHVTLKML LLTVVVSMYK SFFIIVGMFL LLLCYAFAGV VL FGTVKYG ENINRHANFS SAGKAITVLF RIVTGEDWNK IMHDCMVQPP FCTPDEFTYW ATDCGNYAGA LMYFCSFYVI IAY IMLNLL VAIIVENFSL FYSTEEDQLL SYNDLRHFQI IWNMVDDKRE GVIPTFRVKF LLRLLRGRLE VDLDKDKLLF KHMC YEMER LHNGGDVTFH DVLSMLSYRS VDIRKSLQLE ELLAREQLEY TIEEEVAKQT IRMWLKKCLK RIRAKQQQSC SIIHS LRES QQQELSRFLN PPSIETTQPS EDTNANSQDN SMQPETSSQQ QLLSPTLSDR GGSRQDAADA GKPQRKFGQW RLPSAP KPI SHSVSSVNLR FGGRTTMKSV VCKMNPMTDA ASCGSEVKKW WTRQLTVESD ESGDDLLDIG GSLVPRGSSG ENLYFQG SS GMVSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VSGEGEGDAT YGKLTLKFIC TTGKLPVPWP TLVTTLTYGV QCFSRYPD H MKQHDFFKSA MPEGYVQERT IFFKDDGNYK TRAEVKFEGD TLVNRIELKG IDFKEDGNIL GHKLEYNYNS HNVYIMADK QKNGIKVNFK IRHNIEDGSV QLADHYQQNT PIGDGPVLLP DNHYLSTQSK LSKDPNEKRD HMVLLEFVTA AGITLGMDEL YKSGGDYKD DDDKGSGSAW SHPQFEKGGG SGGGSGGSAW SHPQFEK

UniProtKB: Sodium leak channel NALCN, Enhanced green fluorescent protein

+
分子 #2: Transmembrane protein FAM155A

分子名称: Transmembrane protein FAM155A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.205004 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTRGAWMCRQ YDDGLKIWLA APRENEKPFI DSERAQKWRL SLASLLFFTV LLSDHLWFCA EAKLTRARDK EHQQQQRQQQ QQQQQQRQR QQQQQQRRQQ EPSWPALLAS MGESSPAAQA HRLLSASSSP TLPPSPGDGG GGGGKGNRGK DDRGKALFLG N SAKPVWRL ...文字列:
MTRGAWMCRQ YDDGLKIWLA APRENEKPFI DSERAQKWRL SLASLLFFTV LLSDHLWFCA EAKLTRARDK EHQQQQRQQQ QQQQQQRQR QQQQQQRRQQ EPSWPALLAS MGESSPAAQA HRLLSASSSP TLPPSPGDGG GGGGKGNRGK DDRGKALFLG N SAKPVWRL ETCYPQGASS GQCFTVENAD AVCARNWSRG AAGGDGQEVR SKHPTPLWNL SDFYLSFCNS YTLWELFSGL SS PNTLNCS LDVVLKEGGE MTTCRQCVEA YQDYDHHAQE KYEEFESVLH KYLQSEEYSV KSCPEDCKIV YKAWLCSQYF EVT QFNCRK TIPCKQYCLE VQTRCPFILP DNDEVIYGGL SSFICTGLYE TFLTNDEPEC CDVRREEKSN NPSKGTVEKS GSCH RTSLT VSSATRLCNS RLKLCVLVLI LLHTVLTASA AQNTAGLSFG GINTLEENST NEEGGSGGSD YKDDDDKGNS DYKDD DDK

UniProtKB: NALCN channel auxiliary factor 1

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分子 #3: Calmodulin-1

分子名称: Calmodulin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.852545 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MADQLTEEQI AEFKEAFSLF DKDGDGTITT KELGTVMRSL GQNPTEAELQ DMINEVDADG NGTIDFPEFL TMMARKMKDT DSEEEIREA FRVFDKDGNG YISAAELRHV MTNLGEKLTD EEVDEMIREA DIDGDGQVNY EEFVQMMTAK

UniProtKB: Calmodulin-1

+
分子 #4: UNC79,Protein unc-79 homolog

分子名称: UNC79,Protein unc-79 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 285.174938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)LP YTMISTLATF PPFLHKDIIE YLSTSFLP M AILGSSRREG VPAHVNLSAS SMLMIAMQYT SNPVYHCQLL ECLMKYKQEV WKDLLYVIAY GPSQVKPPAV QMLFHYWPN LKPPGAISEY RGLQYTAWNP IHCQHIECHN AINKPAVKMC IDPSLSVALG DKPPPLYLCE ECSERIAGDH SEWLIDVLLP QAEISAICQ KKNCSSHVRR AVVTCFSAGC CGRHGNRPVR YCKRCHSNHH SNEVGAAAET HLYQTSPPPI NTRECGAEEL V CAVEAVIS LLKEAEFHAE QREHELNRRR QLGLSSSHHS LDNADFDNKD DDKHDQRLLS QFGIWFLVSL CTPSENTPTE SL ARLVAMV FQWFHSTAYM MDDEVGSLVE KLKPQFVTKW LKTVCDVRFD VMVMCLLPKP MEFARVGGYW DKSCSTVTQL KEG LNRILC LIPYNVINQS VWECIMPEWL EAIRTEVPDN QLKEFREVLS KMFDIELCPL PFSMEEMFGF ISCRFTGYPS SVQE QALLW LHVLSELDIM VPLQLLISMF SDGVNSVKEL ANQRKSRVSE LAGNLASRRV SVASDPGRRV QHNMLSPFHS PFQSP FRSP LRSPFRSPFK NFGHPGGRTI DFDCEDDEMN LNCFILMFDL LLKQMELQDD GITMGLEHSL SKDIISIINN VFQAPW GGS HTCQKDEKAI ECNLCQSSIL CYQLACELLE RLAPKEESRL VEPTDSLEDS LLSSRPEFII GPEGEEEENP ASKHGEN PG NCTEPVEHAA VKNDTERKFC YQQLPVTLRL IYTIFQEMAK FEEPDILFNM LNCLKILCLH GECLYIARKD HPQFLAYI Q DHMLIASLWR VVKSEFSQLS SLAVPLLLHA LSLPHGADIF WTIINGNFNS KDWKMRFEAV EKVAVICRFL DIHSVTKNH LLKYSLAHAF CCFLTAVEDV NPAVATRAGL LLDTIKRPAL QGLCLCLDFQ FDTVVKDRPT ILSKLLLLHF LKQDIPALSW EFFVNRFET LSLEAQLHLD CNKEFPFPTT ITAVRTNVAN LSDAALWKIK RARFARNRQK SVRSLRDSVK GPVESKRALS L PETLTSKI RQQSPENDNT IKDLLPEDAG IDHQTVHQLI TVLMKFMAKD ESSAESDISS AKAFNTVKRH LYVLLGYDQQ EG CFMIAPQ KMRLSTCFNA FIAGIAQVMD YNINLGKHLL PLVVQVLKYC SCPQLRHYFQ QPPRCSLWSL KPHIRQMWLK ALL VILYKY PYRDCDISKI LLHLIHITVN TLNAQYHSCK PHATAGPLYS DNSNISRYSE KEKGEIELAE YRETGALQDS LLHC VREES IPKKKLRSFK QKSLDIGNAD SLLFTLDEHR RKSCIDRCDI EKPPTQAAYI AQRPNDPGRS RQNSATRPDN SEIPE NPAM EGFPDARRPV IPEVRLNCME TFEVKVDSPV KPAPKEDLDL IDLSSDSTSG PEKHSILSTS DSDSLVFEPL PPLRIV ESD EEEETMNQGD DGPSGKNAAS SPSVPSHPSV LSLSTAPLVQ VSVEDCSKDF SSKDSGNNQS AGNTDSALIT LEDPMDA EG SSKPEELPEF SCGSPLTLKQ KRDLLQKSFA LPEMSLDDHP DPGTEGEKPG ELMPSSGAKT VLLKVPEDAE NPTESEKP D TSAESDTEQN PERKVEEDGA EESEFKIQIV PRQRKQRKIA VSAIQREYLD ISFNILDKLG EQKDPDPSTK GLSTLEMPR ESSSAPTLDA GVPETSSHSS ISTQYRQMKR GSLGVLTMSQ LMKRQLEHQS SAPHNISNWD TEQIQPGKRQ CNVPTCLNPD LEGQPLRMR GATKSSLLSA PSIVSMFVPA PEEFTDEQPT VMTDKCHDCG AILEEYDEET LGLAIVVLST FIHLSPDLAA P LLLDIMQS VGRLASSTTF SNQAESMMVP GNAAGVAKQF LRCIFHQLAP NGIFPQLFQS TIKDGTFLRT LASSLMDFNE LS SIAALSQ LLEGLNNKKN LPAGGAMIRC LENIATFMEA LPMDSPSSLW TTISNQFQTF FAKLPCVLPL KCSLDSSLRI MIC LLKIPS TNATRSLLEP FSKLLSFVIQ NAVFTLAYLV ELCGLCYRAF TKERDKFYLS RSVVLELLQA LKLKSPLPDT NLLL LVQFI CADAGTKLAE STILSKQMIA SVPGCGTAAM ECVRQYINEV LDFMADMHTL TKLKSHMKTC SQPLHEDTFG GHLKV GLAQ IAAMDISRGN HRDNKAVIRY LPWLYHPPSA MQQGPKEFIE CVSHIRLLSW LLLGSLTHNA VCPNASSPCL PIPLDA GSH VADHLIVILI GFPEQSKTSV LHMCSLFHAF IFAQLWTVYC EQSAVATNLQ NQNEFSFTAI LTALEFWSRV TPSILQL MA HNKVMVEMVC LHVISLMEAL QECNSTIFVK LIPMWLPMIQ SNIKHLSAGL QLRLQAIQNH VNHHSLRTLP GSGQSSAG L AALRKWLQCT QFKMAQVEIQ SSEAASQFYP LGGSGGSDYK DDDDKGNSDY KDDDDK

UniProtKB: Protein unc-79 homolog

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分子 #5: Protein unc-80 homolog

分子名称: Protein unc-80 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 366.510594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVKRKSSEGQ EQDGGRGIPL PIQTFLWRQT SAFLRPKLGK QYEASCVSFE RVLVENKLHG LSPALSEAIQ SISRWELVQA ALPHVLHCT ATLLSNRNKL GHQDKLGVAE TKLLHTLHWM LLEAPQDCNN ERFGGTDRGS SWGGSSSAFI HQVENQGSPG Q PCQSSSND ...文字列:
MVKRKSSEGQ EQDGGRGIPL PIQTFLWRQT SAFLRPKLGK QYEASCVSFE RVLVENKLHG LSPALSEAIQ SISRWELVQA ALPHVLHCT ATLLSNRNKL GHQDKLGVAE TKLLHTLHWM LLEAPQDCNN ERFGGTDRGS SWGGSSSAFI HQVENQGSPG Q PCQSSSND EEENNRRKIF QNSMATVELF VFLFAPLVHR IKESDLTFRL ASGLVIWQPM WEHRQPGVSG FTALVKPIRN II TAKRSSP INSQSRTCES PNQDARHLEG LQVVCETFQS DSISPKATIS GCHRGNSFDG SLSSQTSQER GPSHSRASLV IPP CQRSRY ATYFDVAVLR CLLQPHWSEE GTQWSLMYYL QRLRHMLEEK PEKPPEPDIP LLPRPRSSSM VAAAPSLVNT HKTQ DLTMK CNEEEKSLSS EAFSKVSLTN LRRSAVPDLS SDLGMNIFKK FKSRKEDRER KGSIPFHHTG KRRPRRMGVP FLLHE DHLD VSPTRSTFSF GSFSGLGEDR RGIEKGGWQT TILGKLTRRG SSDAATEMES LSARHSHSHH TLVSDLPDPS NSHGEN TVK EVRSQISTIT VATFNTTLAS FNVGYADFFN EHMRKLCNQV PIPEMPHEPL ACANLPRSLT DSCINYSYLE DTEHIDG TN NFVHKNGMLD LSVVLKAVYL VLNHDISSRI CDVALNIVEC LLQLGVVPCV EKNRKKSENK ENETLEKRPS EGAFQFKG V SGSSTCGFGG PAVSGAGDGG GEEGGGGDGG GGGGDGGGGG GGGGGPYEKN DKNQEKDEST PVSNHRLALT MLIKIVKSL GCAYGCGEGH RGLSGDRLRH QVFRENAQNC LTKLYKLDKM QFRQTMRDYV NKDSLNNVVD FLHALLGFCM EPVTDNKAGF GNNFTTVDN KSTAQNVEGI IVSAMFKSLI TRCASTTHEL HSPENLGLYC DIRQLVQFIK EAHGNVFRRV ALSALLDSAE K LAPGKKVE ENEQESKPAG SKRSEAGSIV DKGQVSSAPE ECRSFMSGRP SQTPEHDEQM QGANLGRKDF WRKMFKSQSA AS DTSSQSE QDTSECTTAH SGTTSDRRAR SRSRRISLRK KLKLPIGKRN WLKRSSLSGL ADGVEDLLDI SSVDRLSFIR QSS KVKFTS AVKLSEGGPG SGMENGRDEE ENFFKRLGCH SFDDHLSPNQ DGGKSKNVVN LGAIRQGMKR FQFLLNCCEP GTIP DASIL AAALDLEAPV VARAALFLEC ARFVHRCNRG NWPEWMKGHH VNITKKGLSR GRSPIVGNKR NQKLQWNAAK LFYQW GDAI GVRLNELCHG ESESPANLLG LIYDEETKRR LRKEDEEEDF LDDSTVNPSK CGCPFALKMA ACQLLLEITT FLRETF SCL PRPRTEPLVD LESCRLRLDP ELDRHRYERK ISFAGVLDEN EDSKDSLHSS SHTLKSDAGV EEKKEGSPWS ASEPSIE PE GMSNAGAEEN YHRNMSWLHV MILLCNQQSF ICTHVDYCHP HCYLHHSRSC ARLVRAIKLL YGDSVDSLRE SSNISSVA L RGKKQKECSD KSCLRTPSLK KRVSDANLEG KKDSGMLKYI RLQVMSLSPA PLSLLIKAAP ILTEEMYGDI QPAAWELLL SMDEHMAGAA AAMFLLCAVK VPEAVSDMLM SEFHHPETVQ RLNAVLKFHT LWRFRYQVWP RMEEGAQQIF KIPPPSINFT LPSPVLGMP SVPMFDPPWV PQCSGSVQDP INEDQSKSFS ARAVSRSHQR AEHILKNLQQ EEEKKRLGRE ASLITAIPIT Q EACYEPTC TPNSEPEEEV EEVTNLASRR LSVSPSCTSS TSHRNYSFRR GSVWSVRSAV SAEDEEHTTE HTPNHHVPQP PQ AVFPACI CAAVLPIVHL MEDGEVREDG VAVSAVAQQV LWNCLIEDPS TVLRHFLEKL TISNRQDELM YMLRKLLLNI GDF PAQTSH ILFNYLVGLI MYFVRTPCEW GMDAISATLT FLWEVVGYVE GLFFKDLKQT MKKEQCEVKL LVTASMPGTK TLVV HGQNE CDIPTQLPVH EDTQFEALLK ECLEFFNIPE SQSTHYFLMD KRWNLIHYNK TYVRDIYPFR RSVSPQLNLV HMHPE KGQE LIQKQVFTRK LEEVGRVLFL ISLTQKIPTA HKQSHVSMLQ EDLLRLPSFP RSAIDAEFSL FSDPQAGKEL FGLDTL QKS LWIQLLEEMF LGMPSEFPWG DEIMLFLNVF NGALILHPED SALLRQYAAT VINTAVHFNH LFSLSGYQWI LPTMLQV YS DYESNPQLRQ AIEFACHQFY ILHRKPFVLQ LFASVAPLLE FPDAANNGPS KGVSAQCLFD LLQSLEGETT DILDILEL V KAEKPLKSLD FCYGNEDLTF SISEAIKLCV TVVAYAPESF RSLQMLMVLE ALVPCYLQKL KRQTSQVETV PAAREEIAA TAALATSLQA LLYSVEVLTR PMTAPQMSRC DQGHKGTTTA NHTMSSGVNT RYQEQGAKLH FIRENLHLLE EGQGIPREEL DERIAREEF RRPRESLLNI CTEFYKHCGP RLKILQNLAG EPRVIALELL DVKSHMRLAE IAHSLLKLAP YDTQTMESRG L RRYIMEML PITDWTAEAV RPALILILKR LDRMFNKIHK MPTLRRQVEW EPASNLIEGV CLTLQRQPII SFLPHLRSLI NV CVNLVMG VVGPSSVADG LPLLHLSPYL SPPLPFSTAV VRLVALQIQA LKEDFPLSHV ISPFTNQERR EGMLLNLLIP FVL TVGSGS KDSPWLEQPE VQLLLQTVIN VLLPPRIIST SRSKNFMLES SPAHCSTPGD AGKDLRREGL AESTSQAAYL ALKV ILVCF ERQLGSQWYW LSLQVKEMAL RKVGGLALWD FLDFIVRTRI PIFVLLRPFI QCKLLAQPAE NHEELSARQH IADQL ERRF IPRPLCKSSL IAEFNSELKI LKEAVHSGSA YQGKTSISTV GTSTSAYRLS LATMSRSNTG TGTVWEQDSE PSQQAS QDT LSRTDEEDEE NDSISMPSVV SEQEAYLLSA IGRRRFSSHV SSMSVPQAEV GMLPSQSEPN VLDDSQGLAA EGSLSRV AS IQSEPGQQNL LVQQPLGRKR GLRQLRRPLL SRQKTQTEPR NRQGARLSTT RRSIQPKTKP SADQKRSVTF IEAQPEPA A APTDALPATG QLQGCSPAPS RKPEAMDEPV LTSSPAIVVA DLHSVSPKQS ENFPTEEGEK EEDTEAQGAT AHSPLSAQL SDPDDFTGLE TSSLLQHGDT VLHISEENGM ENPLLSSQFT FTPTELGKTD AVLDESHVGG SGGSDYKDDD DKGNSDYKDD DDK

UniProtKB: Protein unc-80 homolog

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
分子 #7: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...

分子名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PEV
分子量理論値: 720.012 Da
Chemical component information

ChemComp-PEV:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / POPE, リン脂質*YM

+
分子 #8: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #9: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.65 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMHEPES
グリッドモデル: UltrAuFoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 3.5 sec blotting.
詳細NALCN was reconstituted into lipid nanodiscs and mildly crosslinkned with 0.05% EM grade glutaraldehyde for 10 min at room temperature. Cross-linking was quenched with 9 mM Tris pH 7.5

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 26550 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 64.009 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3048401
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio 3D reconstruction within cisTEM
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02) / 使用した粒子像数: 56037
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02) / 詳細: manual refine in cisTEM of a single class
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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