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- EMDB-25045: Cytoplasmic tail deleted HIV-1 Env bound with three 4E10 Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25045
タイトルCytoplasmic tail deleted HIV-1 Env bound with three 4E10 Fabs
マップデータCryo-EM structure of HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs
試料
  • 複合体: HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: 4E10 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: 4E10 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41膜貫通型タンパク質
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Yang S / Walz T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Dynamic HIV-1 spike motion creates vulnerability for its membrane-bound tripod to antibody attack.
著者: Shuang Yang / Giorgos Hiotis / Yi Wang / Junjian Chen / Jia-Huai Wang / Mikyung Kim / Ellis L Reinherz / Thomas Walz /
要旨: Vaccines targeting HIV-1's gp160 spike protein are stymied by high viral mutation rates and structural chicanery. gp160's membrane-proximal external region (MPER) is the target of naturally arising ...Vaccines targeting HIV-1's gp160 spike protein are stymied by high viral mutation rates and structural chicanery. gp160's membrane-proximal external region (MPER) is the target of naturally arising broadly neutralizing antibodies (bnAbs), yet MPER-based vaccines fail to generate bnAbs. Here, nanodisc-embedded spike protein was investigated by cryo-electron microscopy and molecular-dynamics simulations, revealing spontaneous ectodomain tilting that creates vulnerability for HIV-1. While each MPER protomer radiates centrally towards the three-fold axis contributing to a membrane-associated tripod structure that is occluded in the upright spike, tilting provides access to the opposing MPER. Structures of spike proteins with bound 4E10 bnAb Fabs reveal that the antibody binds exposed MPER, thereby altering MPER dynamics, modifying average ectodomain tilt, and imposing strain on the viral membrane and the spike's transmembrane segments, resulting in the abrogation of membrane fusion and informing future vaccine development.
履歴
登録2021年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2023年2月22日-
現状2023年2月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25045.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.296
最小 - 最大-1.062217 - 2.1810966
平均 (標準偏差)0.0007979223 (±0.04024303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs

全体名称: HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs
要素
  • 複合体: HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: 4E10 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: 4E10 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein gp41膜貫通型タンパク質
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs

超分子名称: HIV-1 gp145 bound with three 4E10 Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) / 株: BG505
分子量理論値: 600 KDa

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分子 #1: 4E10 Fab light chain

分子名称: 4E10 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.292705 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT QSLSPGERAT LSCRASQSVG NNKLAWYQQR PGQAPRLLIY GASSRPSGVA DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGQSLSTF GQGTKVEVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVLTQSPGT QSLSPGERAT LSCRASQSVG NNKLAWYQQR PGQAPRLLIY GASSRPSGVA DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGQSLSTF GQGTKVEVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGE

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分子 #2: 4E10 Fab heavy chain

分子名称: 4E10 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.18025 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKRPGSSVTV SCKASGGSFS TYALSWVRQA PGRGLEWMGG VIPLLTITNY APRFQGRITI TADRSTSTAY LELNSLRPE DTAVYYCARE GTTGWGWLGK PIGAFAHWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
QVQLVQSGAE VKRPGSSVTV SCKASGGSFS TYALSWVRQA PGRGLEWMGG VIPLLTITNY APRFQGRITI TADRSTSTAY LELNSLRPE DTAVYYCARE GTTGWGWLGK PIGAFAHWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SC

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分子 #3: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
分子量理論値: 54.064277 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R

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分子 #4: Transmembrane protein gp41

分子名称: Transmembrane protein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
分子量理論値: 19.800559 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALDKWASLW N WFDISNWL WYIKL

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 36 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5i8h

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 362646

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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