+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24922 | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of a mammalian peptide transporter (PepT1/slc15a1) in nanodisc | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of horse PepT1 in nanodisc | |||||||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / plasma membrane => GO:0005886 / brush border 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Shen J / Zhou M | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
| |||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Extracellular domain of PepT1 interacts with TM1 to facilitate substrate transport. 著者: Jiemin Shen / Miaohui Hu / Xiao Fan / Zhenning Ren / Corinne Portioli / Xiuwen Yan / Mingqiang Rong / Ming Zhou / 要旨: Mammalian peptide transporters, PepT1 and PepT2, mediate uptake of small peptides and are essential for their absorption. PepT also mediates absorption of many drugs and prodrugs to enhance their ...Mammalian peptide transporters, PepT1 and PepT2, mediate uptake of small peptides and are essential for their absorption. PepT also mediates absorption of many drugs and prodrugs to enhance their bioavailability. PepT has twelve transmembrane (TM) helices that fold into an N-terminal domain (NTD, TM1-6) and a C-terminal domain (CTD, TM7-12) and has a large extracellular domain (ECD) between TM9-10. It is well recognized that peptide transport requires movements of the NTD and CTD, but the role of the ECD in PepT1 remains unclear. Here we report the structure of horse PepT1 encircled in lipid nanodiscs and captured in the inward-open apo conformation. The structure shows that the ECD bridges the NTD and CTD by interacting with TM1. Deletion of ECD or mutations to the ECD-TM1 interface impairs the transport activity. These results demonstrate an important role of ECD in PepT1 and enhance our understanding of the transport mechanism in PepT1. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24922.map.gz | 28.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-24922-v30.xml emd-24922.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24922.png | 99.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24922 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24922 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24922_validation.pdf.gz | 373.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_24922_full_validation.pdf.gz | 373.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24922_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24922_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24922 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24922 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7s8uMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24922.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM map of horse PepT1 in nanodisc | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.114 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PepT1 in MSP1D1 nanodisc
全体 | 名称: PepT1 in MSP1D1 nanodisc |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: PepT1 in MSP1D1 nanodisc
超分子 | 名称: PepT1 in MSP1D1 nanodisc / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Equus caballus (ウマ) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-分子 #1: Solute carrier family 15 member 1
分子 | 名称: Solute carrier family 15 member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Equus caballus (ウマ) |
分子量 | 理論値: 78.723992 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGMSRSQSCF GYPLSIFFIV VNEFCERFSY YGMRALLILY FTLFIGWDDN LSTAIYHTFV ALCYLTPILG ALIADSWLGK FKTIVSLSI VYTIGQVVLA VSSINDLTDG NRDGTPDSLP VHVALSMIGL ALIAFGTGGI KPCVSAFGGD QFEEGQEKQR N RFFSIFYL ...文字列: MGMSRSQSCF GYPLSIFFIV VNEFCERFSY YGMRALLILY FTLFIGWDDN LSTAIYHTFV ALCYLTPILG ALIADSWLGK FKTIVSLSI VYTIGQVVLA VSSINDLTDG NRDGTPDSLP VHVALSMIGL ALIAFGTGGI KPCVSAFGGD QFEEGQEKQR N RFFSIFYL AINAGSLLST IITPILRVQQ CGIHSKQACY PLAFGVPAAL MAVSLIVFVI GSRMYKKFQP QGNIMAKVAK CI GFAITNR IRHRSNKFPK REHWLDWAKE KYDERLISQI KMVTRVMFLY IPLPMFWALF DQQGSRWTLQ ATTMNGQIGV IEI QPDQMQ TVNAILIVIM VPIMDAVVYP LIAKCGLNFT SLKKMTVGMF LASMAFVAAA IVQVEIDKTL PVFPNGHEVQ VKVL NIGNN SMNISFPGET MAVNQMSQTG DFMTFDVDKL SINISSTGSP VTPVTHNFEQ GHRHTILVWA PNHYRVIKDG LDRKP EKGQ NGIRFVNAFD KSFDVTMDGT VYVNVTSHSA SEYQFFPSGK KSFTINSTEI SQQCERNFTS PRLGFGSAYT YVMGRK ADG CPELSVFGDI PPNTVNMALQ IPQYFLLTCG EVVFSVTGLE FSYSQAPSNM KSVLQAGWLL TVAVGNIIVL IVAGAGQ FS KQWAEYILFA ALLLVVCVIF GIMAQFYTYV NPAEVEAKFD DDEKKKNPEK ENPYYTLDSV SQTRM |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 315767 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |