+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S in complex with N-terminal peptide | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | covid19 / mpro / main protease / cryo-Em / 3cl / sars-cov-2 / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Noske GD / Song Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S in complex with N-terminal peptide 著者: Noske GD / Song Y / Fernandes RS / Oliva G / Godoy AS | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 40.4 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 58.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 44 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 21.6 MB 40.8 MB 40.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7s82MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 3.3 TB Data #1: Shiny particles used for final model refinement [picked particles - multiframe - processed] Data #2: Unaligned multiframes from SARS-CoV-2 Mpro in super-resolution mode [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned multiframes from SARS-CoV-2 Mpro in super-resolution mode [micrographs - multiframe] Data #4: Unaligned multiframes from SARS-CoV-2 Mpro in super-resolution mode [micrographs - multiframe] Data #5: Unaligned multiframes from SARS-CoV-2 Mpro in super-resolution mode [micrographs - multiframe]) |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.653 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_24889_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_24889_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_24889_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S mutant
全体 | 名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S mutant |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S mutant
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Main protease C145S mutant タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 68 kDa/nm |
-分子 #1: 3C-like proteinase
分子 | 名称: 3C-like proteinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: SARS coronavirus main proteinase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 34.567371 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GAMSAVLQSG FRKMAFPSGK VEGCMVQVTC GTTTLNGLWL DDVVYCPRHV ICTSEDMLNP NYEDLLIRKS NHNFLVQAGN VQLRVIGHS MQNCVLKLKV DTANPKTPKY KFVRIQPGQT FSVLACYNGS PSGVYQCAMR PNFTIKGSFL NGSSGSVGFN I DYDCVSFC ...文字列: GAMSAVLQSG FRKMAFPSGK VEGCMVQVTC GTTTLNGLWL DDVVYCPRHV ICTSEDMLNP NYEDLLIRKS NHNFLVQAGN VQLRVIGHS MQNCVLKLKV DTANPKTPKY KFVRIQPGQT FSVLACYNGS PSGVYQCAMR PNFTIKGSFL NGSSGSVGFN I DYDCVSFC YMHHMELPTG VHAGTDLEGN FYGPFVDRQT AQAAGTDTTI TVNVLAWLYA AVINGDRWFL NRFTTTLNDF NL VAMKYNY EPLTQDHVDI LGPLSAQTGI AVLDMCASLK ELLQNGMNGR TILGSALLED EFTPFDVVRQ CSGVTFQ UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris pH 7.8, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 13770 / 平均電子線量: 43.38557582 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |