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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24773 | |||||||||
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タイトル | C16 reconstruction for Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208 | |||||||||
マップデータ | C16 reconstruction for Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Type IV conjugative transfer system protein TraV / Type IV conjugative transfer system lipoprotein (TraV) / Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TraV / TraB 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu X / Khara P / Baker ML / Christie PJ / Hu B | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structure of a type IV secretion system core complex encoded by multi-drug resistance F plasmids. 著者: Xiangan Liu / Pratick Khara / Matthew L Baker / Peter J Christie / Bo Hu / 要旨: Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are largely responsible for the proliferation of multi-drug resistance. We solved the structure of the outer-membrane core complex (OMCC) of a T4SS encoded ...Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are largely responsible for the proliferation of multi-drug resistance. We solved the structure of the outer-membrane core complex (OMCC) of a T4SS encoded by a conjugative F plasmid at <3.0 Å resolution by cryoelectron microscopy. The OMCC consists of a 13-fold symmetrical outer ring complex (ORC) built from 26 copies of TraK and TraV C-terminal domains, and a 17-fold symmetrical central cone (CC) composed of 17 copies of TraB β-barrels. Domains of TraV and TraB also bind the CC and ORC substructures, establishing that these proteins undergo an intraprotein symmetry alteration to accommodate the C13:C17 symmetry mismatch. We present evidence that other pED208-encoded factors stabilize the C13:C17 architecture and define the importance of TraK, TraV and TraB domains to T4SS function. This work identifies OMCC structural motifs of proposed importance for structural transitions associated with F plasmid dissemination and F pilus biogenesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24773.map.gz | 230.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24773-v30.xml emd-24773.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24773.png | 150.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24773 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24773 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24773_validation.pdf.gz | 469.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24773_full_validation.pdf.gz | 469.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24773_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24773_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24773 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24773 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24773.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | C16 reconstruction for Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0652 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Outer membrane core complex of T4SS encoded by a plasmid overprod...
全体 | 名称: Outer membrane core complex of T4SS encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208 |
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要素 |
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-超分子 #1: Outer membrane core complex of T4SS encoded by a plasmid overprod...
超分子 | 名称: Outer membrane core complex of T4SS encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208 タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C16 (16回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 21900 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |