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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24691 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a TTYH3 cis-dimer | |||||||||
![]() | TTYH3 cis-dimer | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() volume-sensitive chloride channel activity / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / Stimuli-sensing channels / chloride transport / chloride channel activity / chloride channel complex / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
![]() | Li B / Brohawn SG / Hoel CM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of tweety homolog proteins TTYH2 and TTYH3 reveal a Ca-dependent switch from intra- to intermembrane dimerization. 著者: Baobin Li / Christopher M Hoel / Stephen G Brohawn / ![]() 要旨: Tweety homologs (TTYHs) comprise a conserved family of transmembrane proteins found in eukaryotes with three members (TTYH1-3) in vertebrates. They are widely expressed in mammals including at high ...Tweety homologs (TTYHs) comprise a conserved family of transmembrane proteins found in eukaryotes with three members (TTYH1-3) in vertebrates. They are widely expressed in mammals including at high levels in the nervous system and have been implicated in cancers and other diseases including epilepsy, chronic pain, and viral infections. TTYHs have been reported to form Ca- and cell volume-regulated anion channels structurally distinct from any characterized protein family with potential roles in cell adhesion, migration, and developmental signaling. To provide insight into TTYH family structure and function, we determined cryo-EM structures of Mus musculus TTYH2 and TTYH3 in lipid nanodiscs. TTYH2 and TTYH3 adopt a previously unobserved fold which includes an extended extracellular domain with a partially solvent exposed pocket that may be an interaction site for hydrophobic molecules. In the presence of Ca, TTYH2 and TTYH3 form homomeric cis-dimers bridged by extracellularly coordinated Ca. Strikingly, in the absence of Ca, TTYH2 forms trans-dimers that span opposing membranes across a ~130 Å intermembrane space as well as a monomeric state. All TTYH structures lack ion conducting pathways and we do not observe TTYH2-dependent channel activity in cells. We conclude TTYHs are not pore forming subunits of anion channels and their function may involve Ca-dependent changes in quaternary structure, interactions with hydrophobic molecules near the extracellular membrane surface, and/or association with additional protein partners. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 66.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7rtwMC ![]() 7rttC ![]() 7rtuC ![]() 7rtvC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of ttyh3 in cisdimer [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | TTYH3 cis-dimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.137 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : TTYH2 with Ca2+
全体 | 名称: TTYH2 with Ca2+ |
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要素 |
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-超分子 #1: TTYH2 with Ca2+
超分子 | 名称: TTYH2 with Ca2+ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: Mammalia (両生類) |
-分子 #1: Protein tweety homolog 3
分子 | 名称: Protein tweety homolog 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 58.077863 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalia (両生類) |
配列 | 文字列: GPAGVSYAAP WWVSLLHRLP HFDLRWEATS SQFRPEDADY QQALLLLGAT ALACLALDLL FLLFYSFWLC CRRRKTDEHL DADCCCTAW CVIITTLVCS AGIAVGFYGN GETSDGIHRA TYSLRHANRT VAGVQDRVWD TAAALNRTAE PNLQSLERQL A GRQEPLRA ...文字列: GPAGVSYAAP WWVSLLHRLP HFDLRWEATS SQFRPEDADY QQALLLLGAT ALACLALDLL FLLFYSFWLC CRRRKTDEHL DADCCCTAW CVIITTLVCS AGIAVGFYGN GETSDGIHRA TYSLRHANRT VAGVQDRVWD TAAALNRTAE PNLQSLERQL A GRQEPLRA VQRLQTLLGT LLGYTAAIPF WRNPGVSLEV LAEQVDLYDW YRWLGYLGLL LLDVIICLLV LVGLIRSSKG IL VGVCLLG VLALVISWGA LGLELAVSVG SSDFCVDPDT FVTKMVEEHS VLSGDILQYY LACSPRATNP FQQKLSGSHK ALV EMQDVV AELLRNVPRE HPATKDPLLR VQEVLNGTEV NLQHLTALVD CRSLHLDYVQ ALTGFCYDGV EGLIYLALFS FVTA LMFSS IVCSIPHTWQ QKRGPDDDGE EETAPGPRQA HDSLYRVHMP SLYSCGSSYG SEASIPAAAH TVSNAPVTEY MSQNA NFQN PRCENTPLIG RESPPPSYTS SMRAKYLATS QPRPDSSGSG HSNS |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #5: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM CaCl2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | This sample was monodisperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0038 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-7rtw: |