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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24612 | |||||||||
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タイトル | CLC-ec1 at pH 4.5 100mM Cl Turn | |||||||||
マップデータ | CLC-ec1 100 mM Cl pH 4.5 TURN | |||||||||
試料 |
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キーワード | CLC / chloride transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / voltage-gated chloride channel activity / antiporter activity / plasma membrane / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Fortea E / Boudker O | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of common gate activation in CLC transporters 著者: Fortea E / Lee S / Argyros Y / Chadda R / Ciftci D / Huysmans G / Robertson JL / Boudker O / Accardi A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24612.map.gz | 2.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24612-v30.xml emd-24612.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24612.png | 45 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24612.cif.gz | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24612 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24612 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24612_validation.pdf.gz | 376.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24612_full_validation.pdf.gz | 376.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24612_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24612_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24612 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24612 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rp5MC 7n8pC 7n9wC 7rnxC 7ro0C 7rp6C 7rq7C 7rsbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24612.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | CLC-ec1 100 mM Cl pH 4.5 TURN | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.048 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Structure of ecCLC at pH 4.5 in 100mM Cl
全体 | 名称: Structure of ecCLC at pH 4.5 in 100mM Cl |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of ecCLC at pH 4.5 in 100mM Cl
超分子 | 名称: Structure of ecCLC at pH 4.5 in 100mM Cl / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 100 kDa/nm |
-分子 #1: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
分子 | 名称: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 50.390402 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKTDTPSLET PQAARLRRRQ LIRQLLERDK TPLAILFMAA VVGTLVGLAA VAFDKGVAWL QNQRMGALVH TADNYPLLLT VAFLCSAVL AMFGYFLVRK YAPEAGGSGI PEIEGALEDQ RPVRWWRVLP VKFFGGLGTL GGGMVLGREG PTVQIGGNIG R MVLDIFRL ...文字列: MKTDTPSLET PQAARLRRRQ LIRQLLERDK TPLAILFMAA VVGTLVGLAA VAFDKGVAWL QNQRMGALVH TADNYPLLLT VAFLCSAVL AMFGYFLVRK YAPEAGGSGI PEIEGALEDQ RPVRWWRVLP VKFFGGLGTL GGGMVLGREG PTVQIGGNIG R MVLDIFRL KGDEARHTLL ATGAAAGLAA AFNAPLAGIL FIIEEMRPQF RYTLISIKAV FIGVIMSTIM YRIFNHEVAL ID VGKLSDA PLNTLWLYLI LGIIFGIFGP IFNKWVLGMQ DLLHRVHGGN ITKWVLMGGA IGGLCGLLGF VAPATSGGGF NLI PIATAG NFSMGMLVFI FVARVITTLL CFSSGAPGGI FAPMLALGTV LGTAFGMVAV ELFPQYHLEA GTFAIAGMGA LLAA SIRAP LTGIILVLEM TDNYQLILPM IITGLGATLL AQFTGGKPLY SAILARTLAK QEAEQLARSK AASASENT UniProtKB: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 4.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 294.15 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 72.61 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59069 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |