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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24513 | |||||||||
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タイトル | AAVrh.10-7x capsid | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Icosahedral Capsid / AAVrh.10 / capsid engineering / Adeno-associated virus / Parvovirus / Gene Therapy / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å | |||||||||
データ登録者 | Mietzsch M / McKenna R | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2021 タイトル: Structural Study of Aavrh.10 Receptor and Antibody Interactions. 著者: Mario Mietzsch / Jennifer C Yu / Jane Hsi / Paul Chipman / Felix Broecker / Zhang Fuming / Robert J Linhardt / Peter H Seeberger / Regine Heilbronn / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna / 要旨: Recombinant adeno-associated virus (rAAV) vectors are one of the leading tools for the delivery of therapeutic genes in human gene therapy applications. For a successful transfer of their payload, ...Recombinant adeno-associated virus (rAAV) vectors are one of the leading tools for the delivery of therapeutic genes in human gene therapy applications. For a successful transfer of their payload, the AAV vectors have to circumvent potential preexisting neutralizing host antibodies and bind to the receptors of the target cells. Both of these aspects have not been structurally analyzed for AAVrh.10. Here, cryo-electron microscopy and three-dimensional image reconstruction were used to map the binding site of sulfated -acetyllactosamine (LacNAc; previously shown to bind AAVrh.10) and a series of four monoclonal antibodies (MAbs). LacNAc was found to bind to a pocket located on the side of the 3-fold capsid protrusion that is mostly conserved to AAV9 and equivalent to its galactose-binding site. As a result, AAVrh.10 was also shown to be able to bind to cell surface glycans with terminal galactose. For the antigenic characterization, it was observed that several anti-AAV8 MAbs cross-react with AAVrh.10. The binding sites of these antibodies were mapped to the 3-fold capsid protrusions. Based on these observations, the AAVrh.10 capsid surface was engineered to create variant capsids that escape these antibodies while maintaining infectivity. Gene therapy vectors based on adeno-associated virus rhesus isolate 10 (AAVrh.10) have been used in several clinical trials to treat monogenetic diseases. However, compared to other AAV serotypes little is known about receptor binding and antigenicity of the AAVrh.10 capsid. Particularly, preexisting neutralizing antibodies against capsids are an important challenge that can hamper treatment efficiency. This study addresses both topics and identifies critical regions of the AAVrh.10 capsid for receptor and antibody binding. The insights gained were utilized to generate AAVrh.10 variants capable of evading known neutralizing antibodies. The findings of this study could further aid the utilization of AAVrh.10 vectors in clinical trials and help the approval of the subsequent biologics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24513.map.gz | 226.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24513-v30.xml emd-24513.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24513.png | 73.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24513.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24513 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24513 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24513_validation.pdf.gz | 784.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24513_full_validation.pdf.gz | 784.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24513_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24513_validation.cif.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24513 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24513 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.049 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus
全体 | 名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus
超分子 | 名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / Sci species strain: rh.10-7x / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
分子量 | 理論値: 58.323359 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ADGVGSSSGN WHCDSTWLGD RVITTSTRTW ALPTYNNHLY KQISNGTSGG STNDNTYFGY STPWGYFDFN RFHCHFSPRD WQRLINNNW GFRPKRLNFK LFNIQVKEVT QNEGTKTIAN NLTSTIQVFT DSEYQLPYVL GSAHQGCLPP FPADVFMIPQ Y GYLTLNNG ...文字列: ADGVGSSSGN WHCDSTWLGD RVITTSTRTW ALPTYNNHLY KQISNGTSGG STNDNTYFGY STPWGYFDFN RFHCHFSPRD WQRLINNNW GFRPKRLNFK LFNIQVKEVT QNEGTKTIAN NLTSTIQVFT DSEYQLPYVL GSAHQGCLPP FPADVFMIPQ Y GYLTLNNG AQAVGRSSFY CLEYFPSQML RTGNNFEFSY QFEDVPFHSS YAHSQSLDRL MNPLIDQYLY YLSRTQTGGT AG TQQLLFS QAGPNNMSAQ AKNWLPGPCY RQQRVSTTLS QNNNSNFAWT GATKYHLNGR DSLVNPGVAM ATHKDDEERF FPS SGVLMF GKQGAGKDNV DYSAVMLTSE EEIKTTNPVA TEQYGVVADN LQQNSAQPIV GAVNSQGALP GMVWQNRDVY LQGP IWAKI PHTDGNFHPS PLMGGFGLKH PPPQILIKNT PVPADPPTTF SQAKLASFIT QYSTGQVSVE IEWELQKENS KRWNP EIQY TSNYYKSTNV DFAVNVDGTY SEPRPIGTRY LTRNL UniProtKB: Capsid protein VP1 |
-分子 #2: DNA (5'-D(*CP*A)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(*CP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 60 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 557.431 Da |
配列 | 文字列: (DC)(DA) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 75.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 17861 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |